Срокъ для исполненія этихъ работъ былъ назначенъ къ Рождеству Христову, того же 1680 г., но онѣ окончились только въ сентябрѣ 1681 г., когда 13 числа храмъ и былъ освященъ.
Для стѣннаго письма весь храмъ отъ верха до пола былъ подмазанъ левкасомъ и набитъ гвоздями, утверждавшими левкасъ. Иконописцы по левкасу покрыли лазорью звѣздами и острофили, т.-е. очертили, рисунки для письма. Въ главахъ, въ 24 вѣтреницы и въ 10 церковныхъ оконъ вставлены слюдяныя окончины. Въ старой дисаной большой главѣ вновь написаны св. Апостолы, противъ прежняго и починенъ вновь Спасовъ образъ, херувимы, серафимы, ангелы, архангелы.
Мостъ-полъ церковный былъ выложенъ угольчатымъ муравленымъ кирпичомъ, муравленымъ съ обѣихъ сторонъ свинцомъ, котораго употреблено мягкаго 22 пуда.
Иконостасъ поставленъ сныцарской работы рѣзной, въ 11 арш. вышины и 15 арш. ширины.
Написаны и поставлены иконы: деисусъ — 15 иконъ, праздниковъ — 16, пророковъ — 15. Вмѣсто пояса или тябла праотцевъ поставлены 12 круговъ золоченыхъ съ изображеніемъ Христовыхъ Страстей, а посреди круговъ Распятіе съ предстоящими, слѣд. тоже 15 иконъ. Можно полагать, что съ этого времени по этому образцу стали поставлять вверху иконостаса Распятіе съ предстоящими и въ другихъ храмахъ, что потомъ водворилось повсюду и обозначило западное вліяніе на нашу старину. Въ числѣ мѣстныхъ иконъ поставленъ образъ Богородицы Боголюбской съ изображеніемъ на немъ въ моленіи апостола Филиппа и митрополита Филиппа, стоявшій въ прежней церкви Филиппа апостола; затѣмъ иконы: 12 Апостоловъ, Ильи Пророка, Трехъ Святителей Вселенскихъ, Трехъ Святителей Московскихъ. При освященіи церкви употреблены большія свѣчи налѣпы, числомъ 55, раскрашенныя красною и зеленою краскою.
Патріаршее мѣсто, стоявшее въ церкви Трехъ Святителей, было вызолочено и перенесено въ Новую Апостольскую церковь.
Какъ упомянуто, храмъ былъ обновленъ во всѣхъ частяхъ къ сентябрю 1681 г. Вмѣстѣ съ тѣмъ происходило поновленіе отъ верха до земли (худыя мѣста починены и все выбѣлено) во всѣхъ полатахъ, стоявшихъ между новымъ храмомъ и Крестовою полатою, въ томъ числѣ Ризничная полата, находившаяся съ западной стороны подлѣ храма, а также врата подъ нимъ, Крестовыя сѣни и кельи патріарха.
Въ томъ же 1681 г. патріархъ указалъ сдѣлать и въ Трехсвятительскую церковь новый иконостасъ, для чего были подряжены золотари изъ царскаго дворца съ уговоромъ: иконостасъ позолотить и росписать три пояса, столбы и каптели и базики и рамы и дорожники всѣ позолотить краснымъ золотомъ на пулментъ, а низкія мѣста и за столбами посеребрить, и тумбы росписать, какъ свят. патріархъ укажеть; и вмѣсто пеленъ написать бархаты противъ Верховыхъ церквей.
Въ 1682 году 26 ноября случился пожаръ во Дворцѣ, великихъ государей терема выгорѣли и соборная Успенская церковь и домъ святѣйшаго патріарха обгорѣли.
Послѣдній патріархъ, Адріанъ, вступившій въ этотъ санъ въ августѣ 24 числа 1690 г., также много потрудился въ переустройствѣ своего двора.
Съ началомъ весны 1691 г. онъ указалъ построить на своемъ большомъ дворѣ въ Верху передъ Ризницею въ сѣняхъ Столовую полату, а въ ней сдѣлать къ Ризницѣ въ дверяхъ колоды каменныя; въ кельѣ малой, что отъ собору, двери пробравъ сдѣлать новыя, а старыя задѣлать, сводъ въ ней сдѣлать новой; помостъ въ Столовой поднять выше, а въ сѣнцахъ малыхъ, промежъ Столовой и малой кельи, опустить ниже, сдѣлать помостъ вездѣ ровно и накласть желѣзными плитами; въ Столовой и въ Малой кельѣ окна сдѣлать шире; вверху надъ Столовою сдѣлать вновь келью. длина промежъ стѣнъ 3 саж., поперегъ 3 саж. безъ чети; передъ кельею сдѣлать переднюю келью да въ ней надъ всходною лѣстницею и по стѣнѣ къ собору два чулана, да подлѣ другой кельи сдѣлать отходъ; а большая настоящая келья сдѣлать безъ сводовъ, а прочія со сводами; а у оконъ со внѣшнюю сторону ростески и столбики и углы столбоваты и все сдѣлать противъ оконъ и угловъ Чудовской трапезы; а надъ окнами кзымсы и обвершка противъ оконъ, каковы сдѣланы на Ивановской площадной полаткѣ; а мосты (полы) нижніе и поверхъ сводовъ и потолковъ будутъ каменные или желѣзные; гдѣ быть печамъ, трубы вывесть и на верху всѣ ихъ круглыя сдѣлать; а къ отходу верхнему отъ исподняго трубу сдѣлать каменную и вверхъ отъ него трубу на кровлю вывесть; и вездѣ левкасомъ подмазать и выбѣлить.
Въ 1692 г. построены новыя каменныя полаты, гдѣ велѣно быть вновь Дворцовому приказу.
Въ 1694 г. переустроенъ Разрядъ, выходившій своими дверями и стѣнами на площадь, при чемъ большія двери на площадь задѣланы кирпичоыъ и сдѣланы малыя дверцы проходныя, а надъ ними стѣна проломана для свѣту и сдѣлано окно съ рѣшеткою.
Съ площади отъ воротъ кругомъ полатъ до воротъ, что подъ церковью 12 Апостолъ, забрать заборомъ въ столбы для того, чтобы близь окошекъ никто съ лошадьми не ставился.
Въ 1697 г. патріархъ указалъ купить на домовой большой дворъ къ строенью Ризницы 100 тысячъ кирпичу. Но была ли эта Ризница строена, неизвѣстно.
Въ томъ же году передъ Крестовою въ сѣняхъ, гдѣ дневать дворянамъ, сдѣлана особая полатка да передъ Пѣвческою полатою рундукъ каменный.
Лѣтомъ 1699 г. произведены различныя починки и передѣлки снаружи у церкви 12 Апостолъ, кровля которой покрыта новымъ желѣзомъ; а подъ церковью Трехъ Святителей задѣланы кирпичомъ старыя ворота, бывшія святыя, и подъ своды поддѣланъ столбъ каменный. Видимо, что церковь, простоявъ слишкомъ сто лѣтъ, ветшала и потребовала подпоръ. Въ 1763 г. она наконецъ обрушилась и была разобрана.
11-го августа патріархъ указалъ въ дому своемъ свою патріаршу Крестовую полату, вмѣсто старой тесовой кровли, покрыть вновь, опричъ сѣней, по старымъ желѣзнымъ стропиламъ, всю дощатымъ Свицкимъ желѣзомъ въ одну сторону полудя; и подъ кровлю подзоры сдѣлать противъ образца, какъ покрыта паперть передъ церковью 12 Апостолъ, на которой въ томъ же году поставлены новые кресты, желѣзные. Желѣза куплено 430 пудовъ, въ томъ числѣ 56 пудовъ у крестьянина Ивашки Забѣлина.
Патріархъ Адріанъ померъ 16 окт. 1700 г. На его мѣсто вступилъ блюститель патріаршаго Престола Стефанъ Яворскій, въ управленіе котораго уже не происходило никакого по личному вкусу перестройства въ зданіяхъ святительскаго двора. Производились только поправки и починки обветшавшаго. Такъ, зимою 1701 г. были починены изразчатые полы въ Крестовой и въ церкви 12 Апостолъ; вставлены вмѣсто попорченныхъ старыхъ муравленыхъ кирпичей новые угольчатые и четвероугольные, которые съ одной стороны зелены, муравлены свинцомъ, и работаны въ Гончарной слободѣ.
Изъ приведенныхъ выше свѣдѣній выясняется то обстоятельство, что на патріаршемъ дворѣ почти каждый новый хозяинъ устроивалъ и передѣлывалъ разныя помѣщенія, согласуясь съ своими личными потребностями и нуждами хозяйственнаго обихода и управленія. Перемѣщались кельи, переустроивались изъ старыхъ новыя полаты, для чего пробивали новыя двери и окна, задѣлывали старыя, переводились изъ полаты въ полату дворовыя служебныя учрежденія и т. д.
Вмѣстѣ съ тѣмъ выясняется, что обширный патріаршій дворъ представлялъ въ своемъ родѣ цѣлый городокъ, состоявшій изъ особняковъ каменныхъ и деревянныхъ, изъ полатъ и избъ, размѣщенныхъ во дворѣ, смотря по удобству и хозяйственнымъ потребностямъ.
Цѣльный, такъ называемый, домъ представляла только Крестовая полата съ прилежащими къ ней другими немногими зданіями, но и та выдвигалась отдѣльнымъ строеніемъ съ особою кровлею.
Церкви Трехъ Святителей, Соловецкихь чуд. (12 Апостолъ) также, какъ упомянуто, стояли особняками и соединялись съ жилыми помѣщеніями посредствомъ сѣней, переходовъ и своихъ папертей.
Полный составъ различныхъ жилыхъ помѣщеній патріаршаго дома упоминается по случаю расхода свѣчъ, которыхъ въ два мѣсяца на іюль и августъ 1686 г. было употреблено 1000 свѣчъ большаго литья и 2000 малаго литья, а именно: въ Верхъ свят. патріарха въ кельи, въ Крестовую, въ Столовую, въ кельи Казначейскія, іеромонаховъ трехъ, ризничаго, іеродіяконовъ двухъ и старцовъ: конюшаго, чашника, сушиленнаго, житнаго; въ полаты клюшника, ясельничаго и по службамъ на погребы, въ поварню, приспѣшню, скатертную, въ двѣ хлѣбодарни, въ квасо— и пиво-варню, въ полаты дворянамъ, и передъ Крестовую полату дневальнымъ; къ подьякамъ (пѣвчимъ), въ правильню, въ портномастерскую полату, въ Богоявленскую школу и за святѣйшимъ въ походы и на всякіе мелкіе расходы.