Работников штаба морских операций самолетом доставили в Усть-Кару — полярную станцию в юго-западной части Карского моря, а оттуда на самолете ледовой разведки, на котором летал Сомов, их перебросили на Диксон. Впервые штаб морских операций Западного района обосновался на Диксоне. Началась арктическая навигация второго года войны. Начальником операций был А. И. Минеев, начальником штаба — Н. А. Еремеев, гидрологом — М. М. Сомов, старшим синоптиком В. В. Фролов. Это были хорошо сработавшиеся люди.

В навигацию 1942 года Северный морской путь стал играть крупную роль в Великой Отечественной войне. Баренцево море оказалось в зоне активных действий противника. Поэтому теперь грузы на Север завозились в основном с востока нашей страны. Этим же путем шли военные грузы по ленд-лизу из западных американских портов. Ледокол «И. Сталин», работавший на проводке судов в Белом море зимой 1942 года, получил сильные повреждения при одной из бомбардировок Архангельска, и его перегоняли Северным морским путем на ремонт в Сиэтл.

Теперь при проводке караванов и отдельных судов приходилось учитывать не только ледовую обстановку, но и военные действия противника. Поэтому штаб морских операций Запада согласовывал свои действия с военным командованием Северного флота. Ледовые условия были сравнительно благоприятные.

В августе 1942 года гитлеровское командование направило в Карское море тяжелый крейсер, или «карманный линкор», «Адмирал Шеер» и несколько подводных лодок для уничтожения советских транспортов, идущих с востока, и нарушения гидрометеорологической и ледовой службы в Карском море. Все это немцы назвали операцией «Вундерланд».

М. М. Сомов оказался в центре этих событий. Работая в штабе морских операций, он одним из первых узнал о полетах немецких самолетов над районами Новой Земли, о том, что немецкая подводная лодка зажигательными снарядами сожгла станцию Малые Кармакулы, о потоплении парохода «Куйбышев», шедшего из Югорского Шара на Диксон.

25 августа с борта ледокольного парохода «Сибиряков», выполнявшего задание по снабжению полярных станций в северо-восточной части Карского моря, была получена радиограмма: «В районе острова Белуха обнаружен корабль неизвестной национальности». Радиосвязь на этом прервалась. Стало очевидным, что знаменитый пароход погиб. После войны стало известно, что экипаж советского судна под командованием капитана А. А. Качаравы принял неравный бой, героически сражался. Когда «Сибиряков» потерял ход и был обречен на гибель, уцелевшие моряки спустили шлюпки, пытаясь спастись, а боцман, оставшийся на борту, по ранее отданному капитаном приказу, открыл кингстоны. Судно затонуло. Часть экипажа с «Сибирякова» из шлюпок была взята в плен. Многие из них вернулись из плена, живы и поныне.

В это время в Усть-Таймыре базировались два самолета ледовой авиаразведки: один под командованием Черевичного и второй — Черепкова. Черевичному было поручено взлететь и указать во льдах путь каравану «Красина» через пролив Вилькицкого, а Черепкову — обследовать район гибели «Сибирякова» и срочно лететь на Диксон. Самолет Черепкова вылетел и бесследно исчез. О нем и о его экипаже больше ничего неизвестно. Вероятно, его сбили зенитчики фашистского крейсера. На борту находился гидролог-разведчик И. Г. Овчинников.

Впоследствии Сомов с грустью говорил о друге своей юности:

— Тогда погиб замечательный парень и, вероятно, в будущем крупный ученый-полярник, Ванюшка Овчинников.

…О появлении в Карском море вражеского надводного корабля в штабе было известно заранее от военного командования Северного флота. Поэтому еще до потопления «Сибирякова» на Диксоне начали готовиться к обороне. После сообщения с «Сибирякова» и прекращения от него донесений вероятность нападения фашистов на остров Диксон стала не только предположительной, но и реальной. Штаб морских операций превратился в центр обороны. Были приведены в боевую готовность военный гарнизон на берегу и сторожевое судно «Дежнев».

В светлую августовскую ночь с 26 на 27-е дозорные, находившиеся на северной стороне острова на Новом Диксоне, обнаружили вражеский корабль, приближавшийся с севера. На всех береговых пунктах прозвучала боевая тревога. Линкор, обогнув остров с запада, подошел к проливу и открыл огонь из орудий по порту и находившимся в бухте судам. Прогремели ответные выстрелы с береговых батарей, с борта «Дежнева» и с парохода «Революционер». Стрельба советских артиллеристов была меткой. Прямые попадания вынудили неприятельский крейсер отойти к северу от Диксона. Работники штаба, полярной станции, вооружившись винтовками, заняли позиции для встречи возможного десанта. М. М. Сомов рассказывал, что ему и В. В. Фролову были поручены мешки с материалами и документами. В мешках были уложены ледовые карты, планы морских операций, шифры и коды. Вооружившись гранатами и одной винтовкой, засунув в карманы бутылки с керосином для уничтожения документов на случай, если нависнет опасность, что они попадут в руки противнику, Сомов с Фроловым потащили тяжелые мешки к берегу гавани, намереваясь переправиться в порт, а далее на материке уйти в тундру. К счастью, этого делать не пришлось — «Адмирал Шеер» был отогнан от бухты.

Но, обойдя остров Диксон с северной стороны, фашисты открыли огонь по Новому Диксону. Здесь они снарядами сожгли электростанцию, повредили антенну передающей радиостанции, подожгли жилой дом. Полагая, что они полностью сожгли Новый Диксон, немцы двинулись к северо-востоку от острова и направили орудия на остров Конус. Здесь зажигательные бомбы попали в угольный склад и в бочки с соляром. Снаряды противника, выпущенные в сторону Старого Диксона, где была полярная станция, приемный радиоцентр, штаб морских операций и жилой поселок, в цель не попали. Тем временем с береговой батареи порта советские артиллеристы вели интенсивный меткий огонь по противнику. Крейсер развернулся и, вероятно, опасаясь атаки советских кораблей, ушел из Карского моря в Норвегию.

Так закончился этот памятный для диксонцев бой. Противник нанес несущественный урон Диксону. Было убито несколько человек на борту «Дежнева» при прямом попадании снаряда. Работа штаба морских операций и других служб на Диксоне продолжалась бесперебойно.

Арктическая навигация 1942 года завершилась в октябре. М. М. Сомов был откомандирован в Красноярск для работы в Арктическом институте. Здесь он принимал участие в обработке материалов, составлял научно-оперативную часть отчета штаба и готовился к следующей навигации в Арктике.

В личном деле Сомова содержится приказ директора Арктического института, изданный 21 мая 1943 года в Красноярске:

«М. М. Сомов — старший гидролог отдела Службы льда и погоды — 26 мая с. г. командируется в г. Москву в распоряжение начальника моропераций Западного района. После окончания работ при начальнике морских операций тов. Сомову предлагается остаться на полярной станции Диксон до следующей навигации для выполнения работы по теме: „Формирование летней ледовой обстановки в Карском море и возможности ее предсказания“».

В соответствии с этим приказом Сомов выехал в Москву, а оттуда вместе с работниками штаба морских операций — на Диксон. Ему разрешили жить на Диксоне с семьей. Летом жена с сыном добрались из Красноярска до Диксона на речном пароходе по Енисею.

На Диксоне семья Сомова жила в одной из небольших комнат штабного дома. Жена работала техником — составляла и вычерчивала ледовые карты и оформляла другие оперативные документы.

В начале навигации в сложных ледовых условиях суда и ледоколы прошли в Карское море из Архангельска и вынуждены были пробиваться в устье Енисея к Дудинке за углем, так как на Диксоне угля не было. Вторая половина навигации 1943 года в ледовом отношении была несложной, но с военной точки зрения — беспокойной. Фашистское командование не оставило мысли парализовать перевозки грузов в Арктике. Советское военное командование выделило военные суда для конвоирования грузовых судов, и надводные корабли противника в Карском море больше не появлялись. Но по всему Карскому морю стали рыскать немецкие подводные лодки — «волчьи стаи». Минами вражеских подводных лодок были потоплены шедшие с военными грузами с востока пароходы «Диксон», «Архангельск», «Киров». Вблизи Новой Земли фашистская подводная лодка расстреляла экспедиционное судно «Академик Шокальский» и совершила нападение на полярные станции мыса Желания, залива Благополучия и острова Правды.