Через месяц после падения города Мехмед послал за Геннадием, но того нигде не могли отыскать. Во время штурма Геннадий был в своей келье в монастыре Пантократор. Турки ворвались в него и, забрав все ценности, увели монахов в рабство. Геннадий достался богатому турку из Адрианополя, который был польщен и даже несколько смущен тем, что приобрел себе такого образованного и уважаемого невольника, и держал его в своем доме на положении дорогого гостя, а не раба.

Геннадия выкупили у этого учтивого хозяина и с почетом препроводили в Константинополь ко двору султана. Мехмед убедил его занять патриарший трон, после чего все епископы, которых нашли в округе, были созваны на синод. Он провозгласил патриарший трон вакантным и по представлению султана избрал Геннадия патриархом. После этого Геннадий и султан вместе разработали новые правила существования православных в Оттоманской империи. Основные пункты были, по всей видимости, продуманы перед тем, как султан выехал в Адрианополь в конце июля, хотя прошло еще шесть месяцев, прежде чем Геннадий официально стал патриархом.

Хиротония и интронизация состоялись 6 января 1454 г., когда Мехмед вернулся в Константинополь. Процедуру скопировали с византийских церемоний. Геннадий был принят султаном в его резиденции, и султан вручил ему знаки его достоинства: облачения, посох и наперсный крест. Оригинальный древний крест был утерян: по всей видимости, Григорий Маммас забрал его с собой в Рим, поэтому Мехмед повелел изготовить из позолоченного серебра новый великолепный крест. Формула возведения в должность в устах султана претерпела некоторые изменения. Теперь она звучала так: "Будь патриархом, и да сопутствует тебе удача. Будь уверен в нашей дружбе и пользуйся всеми теми привилегиями, которые имели патриархи до тебя". Затем Геннадий сел на подаренного ему султаном роскошного скакуна и направился к храму святых Апостолов, так как Св. София уже была превращена в мечеть. В храме его ждал митрополит Гераклейский, который и возглавил его хиротонию и интронизацию. Затем на том же скакуне патриарх проехал во главе процессии по улицам города, после чего вернулся к храму Апостолов, на территории которого и находилась его новая резиденция.

4. Скорее всего, новые правила для христиан были скреплены лишь устной договоренностью. Привилегии, упомянутые султаном Мехмедом, включали в себя личную неприкосновенность патриарха, освобождение от всех налогов, полную гарантию сохранения престола, полную свободу передвижения и право передачи этих привилегий своим преемникам на вечные времена; такие же привилегии были даны митрополитам и другим церковным сановникам, входящим в Священный синод. Впрочем, гарантия сохранения престола, разумеется, не отменяла права Священного синода сместить патриарха, объявив его избрание неканоничным, как это не раз имело место в Византии. Патриаршие хронисты следующего столетия утверждали, что Мехмед также выдал Геннадию документ, в котором обещалось, что Церковь будет законно взыскивать сборы за бракосочетания и похороны, что православные могут отмечать Пасху как праздник в течение трех дней и в эти дни им разрешается свобода передвижения и что отныне ни одна церковь не будет превращена в мечеть. Но главной "привилегией", дарованной патриарху, была гражданская власть над всеми христианами в Оттоманской империи.

Все верующие мусульмане считают себя единым народом Божиим. Ислам не знает расовых или национальных различий. В исламских государствах до сих пор не различается духовная и светская власть. И то и другое является единым законом, данным от Бога. Язычники, попадавшие под власть ислама, ставились перед выбором: обращение или смерть. Однако христиане и иудеи, как "народы книги", отчасти затронутые откровением, имели право на существование. Но так как они не принадлежали к исламской общине, то должны были быть официально отделены от нее режимом некоего "апартеида". Согласно мусульманскому закону, все христиане считались принадлежащими к единому народу (миллет). Никакие конфессиональные, лингвистические или национальные различия во внимание не принимались. Христиане были завоеваны исламом, но им дозволялось сохранять частичное самоуправление во всех тех случаях, в которых затрагивались их внутренние дела. Подобного рода вопросы должно было разрешать в согласии с правилами религии по единоличному решению патриарха, который, таким образом, сделался своего рода христианским калифом, ответственным перед султаном за всех христиан. Так греческая иерархия была наделена огромной властью, как гражданской, так и религиозной, в некоторых аспектах даже превышавшей ту власть, какой она обладала до турецкого завоевания.

Юрисдикция Вселенского патриарха была практически безграничной, так как она включала верных, проживающих не только на его собственной территории, но также и на территориях других восточных патриархатов (хотя их главы, по каноническому праву, естественно, оставались равными ему), и даже инославных христиан, проживавших в Оттоманской империи. Конечно, восточные патриархи в теории не утратили своих церковных прав или независимости и продолжали управлять православными на своих канонических территориях. Однако на практике они могли вести переговоры с Верховной Портой только через своего собрата в Константинополе. Когда возникала вакансия в Иерусалиме, Антиохии или в Александрии, именно Константинопольский патриарх подавал султану прошение о возможности назначения нового кандидата, а так как султан редко был достаточно заинтересован, чтобы самому подыскивать преемника, константинопольским патриархам было достаточно просто посоветовать своего кандидата. Православные епископы называли Вселенского патриарха "своим правителем, своим императором и патриархом". С этого времени патриархи присвоили себе знаки достоинства византийских императоров: митру в форме имперской короны, орлецы, дикирий и трикирий, саккос – и начали отращивать длинные волосы. В своей роли "миллет-баши" – "главы христианского народа", или, по-гречески, "этнарха", патриарх, по существу, стал регентом порабощенной Византийской империи, включенной в качестве одной из составных частей в империю Оттоманскую.

Право Церкви управлять христианской общиной, видимо, подразумевалось само собой, если судить по бератам (указам-лицензиям), которые были выпущены турецкими властями в более поздние времена и в которых утверждалось избрание епископов с перечислением их обязанностей. Церковным судам было дано право слушать все дела православных, имеющие отношение к религии, включая брак и развод, завещание и опеку над малолетними. Всеми другими гражданскими делами православных занимались учрежденные патриархом светские суды. Только уголовные дела и дела, касающиеся также и мусульман, передавались в турецкие суды. Сама Церковь не собирала государственных налогов с греческих общин: это было обязанностью главы местной администрации. Однако от Церкви могли потребовать применить угрозу религиозных санкций вплоть до отлучения против христиан, злостно не плативших налогов либо не исполнявших законы государства каким-либо иным путем. Кроме того, патриархия собирала с христиан собственные налоги, которые шли на ее нужды. Духовенство освобождалось от уплаты налогов, но могло делать от своего имени вклады, которые номинально считались добровольными. Из христиан только представителям духовенства разрешалось отращивать бороды. Кроме того, христиане должны были ходить в особой одежде, они не имели права ездить на лошадях (за исключением патриарха) и носить оружие. Их храмы снаружи не должны были выглядеть как культовые здания; колокольный звон был запрещен. Однако самый ненавидимый всеми закон касался порядка набора янычаров. Каждая христианская семья должна была быть готова по первому требованию отдать представителям султана одного из своих сыновей. Мальчиков воспитывали в специальных школах, где их превращали в фанатичных мусульман. Когда они вырастали, то становились личной гвардией султана – элитой турецкой армии. Янычары жили в собственных казармах, и им запрещалось жениться, чтобы вся их жизнь была посвящена службе султану. Ни в чем другом их не ограничивали.