Въ 1640 г. патріархъ устроилъ существовавшій за Фроловскими воротами патріаршій огородъ, который былъ окопанъ рвомъ, огражденъ тыномъ и плетнемъ на 80 саж., а на Житномъ дворѣ построилъ новую большую житницу. Этотъ огородъ находился на Воронцовомъ полѣ. Въ 1634 г. отхуда было продано огурцовъ на 5 руб. І6 алт. 4 д. — сумма по тогдашнему времени очень значительная для доходовъ съ огорода при тогдашней дешевизнѣ огурцовъ.
Въ каменныхъ хоромахъ были починены переходы къ церкви Соловецкихъ чуд., гдѣ смыкали своды. Подъ Крестовою также сводили своды и починивали печь.
Особенное и многое переустройство различныхъ зданій патріаршаго двора происходило при патр. Іосифѣ. Въ самомъ началѣ своего патріаршества, въ 1642 г. онъ указалъ подмастерью каменныхъ дѣлъ Давыду Охлебинину Крестовые сѣни и полаты: Крестовую, Золотую, Казенную, Проходную, что передъ Казенною, то-есть весь корпусъ давней постройки, вѣроятно уже очень обветшавшей, разобрать до подшвы и сдѣлать все наново, по смѣтѣ извѣстнаго въ то время архитектора подмастерья каменныхъ дѣлъ Антипы Константинова и подъ его смотрѣніемъ, съ приказомъ во всемъ его слушать, что онъ ни укажетъ.
Для этой постройки еще осенью 1642 г. и зимою 1643 г. былъ заготовленъ матеріалъ: куплено 500 камней трехпядныхъ по 4 руб. за сто; привезено песку съ Москвы-рѣки 1000 коробовъ, кой песокъ къ каменному дѣлу годится; поставлено 200 тысячъ кирпичу жженаго по 1 руб. 20 алт. за тысячу и т. д. Выстроенныя новыя Крестовая, Золотая и Келейная Казенная полаты были покрыты подъ одну кровлю.
Столовая полата осталась въ прежнемъ видѣ и по случаю новаго пожара въ 1650 г. была только исправлена въ сводахъ, которые укрѣплены желѣзными связями, окрашенными черленью. Этотъ пожаръ случился 21 ноября во дворцѣ, горѣли хоромы царицы Марьи Ильичны, стоявшіе на межѣ съ патріаршимъ дворомъ, на которомъ обгорѣли кровли на Столовой и Крестовой полатахъ.
Въ 1651 г. между Столовою и Крестовою упомянута лѣстница, вѣроятно построенная въ это же время, именуемая впослѣдствіи большою и переднею, такъ какъ она вела въ полаты со стороны Успенскаго собора (Альбомъ видовъ, No XIX). Въ томъ же году въ проходныхъ сѣняхъ передъ Столовою на стѣнномъ письмѣ починенъ образъ Недреманное Око Спасово. Подлѣ Столовой, со стороны двора, была выстроена новая каменная полата, а потомъ въ 1651 г. отъ патріаршей столовой къ государевой Грановитой полатѣ позади Ризположенской церкви были устроены деревянные на столбахъ переходы, на которые расходъ за лѣсъ и за дѣло раздѣленъ былъ пополамъ, половина уплачена изъ патріаршей казны, а другая 26 р. 8 алт. 4 д. изъ казны государевой, такъ какъ, вѣроятно, переходы были сдѣланы для государевыхъ пришествій къ патріарху. По этимъ переходамъ особенно часто хаживалъ къ патріархамъ царь Алексѣй Мих.
Не малое вниманіе патріархъ обратилъ на древнюю бѣлокаменную церковь Ризположенія, которая по его указу въ 1644 г. была значительно переправлена. Она была древней постройки съ щелевидными окнами, дававшими мало свѣта. Патріархъ указалъ, для свѣту оконъ прибавливать, откосы и стѣны утесыватъ даже и у царскихъ дверей. Затѣмъ храмъ былъ богато украшенъ стѣннымъ письмомъ, за что иконописцамъ по уговору было уплачено 130 руб. Снаружи церковь была выбѣлена.
Кромѣ того, вмѣсто прежнихъ деревянныхъ, нѣкоторыя зданія были выстроены каменныя, каковы: Судный приказъ, большая кузница, конюшенный сарай для возковъ и др.
Подъ хоромами патріарха подъ горницею съ комнатою построены каменные подклѣты между каменныхъ старыхъ стѣнъ на три житья со всходною лѣстницею. Позади этихъ хоромъ устроенъ садъ, въ которомъ посажены яблони.
Святыя ворота, что ходятъ на патріарховъ дворъ, были наново росписаны настѣннымъ письмомъ съ сусальнымъ золотомъ и киноваремъ и перекрыты; въ нихъ помостъ выложенъ большими камнями и далѣе до Успенскаго собора, около котораго также устроенъ деревянный помостъ изъ струговыхъ досокъ, какъ и на дворѣ патріарха.
Нововыстроенная Крестовая съ лица была также росписана по кирпичамъ, на что употреблено пудъ сурику и 7 ведеръ сусла. Внутри ея полъ былъ выстланъ вмѣсто прежняго глинянаго синяго кирпича дубовымъ кирпичомъ (паркетъ), котораго употреблено 700 штукъ. Такіе кирпичи дѣлались квадратами отъ б до 8 вершковъ, толщиною въ 2 и 3 вершка.
Въ Золотой полатѣ была поставлена печь ценинная изъ синихъ изразцовъ, и около печи устроена мѣдная рѣшетка.
Какое назначеніе имѣла эта Золотая полата, неизвѣстно. Но едва ли она была пріемною; вѣроятнѣе всего она носила имя Золотой по поводу производившихся въ ней работъ мастеровъ золотого и серебрянаго дѣла и называлась прежде, какъ упомянуто, Серебряною полатою.
Изъ приведенныхъ свѣдѣній видимъ, что патр. Іосифъ былъ не только усерднымъ строителемъ, но и много заботился вообще о красивомъ устройствѣ своего двора.
15 апрѣля 1652 года померъ патріархъ Іосифъ; на его мѣсто царь Алексѣй Михаиловичъ уже думалъ избрать новгородскаго митрополита, достопамятнаго Никона, который въ это время по повелѣнію государя путешествовалъ въ далекій Соловецкій монастырь для перенесенія въ Москву мощей св. Филиппа митрополита.
Св. мощи были съ торжествомъ перенесены въ Москву 9 іюля того же года, а затѣмъ 22, по другимъ указаніямъ 25 того же мѣсяца, т.-е. всего черезъ двѣ недѣли, Никонъ былъ избранъ на патріаршество безъ жеребья, какъ искони водилось, а только по желанію государя, противъ чего Никонъ упрямился, не хотѣлъ ставиться безъ жребія, но былъ упрошенъ государемъ, оказавшимъ ему по этому случаю великое вниманіе. Павелъ Алеппскій по этому поводу упоминаетъ, что Никонъ тогда лишь согласился принять патріаршество, когда было постановлено, что царь отнюдь не будетъ заниматься дѣлами церкви и духовенства, какъ это было при Филаретѣ, при прежнихъ царяхъ. Съ этого времени по царскому указу слово его стало рѣшающимъ, и никто не смѣлъ противиться ему.
Другой современникъ, дьяконъ Благовѣщенскаго собора Ѳедоръ Ивановъ, свидѣтельствуетъ также, что еще въ началѣ поставленія царь запись ему далъ своею рукою, «еже во всемъ его послушати и отъ бояръ оборонить и его волю исполнять».
15 августа, въ день празднованія Успенію Б-цы, государь поднесъ ему на золотой мисѣ золотую митру-корону, вмѣсто обычной до того времени патріаршей шапки, опушенной горностаемъ, еще образъ св. Филиппа митрополита да братину золоту. Въ тотъ же день государь пожаловалъ новому патріарху Цареборисовскій дворъ въ домъ Пресв. Богородицы. Патріаршій дворъ и въ прежнее время пользовался помѣщеніями Цареборисовскаго двора. При патріархѣ Филаретѣ Никит. въ 1626 г. тамъ находились патріаршіе капустные погреба.
Нѣтъ сомнѣнія, что еще прежде Никонъ обратилъ вниманіе государя на зтотъ опустѣлый дворъ, представляя ему, съ какою бы пользою этотъ пустой дворъ, присоединенный къ патріаршему двору, могъ послужить къ большему простору и устройству патріаршаго вѣдомства.
И дѣйствительно, недѣли черезъ двѣ послѣ Успенскаго праздника на зтомъ дворѣ начались уже строительныя работы. 2 сентября извозчики уже навозили на Борисовскій дворъ къ каменному дѣлу 141 тысячу кирпича, а каменщики стали сооружать ворота на этотъ дворъ съ патріархова двора.
Затѣмъ перенесены были на новый дворъ конюшни, стойла и ясли и построены на немъ новыя житницы и новыя хоромы, готовыя, перевезенныя изъ патріаршаго Новинскаго монастыря. По случаю разныхъ передѣлокъ и обновленій въ самомъ каменномъ домѣ Цареборисовскаго двора упоминаются нѣкоторыя его части, именно сѣни, покрытыя шатромъ съ яблокомъ на его верху; у нихъ надъ переднимъ крыльцомъ сдѣланъ чердачокъ; большая полата и позади ея малая полатка, средняя полата, золотая полата, названная такъ вѣроятно уже въ это время по поводу производимыхъ въ ней работъ серебрянаго и золотого дѣла, для чего въ ней были устроены горны и въ 1653 г. два большихъ стола, одинъ въ 4, другой въ 3 саж., и двѣ скамьи по 2 саж. Однако въ этой же полатѣ въ 1653 и 1654 годахъ старецъ Арсеній грекъ сидѣлъ у книжной справки и переводилъ книги съ греческой грамоты на русскую и писалъ книгу греческую патріарху.