Со времени своего возвращения из большого путешествия по бассейну Каспийского моря Бэр отдался преимущественно антропологии. Он привел в порядок и обогатил коллекцию человеческих черепов в анатомическом музее академии, постепенно превращая его в антропологический музей. В 1858 году он ездил летом в Германию, принял участие в съезде естествоиспытателей и врачей в Карлсруэ и занимался краниологическими исследованиями в базельском музее.
Продолжая работы по краниологии в Петербурге, он пришел к мысли, что следовало бы ввести один общий метод измерения черепов для всех антропологов, чтобы облегчить ориентировку в краниологическом материале. Чтобы осуществить этот замысел, Бэр предпринял в 1861 году новую поездку за границу, с целью посетить разных ученых и, если окажется возможным, собрать антропологический конгресс для обмена мнений. Конгресс действительно состоялся в начале ноября в Геттингене и, хоть и не привел к такому полному соглашению, какого желал Бэр, – но имел все-таки важные научные результаты.
Кроме антропологии, Бэр не переставал, однако, интересоваться и другими отраслями естествознания, стараясь содействовать их развитию и распространению в России.
Так, он принимал деятельное участие в создании и организации одного из полезнейших наших ученых обществ – Русского энтомологического общества. Он был его первым президентом и в одном из первых заседаний общества (10 мая 1860 года) произнес замечательную речь «О наиболее верном взгляде на живую природу и о применении этого взгляда к энтомологии».
О частной жизни Бэра в течение его долгого пребывания в Петербурге мы имеем весьма мало сведений. В своей автобиографии он заканчивает свои личные воспоминания 1834-м годом; в других источниках также нет никаких сколько-нибудь подробных данных в этом отношении. Появление бэровской автобиографии разочаровало за границею многих. Ожидали появления мемуаров, интересных не только в биографическом, но и бытовом, и в политическом отношениях, так как Бэр встречался и имел деловые контакты со многими лицами высшего общества и мог бы многое сообщить о разных сторонах русской жизни. Но он намеренно воздержался от этого, собрав лишь материал для суждения о его собственной деятельности. И в настоящее время нелегко и, может быть, не совсем уместно собирать и публиковать сведения о личных впечатлениях, вынесенных Бэром из жизни в академической среде и вообще в Петербурге. Одно можно утверждать с положительностью: хотя Бэр и пользовался общим уважением и не имел недостатка в дружеском обществе, но жизнь в Петербурге была ему вообще не особенно по душе. Поэтому он и искал возможности оставить Петербург и уехать куда-нибудь доживать на покое остаток своей жизни, отдаваясь исключительно своим научным склонностям, без всяких официальных обязанностей. В 1862 году он вышел в отставку, при этом был избран почетным членом академии и причислен к министерству народного просвещения. Первое время, однако, он остался еще в Петербурге, колеблясь, какой город избрать для своего местопребывания – Дерпт ли, с которым у него были связаны воспоминания юности, или же один из городов Германии – например, Лейпциг с его знаменитым университетом и широко развитою книжною торговлею. В 1864 году предстоял 50-летний юбилей ученой деятельности Бэра, считая ее со дня защиты им докторской диссертации. В Дерптском университете и в Академии наук делались приготовления к достойному празднованию этого события; эстляндское дворянство постановило издать его биографию и обратилось к нему с просьбою доставить свои воспоминания. Бэр пересмотрел свои записки, посетил колыбель своего детства – Лассилу и Пип – и в течение месяца написал свою обширную автобиографию, составляющую солидный том в 519 страниц. Автобиография эта читается чрезвычайно легко и с большим интересом; особенно подробно описывает Бэр свое детство и лучшую пору своей жизни и деятельности – кёнигсбергский период.
18 августа 1864 года в С.-Петербургской академии наук состоялось торжественное празднование бэровского юбилея. Явилась масса депутаций, писем, телеграмм; затем последовал торжественный обед с бесчисленными тостами на русском, латинском и немецком языках. Особенно выдающеюся была речь академика Мидцендорфа. Бэр, со своей стороны, отвечал прекрасною речью, полною ума, бодрости и добродушного юмора. Государь Император пожаловал юбиляру пожизненную ежегодную пенсию в 3 тысячи рублей, а при Академии наук была учреждена Бэровская премия за выдающиеся исследования по естественным наукам.
После юбилея Бэр считал свою петербургскую карьеру окончательно завершенною и принял решение перебраться в Дерпт, так как, уехав за границу, он был бы слишком удален от своих детей. Семья Бэра к этому времени сильно сократилась: единственная дочь его Мария вышла замуж в 1850 году за доктора фон Лингена, а из шести его сыновей осталось в живых лишь трое; жена Бэра умерла весною 1864 года. Разные хлопоты с петербургскими делами, приведение в порядок и отправка богатой библиотеки и коллекций Бэра затянула переезд его в Дерпт более чем на два года, так что только в начале лета 1867 года он переселился наконец в родной университетский город.
Престарелый ученый продолжал и здесь, на покое, интересоваться наукою. Он готовил к печати разные свои неопубликованные работы и по возможности следил за успехами знания. ум его был все так же ясен и деятелен, но физические силы стали все более и более изменять ему. В особенности ослабли его глаза, столь зоркие и выносливые в молодости. Правым глазом он почти ничего не видел уже по прибытии в Дерпт; левый глаз также видел плохо, так что Бэр должен был пользоваться услугами чтеца и писца под диктовку. Особенно тягостны были полуслепому старику долгие зимние месяцы, когда так мало света, и без того уже все более ускользавшего от его глаз. Ноябрь был ему всего более ненавистен; по свидетельству одного из его биографов, Бэр писал однажды своей дочери, не теряя добродушного юмора и в этом тяжелом положении, что ноябрь совершенно бесполезен и его следовало бы уничтожить. Зато весна чрезвычайно его радовала; особенно любил старик цветы, за которыми тщательно ухаживал в садике, примыкавшем к его дому.
Дни старого Бэра проходили тихо и однообразно, но были полны содержания. Он вставал, как многие старые люди, довольно рано утром; если это было летом, то он что-нибудь делал в саду, – или же ходил взад и вперед по кабинету, обдумывая то, что собирался диктовать писцу, который являлся в десять часов. Диктование продолжалось до часа дня, затем следовал отдых, а в два часа подавался обед. После обеда Бэр обыкновенно спал, а от пяти до семи часов заставлял читать себе вслух; за вечерним чаем сестра или внуки читали ему газету. По воскресеньям к ним заходили иногда близкие знакомые – профессора Штида и Энгельгардт. Кроме того, вечером по средам у Бэра собиралось общество – кружок дерптских профессоров; велась оживленная беседа, в которой престарелый хозяин принимал деятельное участие; иногда читались рефераты по разным научным вопросам, причем изредка и сам Бэр читал небольшие доклады, продолжавшиеся не более двадцати минут. Несколько раз он отважился даже читать публичные лекции, через что сделался известным всему городу и приобрел себе массу друзей и почитателей.
В 1872 году Дерпт праздновал его восьмидесятый день рождения, а в 1874 году – шестидесятилетие его научной деятельности.
Из литературных работ Бэра, оконченных в этот период его жизни, можно указать в особенности на большую статью «О заслугах Петра Великого в географии», на статьи исторического содержания (о местностях, где путешествовал Одиссей, и об Офире), далее – на ряд статей о дарвинизме. Из этих статей видно, как жив и деятелен был ум этого на вид беспомощного, почти слепого старика: слог их так же ясен, блестящ и оживлен, как и слог статей, написанных им за несколько десятилетий перед тем.
Но смерть подкрадывалась к нему все ближе и ближе; чаще и чаще старик прихварывал, хотя никогда не болел подолгу, не изменял своего образа жизни и даже не отменял своих сред. Менее чем за неделю до своей смерти он принимал еще в среду гостей. В пятницу он простудился, захворал и в понедельник слег, а во вторник 16 ноября 1876 года скончался тихо, без агонии, как будто уснул. Так мирно закончилась эта великая, простая и деятельная жизнь.