6 мая «Надежда» и «Нева» покинули остров Нука-Хива. Крузенштерн повел суда на Камчатку. Избранный курс лежал несколько западнее обычного в этом районе пути кораблей, так как Крузенштерн решил убедиться в существовании острова Огиво-Потто, об открытии которого объявил тот же французский мореплаватель Маршан. Вскоре корабли достигли указанной Маршаном точки и не обнаружили никакого острова.
В полдень 13 мая русские корабли вновь пересекли экватор, только теперь уже с юга на север. Дальнейший путь на Камчатку лежал мимо Гавайских островов. Крузенштерну нужно было торопиться, чтобы успеть разгрузиться на Камчатке, дойти до Японии и войти в Нагасаки с попутным муссоном, но он был крайне обеспокоен тем, что на судах не было свежего мяса. Попытка выменять мясо у жителей острова Нуку-Хива не дала результатов, и начальник экспедиции опасался, что недостаток свежего мяса повлечет за собой вспышку цинги.
Двухсуточная стоянка у Сандвичевых островов также оказалась безрезультатной. Туземцы, подплывавшие к судам на своих лодках, мяса не предлагали. Убедившись, что матросы его корабля вполне здоровы, Крузенштерн решил продолжать плавание, не задерживаясь для пополнения запасов мяса. Лисянский же мог не торопиться с выходом, так как дальнейший путь «Невы» к острову Кадьяк, а затем в Кантон был гораздо короче пути «Надежды», которой предстояло с Камчатки следовать в Японию. Поэтому он решил задержаться у Гавайских островов.
Но самые тяжелые испытания ожидали экипаж «Надежды» у японских берегов. Корабль попал в страшную бурю.
«Ветер, — вспоминал об этой буре Крузенштерн, — постепенно усиливаясь, скрепчал в один час пополудни до такой степени, что мы с великой трудностию и опасностию могли закрепить марсели и нижние паруса, у которых шкоты и брасы, хотя и по большей части новые, были вдруг прерваны. Бесстрашие наших матросов, презиравших все опасности, действовало в сие время столько, что буря не могла унести ни одного паруса. В 3 часа пополудни рассвирепела, наконец, оная до того, что изорвала все наши штормовые стаксели, под коими одними мы оставались. Ничто не могло противостоять жестокости шторма. Сколько я не слыхивал о тифонах, случающихся у берегов китайских и японских, но подобного сему не мог себе представить. Надобно иметь дар стихотворства, чтобы живо описать ярость оного».
Ветер изорвал все паруса. Буря несла корабль прямо на прибрежные скалы. Только изменившееся в последнее мгновение направление ветра спасло корабль от гибели. 27 сентября 1804 года «Надежда» бросила якорь на рейде Нагасаки.
Резанову предстояло выполнить здесь важнейшее поручение русского правительства — установить дипломатические отношения с Японией. Однако переговоры Резанова закончились безрезультатно. Японцы отказались даже принять подарки русского правительства японскому императору, сославшись на то, что:
«…в сем случае должен был бы и японский император сделать российскому императору взаимные подарки, которые следовало бы отправить в С. Петербург с нарочным посольством. Но сие невозможно, потому что государственные законы запрещают отлучаться японцу из своего отечества».
5 апреля 1805 года «Надежда» покинула Нагасаки.
Невзирая на запрещение японских властей, Крузенштерн решил пройти вдоль западного побережья Японии, чтобы составить подробное описание этого района.
«Лаперуз один был предшественником нашим в сем плавании, — объяснял Крузенштерн смысл своего маршрута. — …Зная, что ни он и никто другой из европейских мореходцев не определил точного положения всего западного берега Японии, большей части берега Кореи, целого западного острова Иессо, юго-восточного и северо-западного берегов Сахалина, также и многих из островов Курильских, вознамеривался я изведать из сих стран те, кои удобнее при настоящем случае избрать возможно будет».
Крузенштерну удалось осуществить весь этот обширный план исследований. Он закартографировал западное и северо-западное побережья японских островов, исправил ошибки, допущенные Лаперузом при описании этого района, открыл и нанес на карту множество мысов и бухт. Много времени Крузенштерн уделил изучению и описанию побережья Сахалина.
Сложная ледовая обстановка не позволила продолжить плавание на север и закончить описание Сахалина. Крузенштерн решил изменить маршрут и возвратиться в этот район позднее, когда льда уже не будет. Он повел корабль к Курильским островам, где были открыты четыре маленьких каменистых островка, почти не выступавших из воды.
Сильное течение, обнаруженное возле них, делало плавание в этом районе в условиях штормовой погоды и туманов, обычных в этой части Тихого океана, весьма опасным. Не зная о существовании островов, можно было налететь на один из них и потерпеть крушение. Крузенштерн назвал эти острова Каменными Ловушками и нанес их на карту.
Вскоре «Надежда» прибыла на Камчатку, где Крузенштерн оставил Резанова и сопровождавших его лиц.
Спустя две недели, потребовавшиеся на разгрузку доставленных из Японии грузов, «Надежда» вновь вышла в океан. Ее путь лежал к Сахалину, описание побережья которого стремился закончить Крузенштерн.
Пройдя неизвестным до тех пор проливом в Курильской гряде, названным проливом Надежды, Крузенштерн подошел к мысу Терпения. Окончив описание восточного побережья Сахалина, он направился в южную часть Сахалинского залива.
Наблюдения за удельным весом и цветом воды в заливе привели Крузенштерна к выводу, что где-то в самой южной части залива в него впадает большая река. Это же подтверждалось тем, что вода в глубине залива была пресной. В поисках устья реки Крузенштерн направил корабль к берегу, но глубина резко уменьшалась, и, боясь посадить «Надежду» на мель, Крузенштерн вынужден был повернуть корабль обратно в открытое море. Честь открытия Амура, так же как и честь открытия Татарского пролива, выпала на долю другого знаменитого русского мореплавателя Геннадия Ивановича Невельского, исправившего ошибку Крузенштерна, — который посчитал Сахалин полуостровом.
В середине августа 1805 года «Надежда» возвратилась на Камчатку, откуда после ремонта и пополнения запасов вышла в Кантон для встречи: с «Невой».
Пока «Надежда» находилась в Японии и совершала плавания в районе Курильских островов и Сахалина, «Нева» продолжала идти по своему маршруту.
Оставшись у Гавайских островов в мае 1804 года, Лисянский собрал сведения о быте, нравах и ремеслах островитян. Наблюдения и описания, сделанные Лисянским, значительно пополнили скудные этнографические познания об этих островах.
«Тамошний народ, — писал Лисянский, — кажется, имеет большую способность и вкус к рукоделиям; все делаемые ими вещи отменно хороши, но искусство в тканях превосходит даже воображение. Увидев их в первый раз, я никак не мог поверить, чтобы дикой человек имел столь изящный вкус. Смешение цветов и отличное искусство в рисунке со строжайшим наблюдением соразмерности прославили бы каждого фабрикандта… а особливо ежели возьмем в рассуждение, что дикие столь редкие удивительные изделия производят самыми простыми орудиями».
Покинув Гавайские острова, «Нева» направилась к острову Кадьяк, куда и прибыла 1 июля 1804 года.
На Кадьяке уже давно ожидали прихода «Невы». Ее помощь здесь была совершенно необходима. Из записи, оставленной Лисянскому управляющим компании Барановым, и рассказов жителей острова командир «Невы» узнал, что русская укрепленная фактория на острове Ситка — крепость Архангельская — разгромлена индейцами.
Чтобы отразить нападение американцев, Баранов с группой колонистов направился к острову Ситка. В своей записке он просил Лисянского поспешить к нему на помощь. Последний немедленно отправился на Ситку. В результате, благодаря распорядительности Лисянского и отличной военной выучке экипажа «Невы», боевые действия были закончены успешно и в короткое время Матросы и офицеры корабля, поддержанные метким огнем судовой артиллерии, разгромили неприятеля. На острове была заложена новая крепость, названная Ново-Архангельской.