Относительно звёздного каталога пришли к компромиссу: в первом томе будет напечатан звёздный каталог текущих наблюдений, а настоящий, большой каталог будет напечатан лишь тогда, когда будет окончен полностью.

Ньютон не разрешал печатать первый том до тех пор, пока готовый каталог постоянных звёзд не будет в его руках. Флемстид согласился с этим условием, но лишь в том случае, если экземпляр останется запечатанным до момента, когда он пойдёт в печать. Хотя Ньютон обещал ему это сделать, он тут же взломал печать и выписал интересующие его данные. Ньютон не видел в этом ничего зазорного. Не выполнил нетерпеливый Ньютон и других условий, которыми Флемстид обусловил передачу материалов — держать данные в тайне и сообщать Флемстиду о результатах, к которым приводят вычисления.

Печатание книги, хотя и не скоро, началось, и вскоре Ньютону (именно Ньютону, а не Флемстиду) были даны для просмотра первые листы. Ньютон выправил их и послал в типографию. В этот момент их увидел Флемстид, воспользовавшийся выговоренным им правом беспрепятственного входа. Увидев список «ошибок», Флемстид вскипел. И весь следующий месяц занимался доказательством того, что никакие исправления не нужны. Исправления касались действительно незначительных вещей, и Ньютон, казалось, испытывал в связи с этим если не муки совести, то некоторые колебания настроения.

Флемстид спешил. Получая листы, он отправлял их назад, в типографию, экипажем. Флемстид спешил потому, что его вычислители требовали денег, которые он мог выплатить лишь с выручки за книгу, не надеясь уже на Ньютона, который при встречах со значением рассказывал о финансовых трудностях, с которыми сталкивается принц. Не спешил, однако, Черчилль. Хотя он должен был бы печатать пять листов за неделю, хорошо, если он делал за неделю лист.

Флемстид болезненно воспринимал уколы судьбы. Его настроение всё ухудшалось, тем более что его стала мучить подагра. Соответственно распалялся и Ньютон, понимавший, что ему никак не удаётся справиться с этим человеком.

В апреле 1707 года Ньютон вместе с Грегори поехал в Гринвич с тем, чтобы вручить Флемстиду ультиматум. Поскольку печатание первого тома уже оканчивалось, Ньютон и Грегори в резкой форме потребовали от Флемстида, чтобы он вручил им результаты своих наблюдений с большим квадрантом и отдал экземпляр каталога постоянных звёзд. Тогда ему будут выплачены деньги на вычислителей. Ньютон и Грегори сказали Флемстиду, что эксперты распорядились приостановить печатание книги и не выплачивать денег до тех пор, пока он не выполнит этих условий. Ультиматум провалился. Флемстид данных не отдал, а печатание продолжалось. В дополнение ко всему Флемстид обнаружил кое-какие новые ошибки в «Началах», о чём с удовлетворением сообщил Ньютону.

Когда печатание основной части первого тома было окончено, встал поистине роковой вопрос: печатать ли каталог постоянных звёзд в первом томе, как хотел Ньютон, или в третьем, как хотел Флемстид? Работы прекратились. 20 марта 1708 года в Замковой таверне собрались все заинтересованные лица. Они постановили, что Флемстид обязан отдать результаты измерений, сделанных на большом квадранте, а также новый каталог постоянных звёзд, принесённый им на встречу. Во время печатания Флемстид будет продолжать вносить исправления в каталог, который он отдал два года назад. В ответ Ньютон заплатит Флемстиду 125 фунтов, а остальную сумму, причитающуюся ему, астроном получит, когда он отдаст полностью завершённый каталог постоянных звёзд.

Хотя Флемстид и этого решения не выполнил, печатание тем не менее продолжалось. Флемстид считал, что у Ньютона ещё вполне достаточно материала для второго тома — 175 страниц; пока они будут печататься, он будет совершенствовать каталог.

В октябре умер принц Георг. Дело с печатанием книги надолго застряло. Ньютон так рассвирепел (принц умер, а работа не окончена), что воспользовался первым же предлогом (неуплатой взносов), чтобы изгнать Флемстида из Королевского общества.

Смерть принца автор использовал, чтобы сделать каталог таким, как он хотел. Теперь он не спешил. Ньютона это раздражало, поскольку сейчас он, как никогда, нуждался в данных для второго издания «Начал». Однако с упразднением комитета экспертов он не имел уже средств давления на Флемстида. Вскоре, однако, такие средства вновь были обретены, ибо доктор Арбетнот, придворный врач королевы Анны, смог получить от неё мандат о назначении президента Королевского общества и «некоего члена Совета, который окажется для этого подходящим», «постоянными посетителями» Королевской обсерватории. Сам факт выдачи такого мандата означал, что у королевы есть сомнения в том, что дела в обсерватории идут надлежащим образом. Тем самым обсерватория и Флемстид вновь оказались под контролем Королевского общества и, следовательно, Ньютона. Флемстид не смог отныне чувствовать себя в обсерватории как дома и распоряжаться временем по своему усмотрению. Ведь в мандате указывалось, что теперь он будет получать рекомендации о том, какие именно наблюдения, измерения и расчёты ему следует проводить.

В полном соответствии с духом мандата Арбетнот потребовал от Флемстида скорейшего окончания публикации «Небесной истории», подчеркнув, что это прямой указ королевы. Главное, что требовалось сейчас от Флемстида, — это передать в распоряжение комитета окончательный вариант каталога постоянных звёзд.

Флемстиду удалось многое сделать за время вынужденного простоя. Он произвёл новые уточнения положения звёзд и планет. Сейчас ему нужны были вычислители, и он просил Арбетнота помочь ему.

Вместо ответа он получил ультиматум разъярённого Ньютона:

Ньютон — Флемстиду

«Сэр, обсуждая с доктором Арбетнотом состояние дел с Вашей книгой наблюдений, которая находится в печати, я понял так, что он передал Вам приказ её величества представить данные наблюдений, требующиеся для окончания каталога постоянных звёзд; вы же на это дали уклончивый и с задержкой ответ… Вы представили несовершенный каталог, в котором многого не хватает. Вы не дали положений звёзд, которые были желательны, и я слышал, что печать сейчас остановилась из-за их непредставления. Таким образом, от Вас ожидается следующее: или Вы пришлёте конец Вашего каталога доктору Арбетноту, или по крайней мере пришлёте ему данные наблюдений, необходимые для окончания, с тем, чтобы печатание могло продолжаться. И если вместо этого Вы будете предлагать ещё что-нибудь, или сделаете какие-то изменения, или будете производить всяческие без необходимости задержки, это будет воспринято как косвенный отказ выполнить приказ её величества. Ожидается Ваш немедленный недвусмысленный ответ и согласие».

Флемстид понял, что оттягивать далее нельзя. Решающая встреча состоялась в кофейне Гарравея в конце марта 1710 года. Флемстид согласился отдать конец каталога. Единственное, что просил он взамен — чтобы ему во время издания было обеспечено цивилизованное обращение. Арбетнот заверил его, что это будет обеспечено. Однако как раз это-то условие и не соблюдалось. Печать каталога, как выяснилось, уже давно шла. Во многих листах Флемстид заметил поправки, которые, естественно, приписал Галлею.

Флемстид утверждал, что некоторые положения звёзд были вычислены Галлеем с точностью 15 секунд, в то время как целью работы было дать каталог положений звёзд с точностью 5 секунд. Он оспаривал введение новых, не птолемеевских названий звёзд вместо тех, которыми обычно пользовался он и которые были известны Европе две тысячи лет. Флемстид считал, что перемена названий звёзд на новые приведёт к трудностям при сравнении современных наблюдений с наблюдениями древних астрономов и нарушит право древних первооткрывателей. (Представим спор Галлея и Флемстида в кофейне: прямо на столах разложены листы каталога, спор горячий, неприличный, полный взаимных упрёков, в присутствии экспертов, привлекающий внимание посетителей.) Окончился спор вмешательством Арбетнота, который разъяснил Флемстиду, что все изменения были сделаны для его же, Флемстида, пользы и что они несущественны. Однако в конце своей медоточивой речи королевский врач жёстко подчеркнул: если конец каталога не будет представлен в ближайшее время, эксперты сами вычислят положения звёзд из данных его наблюдений.