В результате Южный Хорезм вошел в состав государства Тимура, однако успех оказался временным. Юсуф Суфи, воспользовавшись отсутствием Тимура (воевавшего с Урусханом), в 1375 году вновь овладел Южным Хорезмом. Взаимные стычки и обиды продолжались до 1379 года, когда Тимур после трехмесячной осады овладел Ургенчем, и Южный Хорезм окончательно вошел в состав империи Тимура.
Существовала еще сильная Золотая Орда, которая, так же как и Белая орда, угрожала могуществу Тимура. С первых лет своего правления Тимур внимательно следил за тем, что происходило в улусе Джучи, в состав которого входили Золотая и Белая орды. Постепенно Белая орда обособилась и ввела своих собственных ханов. Урус-хан, правивший в ней до 1375 года, задумал объединить обе части улуса Джучи под своей властью.
Тимур, опасаясь этого объединения и его возможных последствий для своего государства, искал повода для вмешательства. Удобный случай представился. Один из узбекских эмиров Белой орды, правитель Мангышлака Туйходжа-оглан, был убит Урусханом за то, что не выступил с ним в поход против Золотой орды. Сын Туйходжи-оглана Тохтамыш бежал из Белой орды и явился в 1376 году к Тимуру, предлагая свои услуги.
Учитывая общую обстановку в орде и считая чрезвычайно выгодным для себя иметь в Белой орде своего ставленника, Тимур предложил Тохтамышу военную поддержку, тут же снарядил войско и отправил его в Белую орду отвоевывать у Урусхана белоордынский престол. В двух походах (1376) Тохтамыш был разбит. Тогда Тимур, несмотря на зимнее время, направился с войсками против Белой орды, но из-за сильных морозов поход был прерван. Только в 1379 году Тимуру удалось посадить Тохтамыша на престол Белой орды.
Тохтамыш не оправдал надежд Тимура. Став ханом в Белой орде, он пошел по стопам Урус-хана и начал борьбу за объединение и усиление Золотой Орды. Победа над Мамаем в 1380 году дала возможность Тохтамышу захватить верховную власть в Золотой Орде и вновь объединить обе части улуса Джучи.
Стремясь возродить Золотую Орду и расширить ее пределы, Тохтамыш предпринял несколько походов в Закавказье и Азербайджан. В 1385 году он направил многочисленное войско для захвата Тебриза.
В конце 80-х годов Тохтамыш явно искал случая для столкновения с Тимуром, стремясь отвлечь его от персидских походов. В 1387–1388 годах, воспользовавшись отсутствием Тимура, он напал на Мавераннахр. В это же время поднял восстание Сулейман Суфи и Тимур совершил последний поход на Хорезм (1388. Заняв Ургенч, Тимур уничтожил династию Суфи, а жителей города переселил в Самарканд. В течение десяти дней войска Тимура грабили прекрасный богатый Ургенч, в результате один из центров торговли между восточной Европой и Средней Азией был уничтожен. Только в 1391 году Тимур приказал восстановить город. Так прекратило самостоятельное существование небольшое, но богатое и культурное Хорезмское государство. Хорезм вошел в состав державы Тимура, а позже государства Тимуридов. Таким образом, все земли Средней Азии, за исключением Семиречья и низовьев Сырдарьи, оказались в руках завоевателя.
Тимур, ведя войны с Тохтамышем, стремился полностью ослабить улус Джучи, так как видел в самом существовании могущественной Золотой Орды постоянную угрозу своему государству. Он провел три больших похода против Тохтамыша (в 1389, 1391 и 1394–1395 годах).
В 1395 году произошло решающее сражение между Тимуром и Тохтамышем на Северном Кавказе, в долине реки Терек. Тохтамыш потерпел поражение, и Тимуру открылась свободная дорога в Поволжье, к самому сердцу Золотой Орды — ее столице городу Сараю Берке. Большой и богатый город был захвачен, разграблен и сожжен, причем из него была вывезена огромная добыча, в состав которой кроме разнообразных материальных ценностей входило большое число пленных — мужчин, женщин и детей, обращенных победителями в рабство. Пострадало не только Нижнее Поволжье с его главными городами — Сараем Берке и Хаджи Тарханом (Астрахань), но и Крым с его приморскими городами (например, Кафа), а также Азак (Азов) и Северный Кавказ.
Известно, что опустошения и разрушения здесь были настолько велики, что все эти места долго не могли экономически возродиться… Если борьба Тимура с Хорезмом и Золотой Ордой была вызвана интересами объединения Средней Азии в сильное государство, то походы в Персию, Закавказье и Индию носили завоевательный и грабительский характер.
Таков был и поход Тимура в 1381 году на Герат, которым владел в то время Гиясуддин Пир-Али из династии Куртов. Жители не оказали упорного сопротивления Тимуру, так как поверили его обещаниям гарантировать им жизнь и неприкосновенность имущества, если они останутся в домах и не примут участия в защите города.
Понятно, что в такой обстановке Тимуру легко было взять один из наиболее укрепленных городов Хорасана. Наложив на жителей огромную дань, Тимур приказал наиболее именитым жителям Герата покинуть город и отправиться в Шахрисабз, который Тимур в то время всячески старался возвеличить и украсить.
Опасаясь возможного восстания жителей Герата, Тимур приказал срыть укрепления города (городские стены с башнями), снять ворота и т. д. Не тронута была только цитадель Ихтияруддин. Предположения Тимура оправдались в 1383 году, то есть через два года после взятия города, гератцы восстали, однако победить не сумели, восстание было жестоко подавлено. На этот раз они заплатили значительно большую дань. В том же 1383 году династия Куртов (с 1381 года вассалов Тимура) была окончательно низложена, а еще через шесть лет, в 1388 году, сын Тимура Мираншах коварно убил на пиру ее последнего представителя.
К середине 80-х годов весь Хорасан уже принадлежал завоевателю. На этом его движение в глубь Персии не остановилось. Тимур совершил еще три длительных похода в Персию сначала «трехлетний» (с 1386 года), затем «пятилетний» (с 1392 года) и, наконец, «семилетний» (с 1399 года). Походы эти были успешны и завершились покорением всей Персии. Военачальники и простые воины Тимура были жестоки и безжалостны к населению, у которого они отнимали имущество, свободу, а часто и саму жизнь.
Особенной жестокостью Тимур отличился в 1387 году в походе на области Фарса и Исфахана, которыми владели Музаффариды. После захвата Исфахана он приказал жителям выкупить свою жизнь и право на имущество. Для сбора выкупа кварталы города были поделены между эмирами войска Тимура. Однако исфаханцы не желали платить дань и подняли восстание против оставленного в городе гарнизона. Почти все чиновники Тимура, которым поручили собирать дань, погибли. Узнав об этом, Тимур приказал войскам вновь захватить город. Началось массовое убийство населения. Каждый воин должен был доставить Тимуру определенное количество голов. Шарафуддин Али Иезди при всем своем пристрастии к Тимуру вынужден был признать, что не все воины решились убить такое большое число мирных мусульман и предпочли уплатить за голову по двадцать кебекских динаров. В исфаханском побоище было собрано 70 000 голов, из которых по приказу Тимура в «назидание» другим были сложены высокие башни. Не раз ходил Тимур с большим войском и в Азербайджан, но покорил его лишь в 1397 году. Армению и Грузию он подчинил себе в 1392 году, оставив в памяти народа воспоминание о себе, как об одном из жесточайших завоевателей.
В индийском походе (1398–1399) Тимур ограбил огромную страну, безжалостно перебив 100 000 безоружных индийских пленных, заподозренных им в организации восстания в его тылу во время битвы с султаном Насируддин Махмудом Дехлийским Тимур, разбив войска дехлийского султана и захватив прославленный город Дехли (Дели) и близлежащие области, вывез огромную добычу.
В 1400 году Тимур вступил в борьбу с турецким султаном Баязедом I и египетским султаном Фараджем, захватил Сивас в Малой Азии и Халеб (Алеппо) в Сирии. В 1402 году при Анкаре Тимур столкнулся с Баязедом в решающем сражении. В каждой армии насчитывалось более 200 000 воинов. В этой битве могущественный османский султан Баязед был наголову разбит и взят в плен. Победа при Анкаре в 1402 году почти на 50 лет отсрочила завоевание Константинополя турками-османами.