Условия, в которых предстояло возрождать флот после русско-японской войны, были необычайно сложны. Авторитет русского флота был растоптан. «Самотопы» и «цусимское ведомство» — это еще не худшие эпитеты, которыми общественное мнение награждало моряков после 1905 г. В законодательных учреждениях, от которых зависело выделение средств на строительство флота, господствовала твердая позиция недопустимости новых ассигнований без коренной реорганизации Морского ведомства и разработки им четкой программы развития флота, концепции комплексного военно-морского строительства. Было совершенно ясно, что воссоздание морских сил должно стать результатом хорошо продуманных взглядов на роль и место флота в системе обеспечения интересов государства, следствием глубоко обоснованных принципов тактического использования боевых единиц.

Уже в июне 1905 г., через два месяца после разгрома флота под Цусимой, началась реорганизация Морского ведомства. Архаичная должность генерал-адмирала, назначаемого традиционно из членов царской семьи, была упразднена, и он был заменен морским министром. Первым морским министром России стал вице-адмирал А.А.Бирилев. Вскоре была создана должность товарища (заместителя) морского министра, в ведение которого передавались все вопросы административно-хозяйственного порядка (Главное управление кораблестроения и снабжения /ГУКиС/, Морской технический комитет /МТК/ и заводы Морского министерства).

В конце 1905 г. молодой и талантливый офицер флота лейтенант А.Н.Щеглов подал царю специальную записку «Значение и работа штаба на основании опыта русско-японской войны», в которой доказывал, что в ходе войны «флот погиб от дезорганизации, и в этом всецело вина Главного морского штаба, которому по праву принадлежит 90 % всех неудач». В записке предлагалось создать в Морском министерстве совершенно новый орган — Морской генеральный штаб (МГШ или Генмор), в обязанности которого должно войти изучение морских сил вероятного противника, составление планов войны на море и проведение всех необходимых мероприятий по организации боевой готовности флота. 24 апреля 1906 г. царь издал специальный рескрипт на имя А.А.Бирилева, приказав организовать МГШ. Во исполнение указа Николая II 1 мая 1906 г. из Главного морского штаба была выделена стратегическая часть, которую и преобразовали в Морской генеральный штаб. Во главе небольшой группы молодых способных офицеров (первоначально их было 15 человек, к 1914 г. это число увеличилось до 40 человек), вошедших в новый орган, был поставлен опытный и широко образованный командир крейсера «Громобой» капитан 1 ранга П.А.Брусилов. МГШ в Морском министерстве стал тем органом, который извлек наибольшие уроки из Цусимы; вся реорганизация министерства проводилась теперь по инициативам генштаба[5].

В конце 1906 г. Николай II обратился к А.А.Бирилеву с рескриптом, в котором говорилось о необходимости «скорейшего воссоздания боевого флота в ряду других вооруженных сил Империи[6].

Cреди первоочередных вопросов, определенных МГШ, было решено строить будущие линейные корабли исключительно по типу „дредноут“, водоизмещением в 22–26 тыс. т, и с орудиями в 12». Морское министерство решило добиться ассигнований для начала постройки двух первых отечественных дредноутов, на что запрашивалось 42 млн. руб. в течение 2–3 лет. Однако на специальное письмо А.А.Бирилева от 27 июля 1906 г. министр финансов В.Н.Коковцев ответил, что в связи с отсутствием у Морского министерства строго рассчитанной на ряд лет программы нельзя согласиться с этой просьбой, ибо «нет уверенности в целесообразности заказа»[7]. Остаток 1906 и начало 1907 г. прошли в бесконечных совещаниях с представителями различных ведомств по выяснению задач флота и увязыванию планов обороны Морского и Военного министерств и выработке ими совместного плана морской обороны всех русских морей.

В марте 1907 г. МГШ представил Николаю II «Стратегические основания для плана войны на море», в которых предлагались четыре варианта судостроительной программы в зависимости от финансовых возможностей страны. МГШ предлагал вести восстановление флота сразу строительством целых боевых эскадр, число которых, в зависимости от варианта программы, было от четырех (вариант 1) до одной (вариант 4). Поскольку строительство каждой эскадры, по расчетам МГШ, должно было обойтись в 350 млн. руб., царь остановился на варианте 4 — одна эскадра для Балтийского моря в составе 8 линкоров, 4 линейных крейсеров, 9 легких крейсеров и 36 миноносцев. Эта так называемая «малая программа» судостроения была рассчитана на 10 лет, а в ее основу была положена следующая стратегическая задача: «Балтийскому флоту оборонять Финский залив и вместе с тем представлять собой свободную морскую силу для поддержания интересов Империи во внешних водах»[8]. Полная стоимость программы, включая постройку эскадры, шхерной миноносной флотилии, оборудование баз, расходы на подготовку личного состава, а также включенные сюда затраты на модернизацию двух черноморских линкоров-додредноутов, достигла 870 млн. руб. 2 апреля 1907 г. царь приказал рассмотреть программу в Совете государственной обороны (СГО), снабдив доклад МГШ напутствием — «В основу средств, необходимых для выполнения задач Балтийского флота, должен быть поставлен линейный флот»[9].

Однако СГО на заседании 9 апреля 1907 г. пошел наперекор воле царя. Члены Совета решили, что выделять почти миллиард рублей на восстановление флота, когда не были удовлетворены многие первейшие нужды армии, совершенно неприемлемо. Николай II пришел в ярость от сопротивления СГО и отказался утвердить журнал заседания — император был явно неравнодушен к вопросу восстановления флота, и подобная мощная поддержка планам Морского министерства со стороны царя очень много впоследствии значила для моряков.

Уже в начале мая 1907 г. Совет министров разрешил Морскому министерству вносить ежегодно в свой бюджет по 31 млн. руб. на строительство линейных кораблей. 9 июня 1907 г. Николай II утвердил новый, уменьшенный вариант «малой программы», в которую входили два дредноута, а уже 12 июля 1907 г. она была вновь скорректирована царем до четырех линейных кораблей. Стоимость программы составляла 127 млн. руб. Вся вторая половина 1907 г., весь 1908 г. и часть 1909 г. пошли на преодоление сопротивления Государственной думы, не утверждавшей бюджет Морского министерства, и на реконструкцию судостроительных заводов для постройки дредноутов. Кроме этого, для определения наилучшего типа будущего линкора Морское министерство решило объявить широкий конкурс проектов с привлечением как русских так и зарубежных разработчиков. Все это отодвинуло начало строительства новых линкоров, и только 30 июня 1909 г. на казенных верфях в Петербурге были заложены четыре первых русских дредноута («Севастополь», «Петропавловск», «Полтава» и «Гангут»).

Руководимое МГШ Морское министерство прикладывало огромные усилия для ускорения постройки нового флота. Состав министерства был обновлен, аппарат реформирован и вся его деятельность со второй половины 1909 г. имела совершенно другой характер, чем прежде. Его достижения в особенности упрочились после назначения морским министром в апреле 1911 г. вице-адмирала И.К.Григоровича, пользовавшегося доверием и авторитетом в широких слоях общества, а также в Государственной думе, благодаря чему ему удавалось добиваться крупных ассигнований на восстановление морских сил.

Вскоре после закладки «севастополей» МГШ предложил новую судостроительную программу, охватывающую десятилетний срок с 1909 по 1919 г. Линейные силы для Балтийского моря были в ней представлены 8 линкорами и 4 линейными крейсерами. 3 августа 1909 г. этот проект стал предметом обсуждения на Особом совещании под председательством премьер-министра П.А.Столыпина, где программа МГШ встретила ряд возражений. Результатом стала переработка программы, которую МГШ представил вновь в ноябре. Число предполагавшихся к постройке линейных судов для Балтики осталось неизменным. Подробная пояснительная записка к программе была 24 февраля 1910 г. рассмотрена и одобрена Советом министров, и 25 марта утверждена царем, начертавшем резолюцию: «Согласен. Программу выполнить обязательно в 10-летний срок». Так были даны задания новой судостроительной программы, потребовавшей более года на прохождение всех ведомственных инстанций перед поступлением ее в Думу. Однако последняя, занятая другими вопросами, к рассмотрению ее в 1910 г. не приступала. Все внимание Думы в отношении развития морских сил России было поглощено сначала обсуждением и принятием морского бюджета на 1910 г., а затем рассмотрением и утверждением программы срочного усиления Черноморского флота новыми боевыми кораблями, в том числе тремя дредноутами.