В этот критический момент Юстиниан осознавал, что дальнейший прогресс его плана зависел от одного человека – папы Вигилия и что возвышение папского авторитета, которым он занимался еще со времени правления Юстина I, теперь наконец сыграет свою роль: папа обеспечит послушание Запада и, таким образом, исполнит обещания, данные им Феодоре перед своим восхождением на римский престол.
Однако Вигилий, видя столь единодушное неприятие "трех глав" на Западе, медлил и не давал ответа. Юстиниану пришлось послать ему весьма настойчивое приглашение посетить столицу, от которого папа уже не смог бы отказаться: в 545 г. в Рим прибыл отряд имперских солдат, чтобы с почетом повезти Вигилия в Константинополь. Он тянул как мог и ехал туда больше года; очень долго он пробыл в Сицилии, где собрались западные епископы, требовавшие от него не поддаваться имперскому давлению. Папа также сделал остановку в Патрасе, где он хиротонисал Максимиана – ставленника Юстиниана на Равеннскую кафедру. Во время долгого отсутствия папы Максимиану удалось весьма возвысить престиж своего города как центра имперской администрации в Италии, даже над престижем опустевшей римской кафедры. Бедный папа был зажат в угол!
В начале 547 г. папа прибыл в Константинополь. Его встретили с невероятной помпой. Тем не менее вначале Вигилий решил сопротивляться и, по совету своих западных помощников, прервал общение с патриархом Миной. Тот в ответ также вычеркнул имя Вигилия из диптихов.
Однако через полгода папа начал понимать всю отчаянность своего положения: обещания, данные Феодоре, нужно было выполнять, в Рим возвращаться он не мог (Рим в 546 г. был захвачен новым королем готов Тотилой). Вигилий пошел на попятную: он совершил совместную литургию с патриархом Миной и дал Юстиниану секретные письменные обещания осудить "три главы", если будет созван собор под его председательством.
Юстиниан дал ему такую возможность: в 548 г. был созван собор из 70 епископов, пока еще не принявших осуждение "трех глав". Папа занял кресло председательствующего и зачитал написанный им документ "Юдикатум" ("Judicatum"), в котором осуждались "три главы" и вновь, в самых сильных выражениях, утверждался Халкидон. Однако происшедшее недолго удовлетворяло Юстиниана: наконец-то он понял, что папская власть совсем не пользовалась таким авторитетом на Западе, как ему казалось. Большая часть западных епископов напрочь отвергла "Юдикатум". Написанные Факундом Гермианским "Двенадцать книг в защиту трех глав" получили самое широкое распространение, и даже римские клирики, прибывшие с Вигилием в Константинополь, отказались сослужить ему в Св. Софии на Рождество 549 г.
Епископы в Италии, Африке, Далмации, Иллирии и Галлии высказывали резкие протесты. Карфагенская церковь даже отлучила папу Вигилия впредь до раскаяния и послала протест Юстиниану. Юстиниан (Феодора скончалась в 548 г.) понял, что одного авторитета папы недостаточно. Он стал готовиться к созыву Вселенского Собора. Попутно Юстиниан предпринял меры, чтобы убрать лидеров оппозиции: Репарат Карфагенский (Карфаген был центром непринятия идеи Собора) был отправлен в ссылку, так же как и Зоил Александрийский, вдруг отказавшийся от поддержки осуждения "трех глав".
Тем временем Вигилий вновь переменил позицию. Он объявил об отзыве "Юдикатума" и от страха перед имперским возмездием спрятался в церкви св. Петра в Константинополе (что было весьма символично). Последовала безобразная сцена. Полиция пыталась силой вытащить его из алтаря. Вигилий, который был крупным и физически сильным человеком, ухватился за одну из ножек престола и не отпускал, покуда она не подломилась и престол едва не обрушился на него. Народ, возмущенный таким безобразием, напал на полицию, и она ретировалась. Лишь после того как великий полководец Велизарий, завоеватель Италии, лично дал папе гарантии безопасности, тот согласился вернуться в свой дворец. Вскоре после этого папу посадили под домашний арест. 23 декабря 551 г. он бежал вторично и нашел новое убежище в церкви св. Евфимии в Халкидоне (вновь весьма символично: в этой церкви проходил IV Вселенский Собор), откуда стал рассылать письма по всей Империи с жалобами на все насилия, которые ему приходится претерпевать, и с призывами ко всем верным хранить верность четырем Вселенским Соборам.
Лишь после новых гарантий и после личных извинений, принесенных патриархом Миной и Феодором Аскидой, он вернулся в Константинополь и, одобрив исповедание веры нового патриарха Константинопольского Евтиха, вступил с ним в общение.
Собор собрался в Св. Софии в 553 г. Он не был продолжительным: первое его заседание было 5 мая, а восьмое и последнее – 2 июня. На нем присутствовало всего 145 епископов, опять большей частью восточные (лишь пять епископов были из Африки и еще три – из Иллирика), в том числе патриархи Константинопольский, Александрийский и Антиохийский и легаты Иерусалимского (Евстохий Иерусалимский не мог отлучиться из своего города из-за проблем, создаваемых оригенистами). Вигилий, почувствовав свою силу, отказался прибыть на Собор, заявив, что там нет достаточного числа западных епископов. В истории Церкви это был второй Собор (после Собора 381 г.), признанный Вселенским, на котором не только не было представителей римского престола, но и который собрался вопреки пожеланиям пап.
На первом заседании, проходившем под председательством Евтихия Константинопольского, было зачитано письмо императора, написанное в несколько извинительном тоне. Юстиниан писал, что все его предыдущие действия – эдикты, имперское исповедание веры и т.д. – были не более чем консультацией с епископатом, что он провел переговоры со всеми патриархами, включая папу, и что все они согласились осудить "три главы", и теперь лишь остается официально утвердить это всеобщее решение на Соборе.
Отцы Собора решили предпринять новую попытку, чтобы обеспечить присутствие Вигилия. Ему было послано три очень почтительных приглашения, доставленных лично тремя патриархами и высокопоставленными имперскими чиновниками. Тем не менее он отказался прийти и через несколько дней прислал императору изложение собственного мнения по поводу "трех глав" – Constitutum, подписанное шестнадцатью епископами и тремя римскими клириками, в том числе ученым-диаконом Пелагием. В этом документе осуждалось шестьдесят положений из трудов Феодора Мопсуэстийского, но папа наотрез отказывался осудить Феодора лично, так как он умер в общении с Церковью и так как мертвых нельзя отлучать от этого общения. Более того, писал Вигилий, ни Феодорит, ни Ива не подлежат осуждению, так как они были полностью оправданы Халкидонским Собором. Папа Вигилий завершил Constitutum анафемой против тех, кто выступает за осуждение "трех глав".
Юстиниан отказался признать Constitutum легитимным документом, заявив, что располагает письменным свидетельством, что Вигилий уже сам осуждал "три главы", и, таким образом, написав Constitutum, папа лишь осудил самого себя. На седьмой сессии император действительно предъявил Собору несколько писем Вигилия, в которых тот отстаивал мнение, выраженное в 548 г. в "Юдикатуме", и секретные обещания Вигилия (данные в 550 году), где он "на Четырех Евангелиях" клялся Юстиниану сделать все для осуждения "трех глав". На основании этого Вигилий, как осуждавший "три главы" в течение семи лет, а теперь противящийся соборному волеизъявлению Церкви, был низложен и отлучен от причастия. Приняв такое решение, отцы Собора заявили, что оно служит сохранению единства с апостольской кафедрой Ветхого Рима, так убирает с нее лицо, недостойно ее занимающее.
На последнем, 8-м заседании Собора (2 июня) был принят итоговый документ, завершающийся 14 анафемами. В документе одобрялось направление политики Юстиниана в последние годы. Четыре Собора были вновь провозглашены Вселенскими; было утверждено кирилловское понимание Халкидона; использовались теопасхитские формулы; были приняты 12 анафем против Нестория и даже, наряду с халкидонским оросом о "двух природах", знаменитая кирилловская формула "одна природа Бога-Слова воплощенная" была признана допустимой и законной, если принимать ее в свете халкидонского определения: специально оговаривалось, что тут свт. Кирилл употреблял слово "природа" в смысле "ипостась". Тем самым халкидонская формула была истолкована в приемлемых для всех смыслах, открывая дорогу для примирения с монофизитами. Осуждение "трех глав" приняло форму, которую дал ей Юстиниан: Феодор Мопсуэстийский был осужден лично; у Феодорита и Ивы была осуждена лишь часть их писаний – письма Феодорита, направленные против Эфесского Собора и св. Кирилла, а также письмо Ивы к Марию Персу.