Второй период в творчестве Гротовского принято определять 1962–1968 годами. Он начинается постановкой знаменитого спектакля „Акрополь“ Станислава Выспянского. Университетский город Вроцлав считался центром культурной жизни восточной Польши. Деятельность Театра-Лаборатории субсидировалась государством при посредничестве муниципалитетов.
Театр-Лаборатория, о чем говорит и его название — это необычный театр. В его спектаклях, действительно, всегда присутствовало нечто такое, что свидетельствовало о современных исследованиях в области актерского искусства. Именно в этот период создана своя система воспитания актера, которую Гротовский называл тренинг. И сам Гротовский, и его коллектив всегда находились в состоянии поиска. Однако в театре, даже постулируя принцип вечного движения, обновления и поиска, нельзя обойтись без метода, системы. В первоначальный период своей деятельности Гротовский говорил, что „главные, узловые проблемы актерского искусства… должны исследоваться методично“. Но в 1968 году в Лаборатории начинается особый период. Гротовский, за которым уже закрепилась репутация создателя „системы“, становится ярым противником „системы“ как таковой. В 1972 году он делает такое признание: „У меня нет никакой доктрины. Я просто говорю то, что думаю. Все время. К счастью, мысли все время изменяются. Ведь с нами случается же что-то в жизни — в том, что мы делаем, чем мы занимаемся. В нас постоянно что-то изменяется“.
Театр-Лаборатория Ежи Гротовского, конечно же, весьма и весьма был отделен от сферы массовой культуры и ее последователей, но всегда был рассчитан на „познавательный элитаризм“. Гротовский считал, что „театр должен стать праздничной конфронтацией — искусством элитарным не в смысле принадлежности к какой-либо человеческой общности, но для каждого человека в момент, когда он ощущает эту потребность этой интимной конфронтации“. Актеры Гротовского ощущали себя „братьями“, включая в театральную деятельность всю полноту своей личности. Театр Гротовского был эстетически близок позиции, высказанной в европейской культуре Ницше и Ортегой-и-Гассетом, Шпенглером и другими, видевшими в массовой культуре проявления „дегенерации“ и „тривиализации“. Но, с другой стороны, театру Гротовского был не менее чужд и всяческий академизм. Это тоже был театр авангарда, но он не давал никому уверенности, что с его помощью возможно возрождение высокой культуры. Парадоксально, но сам коллектив быстро стал популярен именно в среде массовой культуры, ибо был „экзотичен“, „непонятен“, „оригинален“, актеры вели аскетичный и замкнутый образ жизни, они откровенно отдалены от артистической и богемной среды, что тоже вызывало немалое любопытство. Коллективу присвоили в прессе титул „первоклассной культуры“ и высшую категорию. Гротовским были поставлены: „Кордиан“ Словацкого, „Акрополис“ Выспянского, „Гамлет“ Шекспира, „Доктор Фауст“ Марло, „Стойкий принц“ Кальдерона, „А.с.ф.“ и многие другие.
Кроме того, не менее специфическую политику вел театр в отношении зрителя. Далеко не все зрители допускались смотреть спектакли Гротовского. На спектакле „Акрополь“ (или „Акрополис“) зрителей, принимающих участие в действии, было 50 человек. На спектакле „Стойкий принц“ — 35, на „Апокалипсисе“ — 30. Репетиционный период работы над спектаклем все время увеличивался — „Орфей“ репетировался 3 недели, а „Апокалипсис“ — 3 года. Кроме того, спектакли шли 2–3 раза в неделю. Так обстояло дело до 1970 года, потом ситуация изменилась. Ясно, что при таком стиле работы театра и работы в театре он не мог иметь ни малейшего отношения к массовости.
Гротовский и его театр при всем внешнем антирационализме все же обращены к миру, причем к тому, что всегда конкретен, осознаваем и имеет смысл. Они хотели бы примирить человека с миром и примирить человека с самим собой. Жизнь в театре понимали не через мысли и идеи, пусть даже и самые справедливые, но как доминанту человеческих действий и разнообразных стремлений. О Гротовском и его Театре не раз говорили как об общине, имеющей определенную („свою“) религию. Но и это было неверно, так как театр был обращен не к вере, но к знанию и опыту. Коллектив Гротовского можно назвать общиной, но не в религиозном смысле, хотя и это был редчайший коллектив единомышленников. В 1963 году один критик называл Лабораторию Гротовского „психоаналитической „театральной лечебницей“, где зрители-пациенты подвергают встряске, возвращая театру первородную магию и античный катарсис“. Другие называли „Театр 13 рядов“ „психодраматической общественной системой“, в которой была реализована попытка создания „терапевтически-творческого коллектива“. В сентябре 1970 года Гротовский говорил о том, чем был для него Театр-Лаборатория так: „Сначала — театром. Потом — лабораторией. А сейчас это место, где я могу надеяться быть верным себе. Это место, где каждый из моих товарищей верен себе. Это место, где акт, свидетельство, данное человеческой сущностью, будет конкретно и телесно. Где не ищут никакой художественной гимнастики, акробатики, тренинга. Где никто не хочет владеть жестом, чтобы что-то выразить. Где хочется быть открытым, проявленным, нагим, искренним телом и кровью, всей человеческой природой, то есть, что можно назвать смыслом, душой, психикой, памятью и т. п….Это встреча, разоружение, взаимная небоязнь. Вот чем я бы определил Театр-Лабораторию. И не важно, называют ли его лабораторией, неважно, будут ли его вообще называть театром. Необходимо такое место. Если бы театра не существовало, я нашел бы другое место“.
Сама по себе Лаборатория была малой творческой группой. В 1959–1970 годы в ее состав входили 8 актеров, директор, художественный руководитель и режиссер в одном лице, руководитель литературной частью. С 1971 года коллектив уже насчитывал несколько десятков человек. В этом театре воспринимали художественную задачу как свою собственную судьбу. Их искусство выражало истинные, а не ролевые переживания.
В конце 60-х годов Гротовский переименовал свой театр — он стал называться „Институтом“, но и наукой здесь в обычном смысле слова не занимались, хотя все время пребывали в эксперименте. Гротовский был сосредоточен на актере и его технике. Актерское искусство имеет такую особенность, незнакомую другим видам творчества: актер должен творить собой, и тогда, когда это необходимо, а не ждать, например, как это может позволить себе поэт, волшебного посещения Музы. На вопрос: „Как стимулировать этот творческий процесс в актере“, Гротовский отвечал, создавая свой „Институт“. Он полагал, что одним из стимулов будет „самообнажение“ актера, то есть полное раскрытие своей личной психики, вплоть до подсознания, в спектаклях театра. Для этого должны, конечно, существовать не только внутренние стимулы, но и внешние — их актер должен „уметь брать“. Гротовский добивался невероятного. Он считал, что возможно „устранить из творческого процесса сопротивления и препятствия, вызванные собственным организмом, как психические, так и физические“. А потому Гротовский считал, что индивидуальность актера, безусловно, нужно развивать, но развитие этой индивидуальности, прежде всего, связано с избавлением от старых привычек и штампов.
Спектакли Гротовского было всегда трудно описывать, хотя его верными поклонниками и оставлены подробнейшие записи его спектаклей, если можно так сказать „стенограммы“ спектаклей. И все же, вот как рассказал о спектакле „Акрополис“ Людвик Фляшен: „Действие пьесы происходит в Краковском соборе. В ночь на Воскресение статуи и персонажи гобеленов оживают и вместе с ними как бы оживают сцены Ветхого Завета и древности, самые корни европейских традиций. Автор задумал свою работу как панорамный вид средиземноморской культуры, основные события которой представлены в этом польском Акрополисе. В этой идее „кладбища племени“, цитируя Выспянского, идеи режиссера и поэта совпадают. Они оба хотят представить цивилизацию в целом и переосмыслить ее ценности, проверить ее на оселке современности. В понимании Гротовского „современный“ — это вторая половина XX века. Вследствие того, что его опыт более жесток, чем у Выспянского, ценности европейской культуры вековой давности сурово перепроверены. Их единство уже находит себе место мирного уединения не в старом соборе, где поэт мечтал и размышлял в одиночестве об истории мира. Они сталкиваются в шуме жестокого мира среди многоязычья, куда наш век поместил их: в концентрационный лагерь“. Это был лагерь Аушнитца, это было действительно „кладбище племен“. А главный вопрос, звучащий в спектакле таков: „Что происходит с человеческой натурой, когда она сталкивается со всеобщим насилием?“ Гротовский пытался осмыслить этот опыт „до корней“, и он, по словам критика, не мог не внушать ужас. „Режиссер показал, что страдания как ужасны, так и отвратительны. Все человеческое низведено к простейшим животным рефлексам. В сентиментальной близости убийца и жертва кажутся близнецами…“ Спектакль стал призывом к „этической памяти“ зрителей, он обращался к его моральному подсознанию. Что от них останется, если они будут подвергнуты высшим испытаниям? Не останется ли только человеческая скорлупа?