Вероятно, Рабле разделил бы судьбу своих друзей и товарищей по убеждениям, если бы его не спасали сильные покровители. Братья Дю Белле до конца жизни Франциска пользовались почетом при дворе и милостями короля. Один из них, Гильом, известный своими военными за слугами, был назначен губернатором Пьемонта. В 1539 году он пригласил к себе Рабле в качестве домашнего врача и не расставался с ним до самой своей смерти в 1543 году.

Во все это время Рабле бывал во Франции только наездами, ненадолго, впрочем, нашел время проследить за новым изданием двух первых книг своего романа. Это издание вышло в 1542 году и значительно отличается от предыдущих. Изменения касались не сущности рассказа, а отдельных фраз и выражений. Некоторые поправки вызваны были желанием автора сгладить слог, но большинство обусловливалось печальными обстоятельствами времени, страхом подвергнуться преследованию. Так как главными врагами Рабле и вообще гуманистов были члены Сорбонны и клерикалы, то в угоду им слова «Сорбонна», «теолог» и все производные от них были исключены или заменены словами «софист», «ученый» и разными другими, более или менее удачными. Некоторые поправки сделаны, очевидно, в угоду королевской власти; так, фраза «иностранные народы удивляются терпению или, лучше сказать, глупости французских королей» явилась в издании 1542 года без слова «глупости». В описании низких должностей, какие разные замечательные люди занимают на том свете, имена французских королей заменены другими: вместо Карла Великого поставлен Нерра, вместо Пепина — Тигран и т. п. Некоторые выражения, которые могли показаться кощунственными, совсем опущены.

После смерти Гильома Дю Белле младший брат его, епископ Монский, предоставил Рабле приход в своем епископстве. Рабле, как и многие священники того времени, пользовался доходами с этого прихода, но не был обязан жить в нем и исполнять священнические обязанности. Он по-прежнему проводил большую часть времени в Лионе или Париже и, кроме исправленного издания первых двух книг своего романа, приготовил к печати и третью книгу. Выпустив в свет эту третью книгу в начале 1546 года, Рабле, несмотря на то, что получил от короля разрешение печатать ее, побоялся оставаться во Франции и с радостью принял приглашение занять место врача при городской больнице в городе Меце.

В 1545 году Рабле получил от короля Франциска разрешение на новое, исправленное издание двух первых частей своего романа и на напечатание третьей части его. В королевской привилегии, данной автору сроком на 10 лет, говорится: «Желая, чтобы литература распространялась в нашем королевстве на пользу и поучение наших подданных, мы даем вышепоименованному просителю привилегию, право и разрешение печатать и пускать в продажу через посредство избранных им опытных книгопродавцев вышеупомянутые книги, а также и имеющее появиться продолжение „Геройских подвигов Пантагрюэля“, том третий, и даем ему право и разрешение просмотреть оба вышеупомянутые первые тома, раньше сочиненные им». Перепечатка и издание книг без разрешения автора запрещались под страхом штрафа и строгого наказания.

Двенадцать лет прошло после выхода в свет первых двух книг истории Гаргантюа и Пантагрюэля. Много тяжелого пришлось видеть и испытать автору в этот промежуток времени. Та заря светлого будущего, которая виделась гуманистам в свободном развитии личности, в пробуждении пытливой мысли, оказалась миражем. Ряды их редели. Одних унесла смерть, другие пали жертвой фанатических преследователей, третьи обратили свой критический ум на выяснение и разработку тех религиозных вопросов, которые волновали толпу и сами впали в мистицизм, заразились духом узкой нетерпимости. Вместо ожидаемого братства народов и мирного процветания наук под покровительством просвещенных королей — Пантагрюэлей — всюду господствовали взаимная вражда, обманы, притеснения, гонения за веру, за убеждения.

Трудно было при такой обстановке сохранить непринужденную веселость, особенно человеку, которому было уже более 50-ти лет.

И действительно, в третьей части романа мы гораздо реже встречаем тот бесшабашный смех, ту игривую шутливость, которые характеризуют две первые. Гаргантюа является в ней почтенным добродетельным патриархом, у Пантагрюэля беспрестанно вырываются изречения, показывающие грустно-спокойное настроение, не чуждое некоторой доли мистицизма.

При издании третьей книги Рабле отбросил свой старый псевдоним и подписался так: «Франсуа Рабле, доктор медицины и старшина (calloier) Гиерских островов». Книгу он посвятил Маргарите Наваррской, которая оставалась неизменной покровительницей всех гонимых за убеждения, хотя в последние годы часто впадала в мистицизм и заражалась суеверием.

Рабле обращается к ее «духу», «который, витая в небесах, своей родине, покинул ее благоустроенное (concords) тело, оставив его в апатии и бесчувствии», и призывает его «сойти с высот вечного, небесного жилища и послушать продолжение рассказа о веселых похождениях доброго Пантагрюэля». В предисловии автор объясняет, что заставило его снова взяться за перо. Он рассказывает, как коринфяне, узнав, что Филипп Македонский намерен напасть на их город, укрепляли его и деятельно готовились к обороне. Со своею обычною аккуратностью перечисляет он все работы, которые они делали, все оружие, которое они приводили в порядок. Философ Диоген смотрел на эту горячую работу и сам принялся за дело: он выкатил свою бочку на открытое место за городом и начал возиться с нею: он ее катал, поворачивал, опрокидывал, тер, встряхивал, поднимал, заколачивал и чуть не разбил на части. На вопрос одного приятеля, для чего он так мучится, философ отвечал, что среди народа, усердно занятого работой, он не хочет показаться праздным лентяем. «Так и я, — говорит Рабле, — вижу, что все во Франции трудятся, одни для защиты отечества от врагов, другие для нападения, и трудятся в таком порядке и благоустройстве, что я вместе с Гераклитом готов признать войну источником всяких благ. Меня не пустили к делу ни нападения, ни защиты, а мне стыдно быть праздным зрителем трагикомедии, которую разыгрывают наши храбрецы, и вот я решил покатать свою диогеновскую бочку, единственное оставшееся мне добро. Я откупорил ее для добрых, и только для них одних: пусть они пьют из нее сколько хотят, она никогда не иссякнет, на дне ее лежит надежда, как в ящике Пандоры, а не отчаяние, как в бочке Данаид. А вы, ругатели, лицемеры, ханжи! убирайтесь прочь, не скверните моего вина своим нечистым прикосновением!»

Рассказ начинается с того момента, на котором он остановился во второй части. Пантагрюэль, довершив завоевание Дипсодии, постарался заслужить любовь своих новых подданных, дав им новые справедливые законы и всячески заботясь об их благосостоянии. Между прочим, он переселил туда из Утопии (наследственных земель своей матери) 9 876 543 210 человек, не считая жен и детей. Все эти переселенцы были или искусные ремесленники, или люди, занимавшиеся либеральными науками, и, кроме того, от самого рождения воспитанные в чувствах преданности и уважения к своему государю; поэтому, живя среди дипсодов, они могли способствовать процветанию их страны и своим примером развивать в них верноподданнические чувства. Вскоре дипсоды так привязались к своему новому государю, что не только не мечтали восставать против него, а напротив, роптали на богов, зачем они раньше не отдали их под власть доброго Пантагрюэля.

Награждая всех своих слуг и сподвижников, Пантагрюэль не забыл и Панурга. Он дал ему огромное поместье, приносившее очень большие доходы. Панург, недолго думая, в две недели прожил все эти доходы за три года вперед и ухитрился еще наделать долгов. Пантагрюэль заплатил его долги и стал кротко доказывать своему любимцу, как неразумна и вредна подобная расточительность.

Но Панург не мог согласиться с его доводами и уверял, что, напротив, счастлив только человек, имеющий долги, что только он живет согласно законам мирового развития. «Представьте себе, — рассуждал он, — мир, в котором никто никому ничего не дает и никто ничем не одолжается. Правильный ход светил нарушится, все придет в беспорядок. Юпитер, не считая себя обязанным давать что-либо Сатурну, лишит его сферы. Сатурн соединится с Марсом, и они произведут общий переполох. Меркурий не захочет подчиняться другим; Венера лишится поклонников, так как она никому ничего не будет обещать; Луна останется кровавою и темною, так как Солнце перестанет давать ей свет. Солнце перестанет освещать Землю, а светила — проявлять на нее свое доброе влияние, так как Земля откажется питать их своими испарениями. Всякая связь и взаимодействие стихий прекратятся, так как ни одна из них не захочет ничего одолжать другой; не будет ни дождя, ни света, ни ветра, ни лета, ни осени. Среди людей пойдет такая же рознь. Никто не будет заботиться о других, никто не придет на крик о помощи, не поможет другому. Никто никому ничего не должен, ничем не обязан. Вместо веры, надежды, любви водворится среди людей недоверие, презрение, злоба. В человеческом организме явится тоже безурядица. Голова не станет одолжать рукам и ногам зрение своих глаз; ноги не захотят носить ее, руки откажутся работать, сердце — биться и проч. и проч. Наоборот, представьте себе мир, где всякий занимает и всякий одолжает. Какая гармония в движении светил, какая симпатия между стихиями! Среди людей водворится мир, любовь, верность, покой, праздники, пиршества, веселье! Золото, серебро, мелкая монета, драгоценности и всякие товары будут переходить из рук в руки.