Память добродетельной Анастасии и свойство Романовых-Юрьевых с Царским домом Мономаховой крови были для них правом на общее уважение и самую любовь народа. Боярин Никита Романович, достойный сей любви и личными благородными качествами, оставил 5 сыновей: Федора, Александра, Михайла, Ивана и Василия, в последний час жизни молив Годунова быть им вместо отца. Честя их наружно — дав старшим, Федору и Александру, Боярство, Михайлу сан Окольничего, и женив своего ближнего, Ивана Ивановича Годунова, на их меньшей сестре, Ирине — Борис внутренно опасался Романовых, как совместников для его юного сына: ибо носилась молва, что Феодор, за несколько времени до кончины, мыслил объявить старшего из них наследником Государства: молва, вероятно, несправедливая; но они, будучи единокровными Анастасии и двоюродными братьями Феодора, казались народу ближайшими к престолу. Сего было достаточно для злобы Борисовой, усиленной насказами родственников Царских; но гонение требовало предлога, если не для успокоения совести, то для мнимой безопасности гонителя, чтобы личиною закона прикрыть злодейство, как иногда поступал Грозный и сам Борис, избавляя себя от ненавистных ему людей в Феодорово время. Надежнейшими изветниками считались тогда рабы: желая ободрить их в сем предательстве, Царь не устыдился явно наградить одного из слуг Боярина Князя Федора Шестунова за ложный донос на господина в недоброхотстве к Венценосцу: Шестунова еще не тронули, но всенародно, на площади, сказали клеветнику милостивое слово Государево, дали вольность, чин и поместье. Между тем шептали слугам Романовых, что их за такое же усердие ждет еще важнейшая милость Царская; и главный клеврет нового тиранства, новый Малюта Скуратов, Вельможа Семен Годунов, изобрел способ уличить невинных в злодействе, надеясь на общее легковерие и невежество: подкупил казначея Романовых, дал ему мешки, наполненные кореньями, велел спрятать в кладовой у Боярина Александра Никитича и донести на своих господ, что они, тайно занимаясь составом яда, умышляют на жизнь Венценосца. Вдруг сделалась в Москве тревога: Синклит и все знатные чиновники спешат к Патриарху; посылают окольничего Михайла Салтыкова для обыска в кладовой у Боярина Александра; находят там мешки, несут к Иову и в присутствии Романовых высыпают коренья, будто бы волшебные, изготовленные для отравления Царя. Все в ужасе — и Вельможи, усердные подобно Римским Сенаторам Тибериева или Неронова времени, с воплем кидаются на мнимых злодеев, как дикие звери на агнцев, — грозно требуют ответа и не слушают его в шуме. Отдают Романовых под крепкую стражу и велят судить, как судят беззаконие.

Сие дело есть одно из гнуснейших Борисова ожесточения и бесстыдства. Не только Романовым, но и всем их ближним надлежало погибнуть, чтобы не осталось мстителей на земле за невинных страдальцев. Взяли Князей Черкасских, Шестуновых, Репниных, Карповых, Сицких: знатнейшего из последних, Князя Ивана Васильевича, Наместника Астраханского, привезли в Москву скованного с женою и сыном. Допрашивали, ужасали пыткою, особенно Романовых; мучили, терзали слуг их, безжалостно и бесполезно: никто не утешил тирана клеветою на самого себя или на других; верные рабы умирали в муках, свидетельствуя единственно о невинности господ своих пред Царем и Богом. Но судии не дерзали сомневаться в истине преступления, столь грубо вымышленного, и прославили неслыханное милосердие Царя, когда он велел им осудить Романовых, со всеми их ближними, единственно на заточение, как уличенных в измене и в злодейском намерении извести Государя средствами волшебства. В июне 1601 года исполнился приговор Боярский : Федора Никитича Романова (будущего знаменитого Иерарха), постриженного и названного Филаретом, сослали в Сийскую Антониеву Обитель; супругу его, Ксению Ивановну, также постриженную и названную Марфою, в один из заонежских погостов; тещу Федорову, Дворянку Шестову, в Чебоксары, в Никольский Девичий монастырь; Александра Никитича в Усолье-Луду, к Белому морю; третьего Романова, Михайла, в Великую Пермь, в Ныробскую волость; четвертого, Ивана, в Нелым; пятого, Василья, в Яренск; зятя их, Князя Бориса Черкасского, с женою и с детьми ее брата, Федора Никитича, с шестилетним Михаилом (будущим Царем!) и с юною дочерью, на Белоозеро, сына Борисова, Князя Ивана, в Малмыж на Вятку; Князя Ивана Васильевича Сицкого в Кожеозерский монастырь, а жену его в пустыню Сумского острога; других Сицких, Федора и Владимира Шестуновых, Карповых и Князей Репниных в темницы разных городов: одного же из последних, Воеводу Яренского, будто бы за расхищение Царского достояния, в Уфу. Вотчины и поместья опальных раздали другим; имение движимое и домы взяли в казну.

Но гонение не кончилось ссылкою и лишением собственности: не веря усердию или строгости местных начальников, послали с несчастными Московских приставов, коим надлежало смотреть за ними неусыпно, давать им нужное для жизни и доносить Царю о каждом их слове значительном. Никто не смел взглянуть на оглашенных изменников, ни ходить близ уединенных домов, где они жили, вне городов и селений, вдали от больших дорог; некоторые в землянках, и даже скованные. В монастырь Сийский не пускали богомольцев, чтобы кто-нибудь из них не доставил письма Федору Никитичу, Иноку невольному, но ревностному в благочестии: коварный пристав, с умыслом заговаривая ему о дворе, семействе и друзьях его, доносил Царю. что Филарет не находит между Боярами и Вельможами ни одного весьма умного, способного к делам государственным, кроме опального Богдана Бельского, и считает себя жертвою их злобных наветов; что хотя занимается единственно спасением души, но тоскует о жене и детях, не зная, где они без него сиротствуют, и моля Бога о скором конце их бедственной жизни (Бог не услышал сей молитвы, ко счастию России!). Донесли также Царю, что Василий Романов, отягченный болезнию и цепями, не хотел однажды славить милосердия Борисова, сказав Приставу: «истинная добродетель не знает тщеславия». Но Борис, как бы желая доказать узнику истину своего милосердия, велел снять с него цепи, объявить за них Царский гнев приставу, излишно ревностному в угнетении опальных, перевезти недужного Василия в Пелым к брату Ивану Никитичу, лишенному движения в руке и ноге от удара, и дать им печальное утешение страдать вместе. Василий от долговременной болезни скончался (15 февраля 1602) под молитвою брата и великодушного раба, который, верно служив господину в чести, служил ему и в оковах с усердием нежного сына. Александр и Михайло Никитичи также недолго жили в темнице, быв жертвою горести или насильственной смерти, как пишут: первого схоронили в Луде, второго в семи верстах от Чердыня, близ села Ныроба, в месте пустынном, где над могилою выросли два кедра. Доныне в церкви Ныробской хранятся Михайловы тяжкие оковы, и старцы еще рассказывают там о великодушном терпении, о чудесной силе и крепости сего мужа, о любви к нему всех жителей, коих дети приходили к его темнице играть на свирелях, и сквозь отверстия землянки подавали узнику все лучшее, что имели, для утоления голода и жажды: любовь, за которую их гнали при Годунове и наградили в Царствование Романовых милостивою, обельною грамотою. — Если верить Летописцу, то Борис, велев удавить в монастыре Князя Ивана Сицкого с женою, хотел уморить голодом и недужного Ивана Романова; но бумаги приказные свидетельствуют, что последний имел весьма не бедное содержание, ежедневно два или три блюда, мясо, рыбу, белый хлеб, и что у пристава еще было 90 (450 нынешних серебряных) рублей в казне, для доставления ему нужного. Скоро участь опальных смягчилась, от политики ли Царя (ибо народ жалел об них), или от ходатайства зятя Романовых, Крайчего Ивана Ивановича Годунова. В Марте 1602 Царь милостиво указал Ивану Романову (оставляя его под надзором, но уже без имени злодея) ехать в Уфу на службу, оттуда в Нижний Новгород, и наконец в Москву, вместе с племянником, Князем Иваном Черкасским; Сицких послал Воеводствовать в города Низовские (освободил ли Шестуновых и Репниных, неизвестно); а Княгине Черкасской, Марфе Никитишне, овдовевшей на Белеозере, велел жить с невесткою, сестрою и детьми Федора Никитича, в отчине Романовых Юрьевского уезда, в селе Клине, где, лишенный отца и матери, но блюдомый Провидением, дожил семилетний отрок Михаил, грядущий Венценосец России, до гибели Борисова племени. Царь хотел изъявить милость и Филарету: позволил ему стоять в церкви на крылосе, взять к себе Чернца в келию для услуг и беседы; приказал всем довольствовать своего изменника (еще так называя сего мужа непорочного в совести) и для богомольцев отворить монастырь Сийский, но не пускать их к опальному Иноку; приказал наконец (в 1605 году) посвятить Филарета в Иеромонахи и в Архимандриты, чтобы тем более удалить его от мира!