Многие бесценные предметы покинули Вавель как королевские подарки, как часть приданого или часть наследства. Так, во время бракосочетания Зофии Ягеллонки с герцогом Брауншвейгским она получила в приданое знаменитые шпалеры из коллекции своего отца короля Сигизмунда I.
Согласно завещанию короля Сигизмунда Августа, его собрание гобеленов стало общедоступным. Он так и распорядился, чтобы после смерти его сестер собрание тканей перешло в собственность Речи Посполитой — «во всеобщее пользование». На сегодняшний день из всей богатейшей коллекции уцелело всего 136 гобеленов. В 1939 году остальные были вывезены из Вавеля за границу, чтобы спасти их от гитлеровских захватчиков. Так они до сих пор и находятся с другими культурными ценностями в Канаде и не возвращены Польше.
Крупные коллекции и собрания были собраны и другими польскими королями — из династии Вазов. Основой этих коллекций стали собрания короля Сигизмунда III, состоящие из даров и покупок. Известно, например, что легат папы римского в 1596 году привез королю несколько итальянских картин, а в конце XVI века в Вавель прибыл испанский посол с картинами и тканями. Особую ценность представляет собрание итальянской живописи, среди которой находится всемирно известный шедевр Леонардо да Винчи «Дама с горностаем».
Сигизмунд III приобретал художественные ценности и сокровища и на Востоке, и в странах Западной и Южной Европы (главным образом, в Италии и испанских Нидерландах). Приобретение картин, гобеленов и всяческих редкостей (египетские мумии, индийские изделия из перьев и т. д.) велось через сеть многочисленных агентов. Так, например, по королевскому поручению купец Сефер Муратович отправился в Персию, чтобы заказать там ковры, шатры и сабли. Он взял с собой рисунки гербов и королевских инициалов, которые должны были быть вытканы на коврах и помещены в орнамент оружия.
Король Владислав IV, сын Сигизмунда III, посетив Нидерланды, свел знакомство с великим фламандским живописцем П. Рубенсом и заказывал ему портреты королей. После смерти великого художника именно польский королевский дом приобрел наибольшее количество его картин. Владислав IV вел переписку и с Галилео Галилеем, а потом купил у него некоторые оптические приборы. Собирала подобные предметы и жена короля.
В результате войн и других трагических событий, переживаемых Польшей, Вавельский замок постепенно ветшал, а к началу XVIII века превратился почти в руины. Сыграло свою роль и запустение, продолжавшееся почти два столетия. Правда, делались попытки восстановления замка, чтобы воскресить былое величие и блеск Вавеля, но всегда что-то мешало: то тринадцатилетняя австрийская оккупация, то ноябрьское восстание, хотя в 1830 году был даже объявлен общественный сбор денег на восстановление Вавельского замка.
Годы Первой мировой войны тоже были не самым удачным временем для восстановления разрушенных музеев, но после 1918 года такое восстановление в Польше началось. Новый музей был организован и в Вавельском замке.
Сейчас в нем постоянно (после коронации Владислава Локетка) хранится Коронная сокровищница, хотя три первых столетия польского государства национальные регалии хранились в Вавеле временно. Значительно пополнилась сокровищница в 1572 году после смерти последнего Ягеллона, завещавшего государству ценнейшую коллекцию произведений искусства и драгоценностей, которую он собирал в течение долгих лет с любовью и со знанием дела.
Но уже с начала XVII века богатства сокровищницы начали понемногу таять, а сильное ее опустошение приходится на конец XVII века и саксонское время. Однако, несмотря на длительный период войн, нашествий и оккупации, в ней долгое время в нетронутом виде сохранялись коронационные регалии. Среди них было пять корон: главная, вторая — для коронации королей, третья употреблялась при принесении почестей, четвертая — венгерская и пятая — шведская. В Коронной сокровищнице находились еще четыре скипетра, пять держав и два меча — «Щербец» и «Сигизмундовский».
Конец сокровищнице положил третий раздел Польши и кратковременная оккупация Вавеля прусскими войсками. По приказу прусского короля Фридриха Вильгельма II коронационные регалии были похищены и тайно вывезены — сначала во Вроцлав, а потом в Берлин. Золото предназначалось для чеканки монет, а драгоценные камни и жемчуг — для продажи.
Сейчас в Коронной сокровищнице находятся памятники, которые попали в нее в начале XX века. Особенно ценными среди них являются предметы, связанные с польскими королями или членами королевской семьи, а также экспонаты, имеющие ценность в связи с историческими событиями или прославленными людьми (например, шишак виленского воеводы Миколая Радзивилла Черного).
Уцелевшие коронационные регалии выставлены в Зале Ягелло и Ядвиги, в середине которого выставлен меч «Щербец». Помещенный в витрине незаметным образом и подсвеченный холодным светом люминесцентных ламп, он кажется висящим в воздухе.
Основную роль в интерьере и убранстве Королевских залов и покоев играют коллекции из более 140 шпалер. Они затканы золотыми и серебряными нитями и являются произведениями известных брюссельских мастеров Виллема и Яна Кемпенеров и других, выполнивших их по картонам выдающегося фламандского маньериста М. Кокси, которого называли «Рафаэлем Севера».
Размеры и формы шпалер соответствовали размерам и формам вавельских стен. Тематика их включает в себя сюжеты из Ветхого завета — Историю прародителей. Историю Ноя, Вавилонское столпотворение, а также — гербы Польши и Литвы на фоне пейзажей с животными. Жемчужиной среди них является шпалера, изображающая сцены из бургундской легенды о Рыцаре-лебеде. На ней в сказочных образах воплощены исторические личности: в Рыцаре-лебеде — Карл Смелый, в короле Ориенте — Филипп Добрый, в образе королевы Беатрисы — принцесса Изабелла Португальская. Эта шпалера, прекрасно передающая великолепие и пышность бургундского двора, попала в Вавельский замок в 1927 году из краковского костела святой Екатерины.
Описать или даже просто перечислить все сокровища Королевских покоев невозможно. Здесь выставлены и великолепные статуи, и живописные полотна, и старинная мебель. К выдающимся образцам итальянской мебели эпохи позднего барокко следует отнести три богатых венецианских кресла. Ранее считалось, что они происходят из венецианского Дворца дожей.
Сейчас многочисленные посетители Вавельского замка могут увидеть и кабинет средневекового алхимика, для обозрения открыты Тронный и Посольский залы, а также так называемый «Зал под головами». Потолок этого зала был декорирован 194 полихромными головами из липового дерева. По предположениям искусствоведов, они изображали членов королевских династий, надменных вельмож и пажей, бородатых поэтов и ученых, старинных рыцарей и воинов, почтенных бюргеров и изящных придворных дам. Были среди них и аллегорические персонажи — «Голова с бараньими рогами», «Голова с крыльями» и другие.
Время не пощадило «Вавельские головы». После раздела Польши в XVIII веке след большинства из них теряется, множество их было отправлено в императорскую резиденцию в Вену. Впоследствии в 1831 году часть коллекции отправили из Кракова в Варшаву, а потом в Москву, где она хранилась до 1917 года. После революции советское правительство возвратило Польше много культурных ценностей, в том числе и «Вавельские головы».
Начавшаяся в 1925 году реставрация Вавельского замка и превращение его в национальный музей стали значительным событием в историко-культурной жизни Польши. Среди тех, кто участвовал в реставрации, был скульптор Ксаверий Дуниковский, которому предстояло вырезать из дерева 150 голов, чтобы заполнить ими пустующие кессоны зала.
Работа увлекла Ксаверия Дуниковского. Гипсовые копии старых «Вавельских голов» висели на стенах его мастерской как призыв к творческому действию. Круг лиц, послуживших скульптору моделями для «голов», был необычайно широк. Казалось, что весь Краков пришел в мастерскую Дуниковского. Люди разных возрастов, характеров, профессий, чувств и настроений проходили перед глазами мастера, и он должен был быстро выполнить модель в глине. Сам Дуниковский потом признавался: «Больше двух-трех часов я не работаю над портретом, потому что потом начинаю переделывать, поправлять и могу все испортить».