Когда начали копать рвы на основаніе новой церкви, внутри прежде бывшей, разобранной, то, копающе, обрѣли въ землѣ чудесныя мощи святителя цѣлы и нетлѣнны и ризы его невреженны, яко вчера облечены. О предѣлѣ Благовѣщенія при этомъ свидѣтельствѣ нигдѣ въ писаніяхъ на упомянуто.

Итакъ, по этому свѣдѣнію погребеніе святителя совершилось, вопреки его завѣщанію, не внѣ храма, но внутри.

Между тѣмъ, въ томъ же житіи есть свидѣтельство, что архіепископъ Геннадій, бывшій прежде архимандритомъ въ Чудовѣ монастырѣ, потомъ Новгородскимъ архіепископомъ, проживая остатокъ дней снова въ Чудовомъ монастырѣ, былъ по кончинѣ погребенъ въ самомъ томъ мѣстѣ, гдѣ лежало въ землѣ священное тѣло великаго святителя и чудотворца Алексѣя, прежде обрѣтенія его, у самыя стѣны великія церкви.

А еще прежде скончавшійся въ 1393 г. февр. 15 старѣйшій бояринъ Дмитрія Донскаго Данило Ѳеофановичъ, племянникъ св. Алексѣя, былъ положенъ близъ гроба святителя, стало быть, внѣ церкви, такъ какъ при этомъ не упомянуто о погребеніи въ самомъ храмѣ.

Новая церковь во многомъ отличалась отъ развалившейся. Она была менѣе старой, но зато была высока и зѣло пространна и прекрасна, была трикровна, то-есть имѣла три верха или три главы и выспрь восходы, то-есть была построена на подклѣтномъ ярусѣ съ лѣстницами для всхода. Старая же церковь если и пространнѣе была всюду, но была единокровна, имѣла одну главу или верхъ и помостъ, имѣла токмо на самой землѣ. Три верха явно показываютъ, что въ новой церкви былъ устроенъ предѣлъ Благовѣщенія, въ которомъ и были помѣщены св. мощи. Писатель настаиваетъ, что старая церковь была обширнѣе новой съ тою мыслью, дабы утвердить свидѣтельство, что святитель былъ погребенъ внутри храма.

Для этой цѣли позднѣйшій писатель (Прологъ, изд. 1777 г.) увѣряетъ, что старый храмъ былъ деревянный, что копали рвы внутри этого деревяннаго храма «и тако обрѣтоша св. мощи».

При новомъ храмѣ была построена и трапеза, велія, каменная, и погребы каменные, но это свидѣтельство относится уже къ позднѣйшимъ сооруженіямъ, о которыхъ скажемъ въ своемъ мѣстѣ. Вѣроятнѣе, что трапеза была построена деревянная. Въ 1476 г. февраля 16 въ монастырѣ сгорѣла (несомнѣнно, деревянная) трапеза и архимандричья Геннадіева келья.

Геннадій, какъ увидимъ, много способствовалъ къ доброму устройству монастыря. О немъ лѣтописцы записали слѣдующее обстоятельство.

Въ 1483 г. случилось навечеріе св. Крещенія въ воскресенье. Геннадій въ своемъ монастырѣ разрѣшилъ святую Богоявленскую воду пить поѣвши, т.-е. и послѣ обѣда. Въ церковномъ же Уставѣ о томъ не писано. Митрополитъ послалъ изымать Геннадія, но онъ, спасаясь, убѣжалъ къ вел. князю. Митрополитъ самъ пошелъ къ вел. князю, обличилъ преступника, много глаголаше на него, такъ что вел. князь выдалъ бѣглеца.

Тогда митрополитъ повелѣлъ сковать его и подъ полатою въ ледникъ посадить. Узнавъ о такой немилости, вел. князь и съ боярами умолили владыку простить его, что и было исполнено. Прощенный Геннадій не только остался архимандритомъ, но на другой же годъ былъ возведенъ въ санъ архіепископа въ Великій Новгородъ.

Въ томъ же 1483 году благоволѣніемъ Божіимъ вниде ему въ умъ дѣло благое-соорудить въ монастырѣ храмъ во имя самого учредителя обители св. Алексѣя. Основаніе храму было положено вкупѣ и съ трапезою, какъ свидѣтельствуетъ житіе. Но нѣкоторыя лѣтописи упоминаютъ, что трапеза была заложена въ 1485 г., когда Геннадій былъ уже архіепископомъ въ Новгородѣ. Удалившись туда еще въ 1484 году, попеченіе о новосооружаемомъ храмѣ онъ передалъ братьямъ Траханіотамъ, Дмитрію и Георгію, и сыну Дмитрія Юрью, по прозванію Малому, людямъ очень извѣстнымъ въ государствованіе Ивана III.

Въ Новгородѣ Геннадій прославился какъ искоренитель ереси жидовствующихъ и установитель строгаго порядка и благочинія среди тамошняго духовенства, которое къ тому же оказывалось совсѣмъ безграмотнымъ, такъ что архіепископъ самъ принужденъ былъ учить грамотѣ своихъ ставлениковъ. Объ этомъ онъ писалъ любопытное посланіе въ Москву къ вел. князю.

И изъ Великаго Новгорода онъ очень заботился о сооруженіи Чудовскаго храма, высылая въ Москву на его постройку довольно серебра. Церковь была сооружена вельми чудна, велика и высока, и трапеза, а въ ней многія полаты, горнія и дольнія, удобныя на всякую монастырскую потребу и живущимъ тутъ братіямъ на преупокоеніе. Послѣ того въ новосозданную имени св. Алексѣя церковь были перенесены и мощи святителя изъ Благовѣщенскаго предѣла и поставлены въ ракѣ на правой сторонѣ у стѣны.

Эта постройка отчасти сохраняетъ свои внутреннія стѣны и донынѣ съ западной стороны соборнаго храма, гдѣ существуетъ главный входъ въ готическомъ стилѣ.

Такимъ образомъ возможно выяснить слѣдующія положенія. Самое основаніе монастыря возможно относить къ 1358 г.

Первый каменный храмъ построенъ въ 1365 г.; на томъ же мѣстѣ построенъ новый съ предѣломъ Благовѣщенія въ 1431–1438 гг.

Третій храмъ на новомъ мѣстѣ во имя св. Алексѣя заложенъ въ 1483 г. и выстроенъ вѣроятно въ 1485 г., когда построена и трапеза съ горними верхними и дольними нижними полатами.

Въ 1493 г. во время Кремлевскаго пожара у Чуда въ монастырѣ казна выгорѣла.

Въ 1500 г. уже не помнили, кто заложилъ старую церковь, построенную въ 1431–1438 г., и приписывали ея постройку самому святителю Алексѣю. Къ этому времени она значительно обветшала, и вел. князь Иванъ Вас. въ 1501 году повелѣлъ ее разобрать и на томъ же мѣстѣ построить новую. Въ 1503 г. выстроенный храмъ былъ освященъ 6 сентября, на память празднованія Чудеси иже есть въ Хонѣхъ, митрополитомъ Симономъ и архіепископомъ Геннадіемъ.

Вслѣдъ затѣмъ, въ 1505 г., былъ по ветхости разобранъ и Архангельскій соборъ на площади и заложенъ новый, котораго постройка была окончена въ 1507 г. Оба храма сооружали итальянскіе мастера, какъ можно судить по многимъ деталямъ сооруженія.

Въ 1535 г. правительница Елена (Глинскихъ) устроила для мощей святителя новую серебряную раку.

Февраля 11 пятилѣтній царь Иванъ (Грозный), его мать Елена прибыли въ монастырь. Митрополитъ Даніилъ съ епископами служилъ предъ св. мощами молебенъ, съ великими слезами моля святого, дабы угодно ему было переложить его мощи изъ старой въ новую раку. Митрополитъ со властями самъ совершилъ переложеніе. Маленькій царь съ матерью и боярами тутъ стояли, съ великими слезами моля святого.

Въ другой лѣтописи (Львова, IV, 35) этотъ случай разсказанъ съ иными подробностями. Царь Василій Ивановичъ, часто приходя ко гробу св. Петра чудотворца (въ Успенскомъ соборѣ) и къ св. мощамъ чудотворца Алексѣя, «лобызая со слезами св. мощи, особо наединѣ, по вся дни и нощи съ теплою вѣрою призываетъ ихъ, да помогуть ему ходатайствомъ къ Богу и къ Пречистой Его Матери о прижитіи чадъ и обѣты свои предъ ними въ сердцѣ своемъ полагаетъ… И родися ему сынъ (Иванъ)… и радостною душею обѣты сердца исполняя, повелѣваетъ дѣлать раки святымъ ихъ мощамъ со всякимъ царскимъ устроеніемъ: св. Петру раки золотую съ его образомъ златымъ, а стороны раки серебряныя; и каменіемъ драгимъ повелѣлъ ее украсить. А св. Алексѣю раку серебряную всю и на ракѣ образъ святого и столбцы позлатить. Начали дѣлать обѣ раки въ генварѣ 1531 г. и додѣлали раку св. Алексѣя въ февралѣ 1535 г. Затѣмъ 11 числа совершено было и переложеніе св. мощей при архимандритѣ Іонѣ. Былъ тутъ со многими боярами царь Иванъ и съ братомъ Георгіемъ.

Въ третьей лѣтописи (П. С. Л., VI, 295) помѣщена даже самая надпись, по всему вѣроятію существовавшая на ракѣ, гдѣ упомянуто, что образъ чудотворца устроенъ былъ на верхней доскѣ отъ серебра во всемъ сану, какъ государи служатъ, и украшенъ златомъ, каменіемъ дорогимъ и бисеромъ.

Въ великій пожаръ 1547 г. Чудовъ монастырь выгорѣлъ весь; были сохранены Божіимъ милосердіемъ однѣ мощи святителя Алексѣя. Старцевъ погорѣло по погребамъ и полатамъ 18, слугъ 50 чел., запасъ монастырскій весь сгорѣлъ.

Въ 1556 г. февраля 29 у царя Ивана родилась дочь, царевна Евдокія. Государь по своему обычаю крестилъ ее въ Чудовѣ монастырѣ и тогда же повелѣлъ построить надъ задними вратами монастыря обѣтную церковь во имя Іоанна Лѣствичника съ предѣломъ Евдокіи муч. Ноября 1 церковь была освящена торжественно въ присутствіп царя, царицы Анастасіи, царевича Ивана, царскаго брата Юрья Васильевича. Тутъ же были митрополитъ изъ Царяграда Кизитскій Іосафъ и старцы Святыя Горы, жившіе вѣроятно въ Чудовѣ же. Освящалъ митрополитъ Макарій со всѣми соборы.