С волновым принципом связано понятие ритма: ритма Учения, ритма Жизни, ритма Космоса:

"Вы уже слышали о насыщенности ритма работы, как об особенном качестве, лишь иногда владеющем людьми. Благодетельность его имеет более глубокое значение, нежели может казаться.

Ещё древние мистерии знали два выражения: одно — работать в волне Великой Природы, другое — работать с биением сердца Матери Мира.

Изучавшие глубокие предметы должны были знать работу насыщенного ритма, ничто не должно было мешать им. Учитель Будда очень заботился, чтоб последователи знали о сменах ритма. Он советовал перед большими достижениями не покой, но работу насыщенного ритма, — запомните это" (Озар., ч.3, VI, 9).

С понятием ритма, в свою очередь, связаны понятия вибрации, пульсации, импульса, спирали, кристалла, т. е. основные понятия, отражающие структурную энергию Учения. Человек, познавший внутренние ритмы своего организма, психики, наконец, своей жизни, становится обладателем ключа ко многим жизненным проблемам, поэтому "формула идти с Космосом напряженным ритмом даст лучшее понимание жизни" (Беспред., § 61).

Помимо корпускулярного и волнового принципов Учение содержит третий основной принцип бытия: принцип спирали.[8] Наиболее заметный, наиболее жизненный и, как следствие, наиболее эволюционный. В самом Учении есть строки об этом принципе: "Учение растет спирально, как и все сущее. Благо тем, кто понял чередование спирального огня. Конец пламени изображался древними как плоская спираль. Эта стихия особенно ярко выражает начало движения. Можно ли утверждать, что занимаетесь Агни Йогой, если не познали хотя бы начало внутреннего огня?"(Знаки Агни Йоги, § 413). Нужно усмотреть опытным глазом исследователя спирально нарастающий ритм повторения основных тем, понятий, законов Учения Огня. В Спирали Учения ввинчены малые спирали, каждая из которых состоит из множества ещё более малых, сложно переплетающихся и образующих различные кристаллические конструкции. Вот как, например, Агни Йога описывает пространственные построения, связанные с ритмом эволюции:

"Эволюция мира складывается из революций или взрывов материи. Каждая эволюция имеет поступательное движение вверх. Каждый взрыв в конструкции своей действует спирально. Потому каждая революция в своей природе подвержена законам спирали.

Земное строение подобно пирамиде. Теперь попробуйте из каждой точки поступательной спирали опустить четыре грани пирамиды. Получите как бы четыре якоря, опущенных в низшие слои материи. Такое строительство будет призрачным, ибо будет построено на слоях отживших.

Теперь попробуем из каждой точки вверх построить ромб — и получим тело завоеваний верхних слоев, опередившее движение спирали. Это будет достойное строительство! Конечно, оно должно начаться в неизвестность, расширяясь наряду с ростом сознания" (Общ., § 66).

В описанных фигурах[9] угадываются очертания октаэдров, пронзающих низшие и высшие слои материи и сплетенных в некую пространственную фигуру (возможно, икосаэдр). Так в спиральном принципе проявляется принцип кристаллический.

Спираль творения проходит через все явления феноменального мира: духовно-душевные, биологические, минеральные, космопространственные, временные. Спираль творения не является принципом, застывшим в своей безупречности и непреложным в своих элементах, но лишь попыткой представить динамику становления любой субстанции. Так и периодическая система элементов представляет собой лишь отголосок этой спирали, но не полностью её исчерпывает, так как описываемая система не может абсолютно соответствовать живой системе, отражающей природу вещей. В конце XIX века известный химик Уильям Крукс, член Королевского Общества, ввел в науку понятие Протила, назвав так известную оккультным наукам субстанцию первоматерии (Материю Матрикс в Агни Йоге).[10]

Рассуждая о генезисе элементов (из первородного Протила), он пришёл к следующим выводам: "Если мы отважимся высказаться по поводу источника энергии, заключенной в химическом атоме, мы можем, думается мне, предположить, что тепловые излучения, распространяющиеся вовне через эфир от весомой материи Вселенной посредством какого-то, ещё нам неизвестного, процесса природы, преображаются у пределов Вселенной в первичные, основные вибрации химических атомов, которые с момента своей формации начинают тяготеть вовнутрь и, таким образом, восстанавливают во Вселенной энергию, которая иначе была бы потеряна для неё через лучеиспускание теплоты". Этот процесс Крукс уподобил движению по спирали, сравнивая его с герметическим символом Кадуцея:

"По мере того, как мощный фокус творческой энергии идёт по кругу, мы видим, как в последовательных циклах он сеет по одному пути пространства семена лития, калия, рубидия и цезия — по другому пути хлора, брома и йода; и по третьему — натрия, меди, серебра и золота; по четвертому — серы, селения и теллурия; по пятому — бериллия, кальция, стронция и бария; по шестому — магния, цинка, кадмия и ртути; по седьмому — фосфора, мышьяка, сурьмы и висмута, (что составляет семь групп с одной стороны и затем, показав)… на других путях другие элементы — именно аллюминий, галлий, индий и талий; кремний, германий и олово; углерод, титаний и цирконий… (он добавляет) и, в то же время, найдено естественное положение около нейтральной оси для трех групп элементов, помещенных проф. Менделеевым в своего рода лечебницу для неизлечимых — его восьмое семейство.

"…" Предположим диаграмму зигзагов, начертанную не на плоскости, но проектированную в пространстве трех измерений. Какую фигуру можем мы избрать, чтоб она лучше всего ответила всем поставленным условиям? Многие факты могут быть хорошо объяснены, предположив, что зигзагообразная кривая проф. Эмерсона Рейнольдса, проектированная в пространстве, является спиралью. Тем не менее, эта фигура неприемлема, поскольку кривая должна проходить через точку, нейтральную по отношению к электричеству и химической энергии, дважды в каждом цикле. Потому мы должны принять другую фигуру.

Фигура восьмерки (8) или лемнискаты может переходить в зигзаг так же хорошо, как и спираль и, таким образом, она удовлетворяет всем условиям проблемы".[11]

В книге Дж. Раджадаса "Основные положения теософии" приводится графическое изображение таблицы элементов Крукса, которую Е. П. Блаватская охарактеризовала как спираль, но необычного типа (т. н. лемниската):

— Инертные газы

— Диамагнетики

То, что спираль является принципом Жизни вообще и модельного построения любой системы в частности, легко доказывают современные научные изыскания. В 1953 году Ф. Крик, Д. Уотсон и М. Уилкинс стали лауреатами Нобелевской премии, наглядно обосновав двойное спиральное строение молекулы ДНК, благодаря которой происходит развитие организма и его систем. Более того, исследовав поведение одноклеточных существ коринебактерий, живущих в легких человека, они установили, что за несколько суток до вспышки на Солнце происходит интенсивное деление клеток коринебактерий, во время которого ДНК клеток удваивается и вокруг вновь образовавшейся ДНК формируется новая клетка. Таким образом, двухспиральная ДНК[12] является не только лабораторией рождения новых форм, но и обладает загадочной связью с сердцем нашей макрокосмической системы — Солнцем.

Учёные разделили мир давно известных и вновь открываемых частиц на две основные группы: со сверхсветовой скоростью — «тахионы» и досветовой скоростью — «брадионы». То есть, молекула ДНК являет собой двойную природу: зримую, «брадионную» и незримую, сверхсветовую — «тахионную». Наш грубоматериальный земной мир с привычным укладом вещей является «брадионным», но подобно молекуле ДНК, он имеет незримую сверхсветовую связь со всей Вселенной и в своем развитии стремится к подлинному единству с ней. Это единство, воспетое в лучших образцах человеческой мысли и творчества, до сих пор не осознано в полной мере, и Агни Йога призвана подтолкнуть сознание человечества к духовному рождению и объединить миры в этом сознании.