В 1913 году супруги наконец-то отправились в Африку. На пассажирский пароход загрузили 70 ящиков, предназначенных для будущего госпиталя. Надо сказать, что все-таки Швейцеру так и не удалось собрать необходимую сумму денег и часть оборудования и лекарств была закуплена на деньги, взятые им в долг у друзей. Впоследствии в течение многих лет этот долг висел на нём тяжким грузом и ему, ограничивая себя и свою семью во всём, приходилось изыскивать деньги и постепенно расплачиваться, а последние долги были ликвидированы уже только после первой мировой войны.
Это своё долгое путешествие Швейцер затем описал в книге "Между водой и девственным лесом (переживания и наблюдения врача в девственном лесу Экваториальной Африки)", написанной прекрасным, живым языком и вышедшей в 1921 году. Когда же пароход прибыл в Габон, то Швейцерам ещё пришлось ...заплатить колониальным таможенникам громадную пошлину за ввозимые грузы, ведь никого из колониальной администрации абсолютно не волновало, что это была благотворительная помощь местному населению. В конце-концов супруги и их груз добрались до глухого селения Ламбарене, где и предполагалось построить госпиталь, который впоследствии стал для всего мира символом деятельного гуманизма. За девять лет, прошедших с того дня, когда Швейцер прочитал призыв в миссионерском журнале, он оказался ... первым и единственным, кто откликнулся на него!
Построить больницу даже в европейском городе достаточно сложно. Ну а построить больницу в девственном тропическом лесу, наверное, просто невозможно. Но Швейцеры сумели сделать это. Сначала под приёмный покой они кое-как переоборудовали ...старый курятник. В глухой африканской деревне невозможно было найти никаких строительных рабочих, да и африканцы стремились работать на лесозаготовках (колонизаторы скупали для нужд Европы драгоценную тропическую древесину и им нужны были кули) и отнюдь не горели желанием бесплатно или почти бесплатно работать на каких-то белых чудаков.
Африканское население страдало самыми разными, причем крайне запущенными болезнями, не говоря уж о постоянных травмах и несчастных случаях на охоте и рыбалке или же на лесоповале, где, разумеется, не было никакой охраны труда. К тому же, все болезни были осложнены скудным питанием, а нередко и голодом, и просто невежеством населения. Вот как писал об этом сам Швейцер:
"Главным образом мне приходилось иметь дело с малярией, проказой, сонной болезнью, дизентерией, фрамбезией и опухолями. Поразило меня обилие случаев пневмонии и болезней сердца. Много и урологических больных. Из области хирургии встречаются прежде всего грыжи и слоновая болезнь".
Если сначала местное население отнеслось к врачебной деятельности Швейцеров насторожённо - ведь это было неслыханно, чтобы белый человек приехал откуда-то специально для того, чтобы лечить чернокожих - то со временем слухи о белом докторе стали достигать самых отдалённых селений и поток больных стал увеличиваться с каждым днём. Больных привозили на лодках, приносили на носилках. Постепенно удалось найти нескольких рабочих и построить под здание больницы барак с крышей из рифлёного железа, а затем ещё и несколько хижин из неструганых досок, крытых пальмовыми листьями. В этом бараке, где и думать было невозможно ни о какой стерильности, приходилось проводить операции и это было всё же лучше, чем оперировать под открытым небом. Несмотря на напряжённейшую работу врача, Швейцеру приходилось самому не только руководить, но и участвовать в строительных работах. И это при том, что у Швейцеров практически не было даже переводчика! Тем не менее, к концу 1913 года всё-таки уже можно было сказать, что в Ламбарене, действительно, существует настоящая больница.
Невероятное напряжение и трудности работы в больнице Ламбарене иногда вдруг прерывалось чудесными сюрпризами. Так, друзья и поклонники Швейцера-органиста сделали ему царский подарок: они прислали специальное пианино-орган, изготовленное в тропическом варианте, то есть не боящееся жары и сырости. И с тех пор девственный лес в течение нескольких десятилетий время от времени оглашался по ночам небесными звуками органа, игра на котором приносила Швейцеру огромное наслаждение.
Работать Швейцерам приходилось не только днём, но нередко и ночью, когда приносили и привозили "срочных" больных, которых нужно было оперировать немедленно. В довершение всего, у самого Швейцера вдруг обнаружилась опухоль, вызывавшая сильные боли, и его пришлось оперировать в далёком селении, куда для этого супруги выехали на несколько недель. К счастью, операция прошла успешно, Швейцер быстро поправился и снова, едва поднявшись на ноги, приступил к своей работе в больнице Ламбарене.
В 1917 году, в разгар первой мировой войны (1914-1918 гг.) французские колониальные власти отдали приказ всем гражданам враждебной Германии, в том числе и Швейцерам, немедленно покинуть Ламбарене и под конвоем отправиться в Европу, в лагерь для интернированных германцев. В пересылочном лагере в Бордо, где заключённые самых разных национальностей и гражданства (немцы, венгры, турки, арабы и другие) жили в кошмарных условиях, Швейцер заразился дизентерией. Затем заключённых перевели в Гарезон, в неотапливаемое здание бывшего монастыря, где Швейцер по мере возможности также занимался лечением больных до тех пор, пока лагерное начальство категорически не запретило его практику. И это при том, что многие заключенные страдали от истощения, холода, хронических болезней, депрессии! Число больных увеличивалось с каждым днём, и в конце-концов начальник лагеря всё-таки был вынужден разрешить Швейцеру заниматься врачебной деятельностью и даже выделил ему комнату для приёма больных. И в заключении Швейцер продолжал писать свои книги или же садился за стол и ... упражнялся в игре на воображаемом органе. Между тем здоровье самого Швейцера и его жены очень быстро ухудшалось и скоро они не смогли даже ходить на разрешённые охранниками прогулки. В середине 1918 года часть заключённых, в том числе и Швейцеров, обменяли на французских пленных и они, с совершенно расшатанным здоровьем, смогли вернуться в свой любимый Страсбург, где Альберт вновь стал проповедником в той же самой церкви, где работал когда-то до отъезда в Африку.
После поражения Германии немецкая Эльзас-Лотарингия вскоре была включена в состав Франции, и таким образом Швейцер стал французским гражданином. В это время он готовил к печати свой новый труд, в котором впервые в музыкальной истории были собраны все хоралы Баха. Одновременно со всеми своими занятиями Швейцер также работал и как практикующий врач в одной из городских больниц. Здесь же, в Страсбурге, в 1919 году, когда Швейцеру было 44 года, его жена Елена родила здоровую девочку, которую назвали Реной. Здоровье же самого Швейцера всё ещё было очень плохим, он быстро уставал, часто поддавался хандре. Тем не менее, он постепенно возвращался к активной деятельности: возобновил свои органные концерты и лекции как для публики, так и в университетских аудиториях различных стран. Только теперь он смог окончательно расплатиться со своими ещё довоенными долгами.
Постепенно он начал посвящать свои лекции совершенно новой теме: рассказывал об Африке и о больнице в Ламбарене. И оказалось, что именно это больше всего интересует слушателей. Со своими лекциями он выступал во многих странах Европы, причём именно благодаря этому, многие слушатели стали собирать пожертвования для больницы. Вскоре Швейцер (помимо ряда философских и теологических трудов) ещё и написал книгу об Африке, которая была переведена на многие языки мира и даже принесла ему значительный доход. Тем не менее, как и прежде, Швейцеры вели буквально спартанский образ жизни, откладывая все деньги только для подготовки новой поездки в Африку. Однако дело осложнялось тем, что по состоянию здоровья Елена в Африку ехать не могла...
Швейцеру пришлось оставить семью и ехать одному. В начале 1924 года, простившись с женой и дочерью, Швейцер вновь отправился в Ламбарене. Больница была практически полностью разрушена и Швейцер со своим молодым другом Ноэлем Гиллеспи, который решил оставить Европу и последовать за Швейцером, принялся за её восстановление. В джунглях из уст в уста передавалась потрясающая новость: "Белый доктор вернулся!". И в недостроенную больницу вновь потянулись люди. И, как прежде, больных с каждым днём становилось всё больше и больше... Однако на этот раз Швейцер был уже не один. Вскоре в больницу из разных стран Европы приехали другие врачи и медсёстры. Никто не получал никакого жалования, люди работали дни и ночи, выполняли любую необходимую, а не только врачебную работу. И были счастливы! К осени 1925 года больница уже была полностью восстановлена.