В-третьих, само состояние, боевой дух армии, которую удалось бы собрать для ведения войны, вызывали у царя и его советников серьезные сомнения. По мере того как длилась и никак не кончалась война и дворян все время отрывали от хозяйства, которое в разоренных поместьях вести было все труднее, нарастало недовольство дворянства создавшимся положением. К концу 1570-х годов это недовольство стало проявляться в массовом уклонении помещиков от несения военной службы. Уже в 1578 году «после Кесского дела», чтобы отправить детей боярских Водской пятины на службу в Ливонию, пришлось послать для их «сбора» целый отряд и устроить настоящий «сыск», арестовывая детей и слуг помещиков, чтобы силой добыть сведения об их местонахождении. По господствовавшим нормам права неявка на службу угрожала потерей поместья, но дезертирство приняло столь массовый характер, что применить эту норму оказывалось невозможно: детей боярских били кнутом и высылали на службу под конвоем. Самим сборщикам, чтобы побудить их к активности, приходилось угрожать смертной казнью.
К лету 1580 года положение не улучшилось. Как видно из относящейся к этому времени переписки царя с воеводой Василием Дмитриевичем Хилковым, дворяне не являлись на службу целыми отрядами, а чтобы найти их и доставить на службу, вслед за «сборщиками» приходилось отправлять и «высылальщиков». 20 августа 1580 года в самый разгар военных действий воеводы одной из пограничных крепостей, Невеля, сообщали, что со службы «разбежались» находившиеся в крепости дети боярские из Нижнего Новгорода, и туда срочно пришлось отправить подкрепления.
Недовольство находило свое выражение и в нежелании служилых людей жертвовать жизнью ради продолжения ненавистной войны. Пример Полоцка был не единственным. После взятия этого города гарнизон близлежащей крепости Туровля оставил ее, отказавшись подчиняться воеводам. С армией, находящейся в таком состоянии, можно было вести только «малую войну».
На что рассчитывали царь и его советники, разрабатывая подобный план военных действий? Они, несомненно, основывались на опыте предшествующих войн с Великим княжеством Литовским. В этих войнах дворянское ополчение Великого княжества, предпринимая походы на русскую территорию, ограничивалось обычно опустошением вражеской земли, не пытаясь овладеть опорными пунктами русской обороны. Пехота, не обученная ведению осадных работ, составляла небольшую часть литовской армии, и неудивительно, что попытки осады русских крепостей, предпринимавшиеся в годы Ливонской войны, как правило, заканчивались неудачей.
Царь и его окружение, очевидно, полагали, что так будет и впредь: русские передовые отряды будут мешать польско-литовскому войску разорять русские земли, а русские крепости, надлежащим образом укрепленные, будут недоступны для неприятеля, который к тому же не сможет долгое время вести осаду, лишившись из-за действий русских войск подвоза продовольствия.
Уже взятие польско-литовскими войсками такой крупной крепости, как Полоцк, должно было показать царю и его военачальникам, что армия Речи Посполитой во главе с Баторием существенно отличается от армии Великого княжества Литовского времен Сигизмунда II. В Москве, однако, взятие Полоцка, как обычно, приписывалось «измене». В «Разрядных книгах» было записано, что король «Полотеск взял изменою, потому что воеводы были в Полоцке глупы и худы; и как голов и сотников побили, и воеводы королю и город здали». Поэтому, готовясь к новой военной кампании, царь принял специальные меры, чтобы не допустить повторения «измены». Население западных районов страны было приведено к новой присяге на верность. Воеводам пограничных крепостей были посланы царские грамоты, в которых Иван IV призывал воевод и детей боярских, чтобы они «сидели крепко и надежно в городе и бились до смерти», обещая в случае смерти «пожаловать» и «устроить во всем» их жен, детей и «братью». Не предоставляя все воле случая, он также позаботился о том, чтобы направить в важные пункты обороны своих доверенных людей для наблюдения за действиями воевод. Так, в Великие Луки с этой целью он послал Ивана Воейкова, брата своего любимца, думного дворянина Баима Воейкова, а позднее, когда уже началась война, послал туда еще одного из своих «дворовых» приближенных — Ивана Елизарьевича Ельчанинова, но тот уже не успел проехать в окруженный войсками Батория город.
Наконец, царь постарался вымолить прощение у Бога. Падение Полоцка было явным свидетельством того, что Бог недоволен царем, и царь старался смыть свои прегрешения покаянием. Как сообщали в августе 1580 года русские пленные, Иван «приказал собраться владыкам, митрополиту со всей той земли, просил у них прощения, признаваясь в грехах своих и смиряясь перед Богом».
Подозрения в измене были, как и во многих других эпизодах царствования Ивана IV, необоснованными. Служилые люди не хотели идти на службу и умирать в ненавистной, бесконечной, разорившей их всех войне, но это вовсе не означает, что они готовы были перейти на сторону правителя «чужой» веры и «чужого» народа. Официальный историограф Батория Рейнгольд Гейденштейн в своих «Записках о московитской войне» с удивлением записал, что после сдачи Полоцка, когда король Стефан предоставил детям боярским и стрельцам на выбор, остаться в Речи Посполитой или уйти в Россию, большая их часть выбрала последнее, хотя за сдачу города их могло ожидать суровое наказание.
Неудачи русских войск объяснялись тем, что в кампании 1579 года они столкнулись с противником гораздо более сильным, чем ранее. Хотя основу польско-литовской армии по-прежнему составляла дворянская конница, Баторий и его ближайший советник Ян Замойский постарались усилить армию пехотными частями за счет вербовки отрядов венгерских и немецких наемников и рекрутского набора из крестьян государственных имений. Одновременно были приняты меры для расширения артиллерийского парка. Пушечный двор в Вильне, созданный еще в правление Сигизмунда II, работал с повышенной нагрузкой, король сам делал рисунки для орудий, которые должны были изготовить для него литейщики. Для столь тщательно подготовленной и снаряженной армии осада и взятие крепостей перестали быть проблемой. Русский план военных действий эту новую реальность не принимал во внимание и поэтому был обречен на неудачу.
В начале августа 1580 года армия Батория перешла русскую границу в районе Великих Лук. Направление удара снова оказалось для русской стороны неожиданностью, наиболее крупные соединения русских войск оказались вдали от театра военных действий. Когда начался военный поход, повторилась ситуация предшествующего года: артиллерия калеными ядрами поджигала деревянные укрепления русских крепостей и их гарнизоны были вынуждены прекращать сопротивление. На сильный отпор польско-литовская армия натолкнулась лишь под Великими Луками. Защитники крепости обложили ее деревянные укрепления землей, и артиллерия не смогла их поджечь, штурмы были успешно отбиты гарнизоном, подкоп тоже не дал результатов. Но после недели боев стены все же подожгли, и, когда пожар перебросился на город, гарнизон был вынужден сдаться.
Наиболее близким к району военных действий из всех передовых частей русской армии оказался расположенный в районе Холма корпус во главе с князем Василием Дмитриевичем Хилковым. Этот корпус и должен был затруднить свободу действий королевской армии и лишить ее подвоза продовольствия («на литовских людей, на заставы и на загонщиков и на станы приходити частыми посылками»). Царь был недоволен пассивностью Хилкова и в резкой форме выражал ему свое недовольство («а от вас деи, никоторые помочи... нет, а промыслу от вас никоторого нет»). Поэтому, когда началась осада Великих Лук, Иван вместе с большим военным отрядом послал к Хилкову одного из своих думных дворян Деменшу Черемисинова, который должен был заставить воеводу выполнять приказы царя. Нападения на королевскую армию участились, и после взятия Великих Лук Баторий был вынужден послать войска, чтобы положить им конец. Следуя царскому наказу, воеводы должны были отойти, избегая столкновения с «большими литовскими людьми», но сделать этого не успели. 21 сентября под Торопцом произошло сражение. Русский корпус был разбит, Деменша Черемисинов попал в плен, царские грамоты, посылавшиеся Хилкову, оказались в руках Яна Замойского.