В первые дни войны Бессонов был откомандирован на должность начальника штаба 102-й дивизии 21-й армии, сформированной в июне 1941 г. в Прибалтике. Дивизия в течение месяца обороняла сорокакилометровый участок по Днепру от Рогачева до Быхова. В середине июня 21-я армия получила задачу по овладению Бобруйском и одновременному нанесению удара по немецкой группировке под Быховым. 21-я пошла вперед и с малым количеством танКОв и самолетов выбила немцев из г. Жлобина и Рогачева, продолжая наступление на Бобруйск. При приближении к городу начались кровопролитные бои. В этот момент на комдива-102 полковника Гудзя поступил донос, и он был арестован. 13 августа 1941 г. в командование дивизией вступил Бессонов.
Удача отвернулась от него, когда немцы прорвались в районе Могилев-Рогачев, и 102-я дивизия оказалась в окружении. Из окружения вышли лишь единицы. Командира среди них не было, и в его личном деле появилась запись: «В начале августа 1941 г. пропал без вести».
Потом следствие установило, что полковник П. М. Гудзь был арестован по ложным основаниям, был освобожден и провоевал до последнего дня Великой Отечественной. Автор анонимки не был установлен. По одной из версий, арест Гудзя инициировал сам Бессонов, желая занять его пост.
Бессонов же сдался в плен охране немецкого медсанбата в селе Раги Старосельского района Гомельской области.
На первом же допросе Бессонов предложил свои услуги по борьбе с советским режимом. Он последовательно сменил гомельский, бобруйский, минский и белостокский лагеря и под псевдонимом Катульский в середине ноября 1941 г. был переведен в Хаммельбургский лагерь для офицеров (Офлаг-13Д).
Здесь Бессонов решил создать собственную организацию, которая могла бы объединить все антисоветские формирования и организации и дистанцироваться от немцев.
Предполагалось заключить с немцами договор, по которому Германия признала бы Россию в рамках границ на 1 сентября 1939 г.
Предложениями Бессонова активно стало интересоваться РСХА. Под его опекой, Бессоновым было объявлено о создании «Политического Центра борьбы с большевизмом» (ПЦБ). Центр начал свою работу с июля 1942 г. в зондерлагере Бухенвальд на территории одноименного концлагеря в специальном блоке.
Политические изыски группы военнопленных мало интересовали немецкое командование и от них требовали конкретного дела. Предложения Бессонова о создании антипартизанских формирований из военнопленных были отвергнуты.
Генеральным руководителем ПЦБ был сам Бессонов, начальником штаба — полковник Бродников, замполитом — полковник Любимов, контрразведкой руководил Будыхо. Штаб Центра состоял из отделов: связи, занимавшимся подготовкой радистов и разработкой кодов, тыла, занимавшимся подготовкой снабжения и снаряжения групп. Кадровую работу ПЦБ курировал Бессонов.
Знавший места расположения лагерей ГУЛАГа и систему их охраны Бессонов разработал план высадки воздушного десанта численностью до 6 тыс. человек из числа бывших военнопленных. Предполагалось произвести высадку в районах рек Северная Двина — Обь и от Крайнего Севера до Сибирской железной дороги, захватить лагеря и, вооружив заключенных, развить повстанческую деятельность на южном направлении. Главная задача — овладение промышленными центрами Урала и разрыв сообщения европейской части СССР с Сибирью и Дальним Востоком. Места высадки штурмовых батальонов разделялись на две зоны — северную и восточную. Северная зона располагалась бы в районе Сыктывкар — Сольвычегодск — Юго-Восток от Архангельска. Штаб ПЦБ предполагалось разместить в Петрозаводске. Осуществить эту операцию предполагалось при поддержке финнов.
В октябре 1942 г. ПЦБ начал формироваться. Боевая организация центра включала в себя 200 человек, сто из них были из числа высшего начсостава Красной Армии. На этой базе предполагалось развернуть полк. Готовились 60 радистов для штурмовых отрядов. Военный блок ПЦБ размещался в зондерлагере в бывшем монастыре Лейбус около Бреславля, в начале 1943 г. формирование было переведено в местечко Линсдорф.
Экономическую часть программы ПЦБ разрабатывал кандидат экономических наук Массалов. После свержения Советской власти планировалось введение военной диктатуры, затем — проведение всеобщих выборов. ПЦБ выпускал в свет более 10 наименований периодических изданий и программную брошюру Бессонова «Что делать?», а также «Устав военно-политиче-ской борьбы» Меандрова.
Сам Бессонов выполнял ряд ответственных заданий РСХА. В конце 1942 г. он написал письмо маршалу Василевскому, однако попытка скомпрометировать маршала не удалась. Бессонова подсаживали и к заключенному № 1 лагеря Заксенхаузен старшему лейтенанту Якову Джугашвили.
К маю 1943 г. завершилось развертывание ПЦБ, и Бессонов предполагал начать развертывание парашютно-десантного полка и осуществлять заброску отрядов в ГУЛАГ. От немцев он хотел бы получить гарантии отсутствия у них захватнических целей в отношении России, но представителя «Цеппелина» гауптштурмфюрера СС Шмундта интересовали только военные подразделения в тылу у Советов. Бессонов же замахивался на всероссийский масштаб руководителя повстанческой деятельности в советском тылу.
Немцы не ответили на политические требования Бессонова, предложив ему посетить Берлин для переговоров с Власовым, по дороге арестовали его и нескольких офицеров за «антинемецкую деятельность». Определенную роль в этом сыграл и донос, написанный в Гестапо ближайшим сподвижником Власова генерал-майором Благовещенским. В доносе Гестапо извещалось о том, что Бессонов ранее принадлежал к оперативному составу НКВД.
ПЦБ был распущен, а Бессонова сотоварищи поместили в зондерлагерь Заксенхаузен, других членов Центра отправили в Летценский лагерь. Из остатков военной организации ПЦБ были сформированы две группы. Первую — под командованием оберлейтенанта Фюрста и вторую — «Зондергруппу» под руководством полковника Соколова предполагалось использовать в качестве диверсантов в советском тылу.
В июле 1943 г. оба подразделения были переброшены в Калининскую область (г. Себеж) для выполнения заданий немецкого командования. Прибыв на место, ушла к партизанам группа офицеров во главе с бывшим батальонным комиссаром Чугуновым и подполковником А. А. Пастушенко. Ушел в лес и сотрудник отдела контрразведки ПЦБ лейтенант Бончковский. После дезертирства «Зондергруппа» была эвакуирована в г. Радом, а группа Фюрста — в г. Кельцы. После этого обе группы были расформированы, часть личного состава арестована и распределена по лагерям, другая — по полицейским и охранным ротам СС.
Несмотря на неудачу всего начинания с десантами в ГУЛАГ, немецкой разведкой была предпринята проба сил, и 2 июня 1943 г. в районе совхоза «Кедровый Шор» Кожвинского района Коми АССР был выброшен десант из 12 человек, одетых в форму НКВД. 9 июня десантники в ходе боя потеряли убитыми двух человек, десять парашютистов были взяты в плен. На допросе руководитель группы Годов указал, что это была проба сил для осуществления плана Бессонова.
Второй десант из 40 человек был выброшен под Сыктывкаром в конце 1943 г., но на связь с командованием не вышел.
Находясь на особом положении в зондерлагере, Бессонов периодически направлял германскому правительству заявления, меморандумы и планы, в которых настаивал на использовании его в борьбе против СССР, и вел с немцами переговоры по этому вопросу. В Заксенхаузене Бессонов находился вплоть до середины апреля 1945 г., затем после эвакуации кочевал по концлагерям Дахау, Флоссенбург и Инсбрук.
В конце апреля 1945 г. немцы вывезли Бессонова и группу военнопленных в Южный Тироль. К этой же группе присоединили и группу заключенных — бывших заговорщиков против Гитлера. После прибытия на место конвой СС был разоружен подразделением Вермахта, а арестованные освобождены и через несколько дней перешли к американцам. 15 мая 1945 г. Бессонов, находившийся к тому времени уже в лагере для перемещенных лиц в американской зоне оккупации, обратился к американцам с просьбой о возвращении в СССР.