Въ 1699 г., при учрежденіи для купцовъ и посадскихъ людей особаго управленія съ Бурмистрами во главѣ, въ полатахъ этого корпуса была помѣщена Бурмистрская Ратуша.
Пространство, остававшееся между упомянутыми полатами въ 12 саж. длины, при царѣ Иванѣ Грозномъ было застроено новымъ помѣщеніемъ для его двухъ сыновей, царевича Ивана 7 лѣтъ и царевича Ѳедора по четвертому году.
Въ самый день кончины царицы Анастасіи Романовыхъ, 7 августа 1560 г., опечаленный и что-то особое для своей жизни замышлявшій царь повелѣлъ «дѣтямъ своимъ дѣлати дворъ особной на взрубѣ, позади Набережныя большія полаты, а на дворѣ у нихъ поставити храмъ большой во имя Срѣтенія Господа Исуса Христа, съ предѣломъ Никиты Столпника чудотворца Переяславскаго», устроеннымъ теплою церковью, необходимою для малолѣтныхъ.
Никита Столпникъ почитался въ царской семьѣ великимъ Божіимъ угодникомъ по случаю оказаннаго чудотворенія при рожденіи именно царевича Ивана Иван., когда родители, бывши въ Переяславлѣ. усердие помолились у его гроба о дарованіи имъ чадородія, что и исполнилось рожденіемъ царевича, а потомъ и другого царевича Ѳедора.
Государь повелѣлъ дѣлать церкви и хоромы спѣшно, чтобы дѣтямъ въ томъ дворѣ устроиться ранѣе, такъ какъ наступало осеннее время. Безъ малаго черезъ полгода и хоромы и церковь были построены и 2 февраля 1561 г. новый храмъ былъ освященъ митрополитомъ Макаріемъ, въ присутствіи самого царя и царевичей, и причтенъ къ соборнымъ храмамъ съ учрежденіемъ въ немъ протопопствія.
Съ такою же поспѣшностью государь выселилъ изъ своего дворца и своего брата, Юрья Васильевича, которому также скоро былъ построенъ особый дворъ на мѣстѣ теперешняго Малаго дворца. 21 ноября того же 1560 г. государь уже пировалъ у него на новосельѣ, слѣдовательно новый дворъ и съ церковью Введенія, конечно, деревянной, строился всего только 3 1/2 мѣсяца.
Жилъ также въ царскихъ хоромахъ, у Спаса на Дворцѣ, и малолѣтный царь Казанскій, Александръ Сафакирѣевичъ, котораго государь точно такъ же поспѣшно выселилъ, устроивъ ему особый дворъ у Николы Гостунскаго.
Какъ упомянуто, хоромы царевичей, Ивана и Ѳедора, были поставлены на взрубѣ, т.-е. по тѣснотѣ мѣста на склонѣ Кремлевской горы, для чего въ самомъ этомъ склонѣ была взрублена площадка для хоромъ, посредствомъ такъ называемыхъ въ то время избицъ, деревянныхъ срубовъ, насыпанныхъ землею, на которыхъ и была утверждена площадь хоромъ.
При Годуновѣ этотъ дворецъ, вмѣсто деревяннаго, былъ построенъ каменный; вмѣсто деревяннаго взруба построены въ горѣ каменныя полаты длиннымъ четыреугольникомъ, въ срединѣ котораго образовался особый дворъ. Эти постройки были произведены съ благотворительною цѣлью во время страшнаго голода въ 1601–1603 гг. Царь Борисъ, видя такое Божіе прогнѣваніе, повелѣлъ дѣлати каменное дѣло многое, чтобы людямъ питатися, и сдѣлаша каменныя полаты большія на Взрубѣ, гдѣ были царя Ивана хоромы, т.-е. его дѣтей, гдѣ вѣроятно живалъ и самъ Грозный, строитель этихъ хоромъ.
Каменная постройка Годунова была возведена отъ уровня Подольной низменности до уровня нагорной площади въ видѣ большого корпуса слишкомъ на 50 саж. длиною и въ 8 сажень ширины, стоявшаго внизу подъ горою лицомъ къ Кремлевской стѣнѣ. Корпусъ соединялся съ нагорною площадью двумя крылами, такой же ширины, возведенными по откосу горы въ длину отъ края горы на 18 сажень, такъ что всей длины крыльевъ и съ шириною корпуса составилось болѣе 25 сажень.
Съ лицевой стороны въ зданіи было устроено 8 полатъ, семь по 4 саж. ширины и одна наугольная къ Житному двору въ 6 сажень; надъ этою послѣднею полатою и были выстроены хоромы Самозванца на 48 саженяхъ въ квадратѣ. Подъ полатами находились тѣхъ же размѣровъ погреба.
Годуновъ на этомъ каменномъ основаніи построилъ и себѣ особый дворецъ деревянный, который былъ разрушенъ по повелѣнію воцарившагося Самозванца, какъ вертепъ будто бы злого чародѣйства. Тогда разсказывали, что «въ подземельѣ этого дома находилась статуя таинственнаго вида, съ горящею въ рукѣ лампадою, обсыпанная внизу значительнымъ количествомъ пороха. Увѣряютъ, замѣчаетъ современникъ, что если бы масло догорѣло, лампада упала бы съ огнемъ на землю, порохъ вспыхнулъ бы и, поднявъ на воздухъ весь домъ, разрушилъ бы сосѣдственныя зданія. Къ счастію, говорятъ, замыселъ былъ открытъ, и статую сокрушили до гибельнаго взрыва. Борисъ обвинялъ въ чародѣйствѣ Дмитрія, Дмитрій уличалъ въ томъ же Бориса. Въ Россіи и теперь во всемъ видятъ колдовство и жалуются на чародѣевъ», заключаетъ современникъ (Сказанія о Самозванцѣ, III. 143).
Мѣстность этого Дворца на Взрубѣ была такъ красива по своему положенію, что и Самозванецъ здѣсь же выстроилъ деревянныя хоромы и для себя, и для царицы Марины. Современники называютъ эти хоромы не только красивыми, но и великолѣпными по богатой ихъ уборкѣ, а самъ Самозванецъ, по словамъ его любимца кн. Хворостинина, очень похвалялся, что выстроилъ такія чудныя храмины.
Хворостининъ обзываетъ эти постройки блудническими храмами. Исаакъ Масса приложилъ къ своему сочиненію рисунокъ этихъ хоромъ, напоминающихъ вообще постройки извѣстнаго Коломенскаго дворца.
Въ этомъ самомъ дворцѣ совершилась и погибель Самозванца. Преслѣдуемый толпою мятежниковъ и уже раненый, онъ выкинулся изъ дворца въ окно съ большой высоты внизъ на землю, возлѣ Житнаго двора, при чемъ вывихнулъ себѣ ногу. Стоявшіе на караулѣ у Боровицкихъ (названныхъ Чертольскими) воротъ стрѣльцы увидали лежащаго государя, услыхали его стоны и явились къ нему на помощь. Они подняли его, облили водой и ввели на каменный фундаментъ (подклѣтъ), на которомъ стоялъ деревянный домъ Бориса Годунова, какъ упомянуто, разрушенный по его же Самозванцеву приказанію. Но и защитникамъ стрѣльцамъ не было пощады. Разбившагося царя-Самозванца приволокли опять въ его комнаты, прежде великолѣпно убранныя, а теперь разграбленныя, обезображенныя.
Здѣсь покончили его жизнь выстрѣлами изъ ружья купецъ Григорій Валуевъ и Иванъ Васильевичъ Воейковъ.
Въ Смутное время, когда Кремль былъ занятъ Поляками, въ этихъ хоромахъ вѣроятно размѣщались разные воинскіе чины. Оставались ли цѣлыми хоромы послѣ Смуты съ воцареніемъ Михаила Ѳедоровича, неизвѣстно, а въ случившійся большой пожаръ въ 1626 г., когда погорѣлъ и патріаршій, и царскій дворъ, и Житницы, несомнѣнно погорѣли и Самозванцевы хоромы, оставившія только каменное зданіе Годуновской постройки, на которомъ онѣ красовались до этого времени.
Но память о поселеніи здѣсь Самозванца сохранялась до временъ Петра Великаго. Въ 1702 г. по случаю изысканій удобныхъ во дворцѣ полатъ для заводимаго тогда комедійнаго дѣла упомянуты и Розстригинскія полаты, одазавшіяся неудобными для комедій. Такъ былъ названъ тотъ корпусъ, который примыкалъ къ деркви Іоанна Предтечи и былъ, какъ мы упоминали, построенъ для в. княгини Софьи Полеологъ. Разстригинскими полаты вѣроятно прозывались по старой памяти между дворцовыми служителями.
Разстрига, кромѣ своего деревяннаго дворца, несомнѣнно занималъ и близлежащія каменныя полаты упомянутаго корпуса, почему онѣ и сохраняли его прозваніе.
Впослѣдствіи вмѣсто хоромъ здѣсь разведенъ былъ такъ называемый Набережный садъ, о которомъ прямыя извѣстія появляются однако только къ концу ХVІІ ст. Можно предполагать, что къ устройству здѣсь сада было приступлено еще при царѣ Михаилѣ съ того времени, когда въ 1633 г. была проведена во дворецъ вода съ Москвы-рѣки. Подъ садомъ въ полатахъ еще при Годуновѣ былъ помѣщенъ Денежный дворъ для чеканки серебряныхъ денегъ. Впослѣдствіи этотъ дворъ сталъ именоваться Старымъ, потому что въ другихъ полатахъ подъ садомъ же былъ устроенъ Новый Денежный дворъ. Въ концѣ XVII ст. здѣсь находилось два Денежныхъ двора, Старый, Серебряный, изготовлявшій серебряную монету и другой, Мѣдный, изготовлявшій съ 1700 года мѣдныя денежки и полушки. Этотъ Мѣдный дворъ заведенъ, по всему вѣроятію, еще при царѣ Алексѣѣ Михаиловичѣ для задуманной тогда чеканки, вмѣсто серебряной, мѣдной монеты.