Когда началась русско-турецкая война 1787 – 1791 годов, запорожцы оказались по разные стороны: Черноморское войско воевало на стороне России, задунайские запорожцы – на стороне Турции. Российское командование и черноморцы неоднократно обращались к задунайцам с призывами перейти на их сторону, но на это согласилась только небольшая часть. После подписания Ясского мирного договора в 1791 году задунайские запорожцы были вынуждены переменить место своего пребывания. Они облюбовали дельту реки Дунай, но там еще со времен восстания Кондратия Булавина (1707-1708 годы) проживали донские казаки-некрасовцы бок о бок с липованами (старообрядцами). Началась борьба за территории. Вначале запорожцы потеснили донских казаков и расположились в селе Катирлез, но в 1794 году некрасовцы напали на запорожцев и разрушили Сечь, убив при этом множество казаков. После этого султан предоставил запорожцам, по их просьбе, урочище Сеймени на правом берегу Дуная. После участия во внутренних распрях турок, запорожцам позволили вновь вернуться в село Катирлез, но некрасовцы выгнали их вторично. Запорожцы расселились в Браиливском округе, – это было уже в начале XIX века. Их насчитывалось не более 3 тысяч.
Тем временем вызревал новый конфликт с турками, и в 1807 году генерал Михельсон обратился к задунайским казакам с очередным манифестом перейти на сторону царских войск и принять участие в войне против турок. Часть задунайцев откликнулась на призыв генерала. Указом Александра I в феврале 1807 года было сформировано Усть-Дунайское Буджацкое войско, однако самих задунайцев из 1387 человек было всего 354. Остальными были беглецы из России и Украины. Слухи о создании новой Сечи распространились по всей Украине, и за Дунай двинулись тысячи беглых – крепостных, экономических крестьян и городской бедноты. Царское правительство поняло свою ошибку, и в том же 1807 году Усть-Дунайское Буджацкое войско было распущено. Часть усть-задунайцев перешла в Черноморское войско, другие разошлись по плавням Дуная.
В 1809 году в результате овладения русскими крепости Рушук главные силы турок были разгромлены, часть задунайских казаков была взята в плен, но после Бухарестского мира казаков отпустили, и они разошлись по Украине. Оставшиеся казаки в третий раз вернулись в село Катирлез, а после на берег реки Дунавец. Обустройство Задунайской Сечи было начато в 1815 году, она просуществовала до 1828 года. Численность задунайских казаков доходила до 10 тысяч. Казаки неоднократно принимали участие в составе турецких войск в подавлении освободительных движений народов, находившихся под турецким игом.
Печален конец задунайской Сечи. Ее состав пополнялся тысячами новых беглецов, среди которых были и семейные селяне (райя). Этот наплыв породил внутренние противоречия среди казаков. Царское правительство не переставало призывать новых поселенцев перейти под российскую власть, обещая земли и льготы. Семейные казаки (райя) соглашались, неженатые – резко возражали. В 1827 году градоначальник Измаила – генерал Тучков ввиду приближающейся новой русско-турецкой войны вновь обратился к задунайцам с призывом перейти в подданство русского царя. На раде кошевой атаман Незамаевский отказался выводить казаков из Сечи, мотивируя, между прочим, тем, что «…турок вырежет». Он снял свои полномочия, и рада выбрала кошевым атаманом Иосифа Гладкого, сторонника выхода.
Новая война началась в апреле 1828 года. Туркам для ведения войны потребовалось 13 тысяч задунайцев. Гладкий набрал 2 тысячи желающих (противников перехода к русским), привел их туркам и вернулся в Сечь. Там, в обстановке глубокой тайны большая часть задунайцев села на челны с семьями и скарбом и прибыла в город Измаил, где присягнула на верность прибывшему туда русскому императору Николаю I. Этот акт свидетельствовал о конце Задунайской Сечи. Оставшихся казаков постигла печальная участь. Турки, узнав о казацкой измене, пришли в неописуемую ярость и буквально вырезали более тысячи человек, спалив и разрушив Сечь.
Тем и закончилась история Запорожского казачества, этого феноменального явления, в котором так причудливо сплелись и воинская слава, и позор измены, и крайняя жестокость, и казацкая доблесть, и многое другое, о чем поется в народных песнях и что изучается учеными разных направлений.