Григорий Иванович в те дни занимался формированием воинских частей, проводил митинги и в самом Тирасполе, и в селах Приднестровья, обращаясь к рабочим и крестьянам с призывом добровольно вступать в ряды Красной Армии. Кроме того, он выезжал в Одессу и Раздельную, проводил совещания с железнодорожниками, которые должны были обеспечить бесперебойную работу.
К середине лета 1919 года закончилось формирование 45-й стрелковой дивизии. Командование дивизией принял Иона Эммануилович Якир. В состав дивизии вошли прославленный 5-й Заамурский полк, солдаты которого еще в грозные предоктябрьские дни решительно встали на сторону революции, 1-й Бессарабский, Приднестровский полк, а также отряд Котовского.
Григорий Иванович Котовский, приказом по дивизии от 3 июля 1919 года, назначен был командиром 2-й стрелковой бригады. Она состояла из 400, 401 и 402-го стрелковых полков, которыми командовали Колесников, Курковский, Криворучко. Кроме того, в бригаду вошли бывший конный отряд Котовского, реорганизованный в кавдивизион, легкий артдивизион, несколько партизанских отрядов из Бессарабии, Подолии, Причерноморья. И хотя основу бригады составляли молдаване, в нее входили и русские, украинцы, поляки, венгры, сербы.
Начальником штаба бригады назначили А. Каменского, который вместе с Котовским нес оборону Кишинева в январе 1918 года. Каменский умело командовал тогда одним из отрядов. Отличался он и личной завидной храбростью. Позднее Каменский исполнял обязанности начальника штаба 3-й Особой революционной армии.
Помогал готовить бригаду к боям комиссар Исай Павлович Шмидт - товарищ Котовского по одесской тюрьме и подполью. Член партии большевиков с 1917 года, умелый воспитатель, Шмидт сразу же завоевал большой авторитет среди бойцов и командиров бригады. К его советам, к его рекомендациям охотно прислушивался и Григорий Иванович.
45-й стрелковой дивизии, которая вошла в состав 12-й армии, был передан трехсоткилометровый участок фронта от Маяков (левый фланг) до Ямполя по берегу Днестра, а затем по линии железной дороги до Волочиска. Бригада Котовского получила приказ оборонять участок фронта по левому берегу Днестра от устья реки Окны до села Дороцкого. И часто после трудного дня, проведенного либо в бою, либо на учениях, Григорий Иванович мечтал в кругу своих земляков о том дне, когда последний оккупант будет вышвырнут за Дунай, а над городами и селами их родной Бессарабии взовьются красные знамена - символ свободы и братства трудового народа.
Увы, до осуществления этой мечты предстоял еще долгий и нелегкий путь…
После разгрома Колчака в Сибири интервенты и белогвардейцы перенесли центр тяжести борьбы против Советской России на юг. Главный удар надлежало наносить армии Деникина. Оснащенные новейшей боевой техникой и самым современным оружием, белогвардейцы хлынули, разрывая малочисленные фронты, к Волге, Киеву, Москве. 30 июня пал Царицын. Захвачен белогвардейцами Екатеринослав. «Гуляет» по тылам Южного фронта конница Мамонтова. Ударная группа деникинцев по линии Курск - Орел - Тула рвется к Москве. Отечество в опасности, и ЦК обратился к партии, ко всей стране с письмом В.И. Ленина: «Все на борьбу с Деникиным!» На Южный фронт были направлены руководящие партийные и советские работники, новые части Красной Армии. Это дало возможность войскам Южного фронта уже в конце июля начать подготовку наступления против Деникина.
Первоначальный успех деникинцев воодушевил директорию. Она бросила сколоченные в Галиции дивизии в наступление, и те, потеснив части 1-й армии, вышли к 1 июля на линию Старо-Константинов - Новая Ушица - Могилев-Подольский. Главный удар петлюровцы нацелили на фронте 44-й и 45-й дивизий в направлении Жмеринки, Винницы и Одессы. Они стремились, вбив клин в стык 44-й и 45-й дивизий, расчленить северную и южную группы 12-й армии и выйти на соединение с многочисленными бандами, которые действовали на правобережье Днепра.
Имея численное преимущество и хорошее вооружение, петлюровцы частично выполнили свой план - они захватили Жмеринку, нарушив таким образом связь Одессы с Киевом.
В этой сложной обстановке командование 12-й армии принимает срочные меры для того, чтобы выправить положение. В экстренном порядке создаются ударные группы для контрнаступления. Одну из них возглавил комбриг Григорий Иванович Котовский.
Котовский не только быстро и хорошо подготовил 11 вверенные ему части для нанесения контрудара, но и сумел, опираясь на местные советские и партийные органы, привлечь к этой операции коммунистов-железнодорожников станций Бирзулы и Одессы. С их помощью был оперативно создан специальный отряд по обслуживанию бронепоездов «Имени Ленина» и «Республиканец», которые, обладая мощной огневой силой, сыграли важную роль в разгроме петлюровцев в Жмеринке.
10 июля Жмеринка была освобождена, связь Одессы с Киевом восстановлена. Бригаду Котовского усиливают двумя кавдивизионами, 1-м Бессарабским кавалерийским полком и матросским полком под командованием Стародуба.
Полк Стародуба выглядел внушительно: бескозырки с названиями боевых кораблей на ленточках; на ремнях - гранаты, револьверы, маузеры, а у иных даже кортики. Непременным атрибутом матросских боевых доспехов были пулеметные ленты, набитые патронами.
И в этом сразу виделась и полная неготовность к тому, чтобы вести долгий огневой бой, У пехотинца все проще: подсумок невзрачный, потертый, но в нем - обоймы, патрон к патрону. Вогнал в магазин винтовки - и бей врага. А из ленты матерчатой, новой, как правило, попробуй повытаскивай патроны в разгаре боя!
И Котовский и Шмидт с первого дня, как только им подчинили новые части, направили все силы на обучение красноармейцев. Хотя времени было в обрез: петлюровцы не давали передышки.
Буквально через два дня после поражения под Жмеринкой противник, перегруппировав силы, нанес удар в стык между 44-й и 45-й дивизиями. Оборонявшиеся части не смогли противостоять значительно превосходящим силам противника и вынуждены были отступить на линию Юлиамполь - Томагпполь - Мястковка и к Жмеринке. Одновременно с петлюровцами начали активные действия крупные банды Волынца и Ляховича в тылу 45-й дивизии. Банды, потеснив тылы 1-й бригады, захватили значительный участок железной дороги между Жмеринкой и Ярошенкой.
Успех петлюровцев и бандитов осложнил обстановку. Связь Киев - Одесса прервана. Разъединены 44-я и 45-я дивизии. Бригада Котовского в связи с тем, что 1-я бригада обнажила ее правый фланг, была поставлена под угрозу полного окружения.
Выводить полки? Отступать? Но тогда противник, развивая успех, сядет, как говорится, на плечи… И Котовский принимает дерзкое решение - атаковать.
Успех превзошел ожидания. Бригада и приданные ей части сбили наступление петлюровцев у местечка Мурафа и, заняв Ямполь, начали стремительное наступление на Могилев-Подольский.
Однако уже через два дня наступление пришлось приостановить. Отбив у петлюровцев несколько населенных пунктов, матросы полка Стародуба слишком бурно отметили свою очередную победу. Полк даже не выставил боевого охранения и ночью был почти полностью вырезан внезапно напавшими петлюровцами. Центр бригады оказался оголенным.
Котовский, подняв по тревоге свой последний резерв (заградительный отряд и штабную команду), сам повел бойцов в бой, Противник был оставлен. Но наступать бригада уже не могла и заняла оборону на фронте Журавлевка - Комаргород - Ямполь.
Бои, бои, бои… Трудные, кровопролитные. Нужно было пополнять бригаду. К Котовскому добровольцы идут охотно. Особенно заметно окрепла бригада после того, как в нее влились участники Хотинского восстания.
В начале 1919 года доведенные до отчаяния крестьяне Хотинского уезда взялись за топоры. К восставшим потянулись все, кто имел оружие, кто не желал оставаться рабом. Но стихийно разгоревшееся восстание было слабо организовано, и этим воспользовались румынские оккупанты. Им удалось сломить сопротивление восставших. Пылали села, гремели залпы румынских карателей, расстреливавших без суда и следствия тысячи патриотов. Оставшиеся в живых крестьяне бежали на Подолию. Более 50 тысяч молдаван переправились через Днестр. Отходили за Днестр и вооруженные отряды повстанцев.