Отдельные главы «Повести о Гэндзи» в большинстве своем обособленны, конец предыдущей редко бывает связан с началом последующей. Перед нами словно всплывают на миг отдельные мгновения человеческой жизни. Всплывают, чтобы тут же исчезнуть, затеряться в той общей неопределенности, из которой возникли. Возможно, именно эта зыбкость переходов от одной главы к другой и позволила многим исследователям усомниться в том, что традиционное расположение глав отражает действительную последовательность их написания. Эти сомнения усугубляются противоречиями хронологического и иного порядка, легко обнаруживающимися при сопоставлении содержания отдельных глав.

Называют, как правило, три главы, с которых Мурасаки могла начать «Повесть о Гэндзи»: «Павильон Павлоний», «Сума», «Юная Мурасаки». Есть, впрочем, ученые, полагающие, что первой была написана глава «Дерево-метла», а главу «Павильон Павлоний» Мурасаки приписала позже. Существует также мнение, что началом «Повести» была утерянная ныне глава «Принцесса Сверкающего солнца» («Кагаякухи-но мия»), повествующая о юности Фудзицубо.

Из «Глав Удзи» начальными считаются главы «Принц Благоуханный», «Красная слива», «Бамбуковая река».

Вопрос о том, в какой последовательности писалась «Повесть о Гэндзи», осложняется еще более из-за ее структурной неоднородности. Уже первые комментаторы-исследователи текста (в частности, Фудзивара Тэйка) обращали внимание на то, что роль разных глав в общей структуре произведения неодинакова: выделяются основные главы (мото-но маки), составляющие фабульный костяк произведения, и побочные (нами-но маки), группирующиеся вокруг основных и так или иначе дополняющие их содержание. Побочные главы, в свою очередь, делятся на «вертикальные» (татэ-но нами) и «горизонтальные» (ёко-но нами). Первые развивают сюжетные линии, намеченные в основной главе, вторые уточняют ее содержание, вводя в то же временное пространство новых персонажей и новые события. Так, главы «Пустая скорлупка цикады» и «Вечерний лик» следуют за главой «Дерево-метла» как побочные вертикального ряда, а глава «У заставы» примыкает к главе «У прибрежных буйков» как побочная горизонтального ряда. Глава «Шафран», будучи связанной с главой «Юная Мурасаки», в первой части своей является побочной горизонтального ряда, а во второй — побочной вертикального ряда. (Кстати говоря, именно подобная структура позволяет многим исследователям считать «Повесть о Гэндзи» произведением переходного характера, стоящим на полпути между сборником коротких новелл и сюжетно-цельным романом.)

Естественно предположить, что наличие в «Повести о Гэндзи» глав разного типа является отражением не столько внутренних закономерностей произведения, сколько внешних условий его создания и существования.

Вполне возможно, что Мурасаки взялась за кисть, желая написать сравнительно небольшую повесть, но, по мере того как эта повесть писалась (и читалась), автору представлялось необходимым одни линии развить, другие дополнить, и в результате выстроилось колоссальное по объему произведение, объединенное личностью главного героя и проникнутое единым мироощущением.

То обстоятельство, что «Повесть о Гэндзи» писалась не последовательно — от первой главы до последней, а отдельными частями, более или менее внутренне едиными (а к этому мнению склоняются большинство исследователей), объясняет структуру самих глав, характер их зачинов и концовок, а также отсутствие предыстории некоторых персонажей, немотивированность их появления и исчезновения, необоснованность тех или иных действий и ссылка на события, в «Повести» не описанные.

Правда, некоторые ученые объясняют подобные недомолвки и противоречия тем, что отдельные главы «Повести» были утеряны вскоре после ее создания. Называют главы «Принцесса Сверкающего солнца», «Дева из Сакура» («Сакурабито»), «Сумори».

Выдвигается также предположение о существовании другой, более ранней повести (или даже нескольких повестей), из которой Мурасаки позаимствовала своих героев и которая настолько хорошо была известна в ее время, что ссылка на какие-то обстоятельства, связанные с ее содержанием, не требовала объяснений.

В настоящее время почти все исследователи делят «Повесть о Гэндзи» на три части, различающиеся между собой по содержанию, стилю и методу изложения (такое деление ввела в начале нашего века известная поэтесса и переводчица «Повести о Гэндзи» на современный японский язык Ёсано Акико, до нее «Повесть» принято было делить на две части — до главы «Сокрытие в облаках» и после нее):

главы «Павильон Павлоний» — «Листья глицинии» (33 главы), повествующие о жизни Гэндзи от рождения до полного расцвета его могущества в 39-летнем возрасте, могущества, к которому он пришел после ряда злоключений — изгнания, скитаний и пр.;

главы «Первая зелень» — «Кудесник-даос» (8 глав), повествующие о печалях, омрачающих старость Гэндзи, в основном связанных с его новым браком с Третьей принцессой и смертью любимой жены Мурасаки; кончается эта часть смертью героя;

главы «Принц Благоуханный» — «Плавучий мост грез» (13 глав), повествующие о детях и внуках Гэндзи. В центре этой части — история Укифунэ, завершающаяся принятием героиней монашеского пострига, который она предпочитает брачному союзу с Каору.

Уже первые комментаторы, отмечая, с одной стороны, неоднородность разных частей «Повести о Гэндзи», а с другой — грандиозность охвата действительности и несомненную эрудицию автора, выражали сомнение в том, что «Повесть» была написана одним человеком и что человеком этим была женщина. Одни считали «Повесть» совместным трудом Мурасаки и Фудзивара Митинага, другие предполагали, что ее написал Фудзивара Тамэтоки, а Мурасаки только собрала написанное отцом воедино и дополнила. Некоторые выдвигали предположение, что текст, написанный Мурасаки, был обработан Фудзивара Юкинари, а потом, во второй половине XVIII в., был еще раз переработан ученым Мотоори Норинага.

В конце XV в. возникла гипотеза, поддержанная и развитая в начале нашего столетия Ёсано Акико. Приверженцы этой гипотезы полагают, что Мурасаки написала лишь первую часть «Повести». Вторая же и третья части были написаны уже после смерти писательницы ее дочерью Дайни-но самми. Будучи кормилицей императора Горэйдзэй, Дайни-но самми часто ездила в Удзи, где помещались его владения, поэтому туда и переносится место действия «Повести». Главы же «Первая зелень» — «Кудесник-даос» необходимы были ей для перехода к героям этой части.

Некоторые ученые склонны считать «Повесть о Гэндзи» плодом коллективного творчества хэйанской аристократии, утверждая, что, даже если и существовал когда-то экземпляр, созданный самой Мурасаки, он постоянно изменялся, дополнялся и переделывался переписчиками, весьма свободно относившимися к тексту.

В какой-то мере все эти сомнения оправданны, но доказать справедливость любой из этих версий со всей бесспорностью представляется невозможным. Явная же подчиненность повествования единому замыслу и цельность его все-таки склоняют к мысли о существовании одного автора, а сравнительное изучение стиля и содержания «Дневника Мурасаки» и «Повести о Гэндзи» дает основания для отождествления создателей этих двух произведений. Несомненно и то, что переписчики могли весьма вольно обращаться с текстом и внести в него ряд изменений.

Немало споров вызывает еще один вопрос, который начал волновать умы ученых уже во времена Камакура. Это вопрос о степени завершенности «Повести».

Последней главой «Повести о Гэндзи» во всех ныне имеющихся списках является глава «Плавучий мост грез», которая поражает своей краткостью и незавершенностью, особенно ясно ощутимой при сопоставлении ее с главой «Листья глициний». Если в главе «Листья глициний» достигают предела своего развития все линии, намеченные в главе «Павильон Павлоний», то в главе «Плавучий мост грез» герои находятся как бы в преддверии нового витка судьбы, и можно лишь предполагать, что ждет их в будущем.