Надо сказать, что упреки, неоднократно делавшиеся флоту, были не всегда справедливы. Всего за время борьбы под Порт-Артуром (и при Макарове, и без него) в результате действий соединений 1-й Тихоокеанской эскадры было уничтожено 19 боевых японских кораблей, в том числе 2 броненосца, 2 крейсера, 7 канонерок, 2 эскадренных миноносца, 4 миноносца, брандеры и вспомогательные суда, а повреждения получили по меньшей мере 25 кораблей противника. «Хотя неприятельские суда, начиная с „Петропавловска“, часто подвергались опасности от взрыва мин, но и потери наших судов от вражеских снарядов и прочих причин были немалые», —признавался адмирал Того.

К 13 (26) июля генерал Ноги дождался подкреплений и приказал начать наступление по всей линии. Завязались бои сначала за Зеленые горы, а потом за Волчьи, находящиеся в 7—8 км от Порт-Артура. В результате этих боев русские войска отступили на линии крепостных укреплений под музыку и при пении «Боже, Царя храни», что немало удивило японцев.

25 июля состоялся первый обстрел внутреннего бассейна крепости со стороны суши. «По случаю начала осады из нашей церкви с 10 утра начался крестный ход. Громадная толпа народа шла за церковной процессией. В 11 часов 15 минут с неприятельской стороны раздался выстрел и „первая“ граната со свистом прошипела и пронеслась как раз над головами молящихся», – вспоминал участник событий. Все последующие снаряды японцев упали в порт, один из них попал в боевую рубку флагманского «Цесаревича», погиб один матрос-радиотелеграфист, несколько человек получили ранения, среди них и сам контр-адмирал Витгефт. В тот же день Витгефту была доставлена депеша от наместника с категорическим требованием покинуть Порт-Артур под угрозой не только уголовной ответственности, но и «пятна позора, которое ляжет на Андреевский флаг, если эскадра будет затоплена в порту». Японцы же понимали, что русские суда в Порт-Артуре по окончании ремонта будут снова способны к бою. Доказательством того служил выход русской эскадры 10 (23) июня. Догадывались они и о том, что русские будут стараться уйти из ПортАртура на соединение с Владивостокским отрядом, чтобы там ждать прибытия Балтийской эскадры, или же для спасения судов уйдут в нейтральные порты. Чтобы не допустить сосредоточения на Дальнем Востоке русских сил, превосходящих японский флот, адмирал Того приказал адмиралу Камимуре усилить надзор в Корейском проливе за владивостокскими крейсерами и дал новые инструкции судам, блокирующим выход из артурской гавани. Но выход эскадры, назначенный на 6.00 утра 28 июля, все-таки состоялся. Адмирал Витгефт поднял сигнал: «Флот извещается, что Государь Император повелел идти во Владивосток». Первые выстрелы сражения прозвучали тогда, когда эскадра находилась в 40 км от Порт-Артура, вне радиуса действия своих береговых батарей. Адмирал Витгефт был убит на мостике своего флагманского броненосца «Цесаревич». Японский же флагман «Миказа» получил 20 попаданий русских снарядов только в главные части, но судьба хранила адмирала Того. Командование над русскими кораблями принял следующий по старшинству, контр-адмирал П.П. Ухтомский, но он отказался от намерения прорываться на юг и решил вернуться в Порт-Артур. В сумятице боя, который длился и после наступления темноты, «Цесаревич» отбился от основных сил эскадры и был интернирован в китайском порту Циндао (Киао-Чао), находившемся в аренде у Германии. Еще 9 русских кораблей прорвались через японские порядки, но по разным причинам до Владивостока не дошли. Интернирование части сил эскадры в нейтральных портах ослабило ее настолько, что русское командование, и до этого не проявлявшее инициативы, полностью отказалось от борьбы за установление господства на море. Отряд владивостокских крейсеров вышел навстречу Витгефту с опозданием и в Корейском проливе был также встречен японцами. Завязался бой, в результате которого был уничтожен «Рюрик». После этого крейсерский отряд вернулся во Владивосток.

29 июля утром портартурцы увидели печальную картину: русская эскадра в полном беспорядке, не соблюдая строя, тихо приближалась к Артуру. Все вернувшиеся суда около 12 часов вошли в гавань. По словам очевидца, из судов особенно сильно пострадал броненосец «Пересвет».

В середине лета 1904 года внимание русского общества было перенесено с театров военных действий на чрезвычайное событие в царской семье. 30 июля родился царевич Алексей, появления которого так долго ждали не только родители. Многим казалось, что обретение наследника положит конец неудачам и ознаменует череду военных побед. В день его рождения Николай завтракал с артиллерийским офицером, раненным при Вафангоу. Известие о появлении наследника дошло до портартурцев только 17 августа. В день рождения сына Николай отправил в действующую армию телеграмму генералу Куропаткину: «Сегодня Господь даровал Ее Величеству и мне сына Алексея. Спешу сообщить об этой милости Божией России и Нам… Да сохранится у него на всю жизнь особая духовная связь со всеми теми дорогими для Нас и для всей России от высших начальников до солдата и матроса, которые свою горячую любовь к Родине и Государю выражают самоотверженным подвигом, полным лишений, страданий и смертельной опасности». Все военнослужащие на Дальнем Востоке были объявлены крестными отцами мальчика. Манифестом, возвещавшим государству о его рождении, были дарованы некоторые свободы, и в числе прочего взяты на государственное обеспечение сироты, чьи родители погибли в войне с Японией. На следующий день появился специальный приказ по войскам в Маньчжурии: с 1 мая 1904 года каждый месяц пребывания в осажденной крепости Порт-Артур засчитывался за год военной службы. А контр-адмирал З.П. Рожественский, который мало-помалу выдвигался на роль главного соперника Того, был единственным посторонним, кому показали младенца.

…Как-то во время завтрака у императора великий князь Александр Михайлович в очередной раз высказал сомнение в целесообразности похода кораблей с Балтики к Порт-Артуру. «Общественное мнение должно быть удовлетворено, – ответил Рожественский. – Я готов на самую большую жертву». «И этот человек с психологией самоубийцы собирался командовать нашим флотом, – заметил великий князь. – Я напомнил ему, что Россия вправе ожидать от своих морских начальников чего-нибудь более существенного, чем готовности пойти ко дну»…

Очень скоро возникло подозрение, что цесаревич болен неизлечимой болезнью – гемофилией. Таким образом, знамение оборачивалось другой стороной, и этому неожиданному несчастью вторили по-прежнему неутешительные вести с Ляодунского полуострова. Пресловутое куропаткинское «терпенье, терпенье и терпенье» оказалось не просто фразой. Армия, которая должна была спешить на помощь осажденной крепости, удалялась от нее все дальше.

Ляоянские бои начались 11 августа и продолжались 10 дней. 21 августа неожиданно для всех Куропаткин отдал приказ об отступлении. «Впоследствии, – писал генерал Б.А. Геруа, – когда открылись японские карты, стало известно, что не менее велико в тот августовский день было изумление нашего противника, начавшего считать себя побежденным». После Ляояна русскому командованию стало ясно, что отныне Порт-Артур может рассчитывать только на собственные силы. 16 августа в крепость прибыл японский парламентер, а 17-го генерал Стессель отдал такой приказ по гарнизону: «Славные защитники Артура! Сегодня дерзкий враг через парламентера, майора Мооки, прислал письмо с предложением сдать крепость. Вы, разумеется, знаете, как могли ответить русские адмиралы и генералы, коим вверена часть России; предложение отвергнуто».

15 сентября в крепость из Чифу прибыли на шлюпке корреспонденты американской и французской газет и принесли известие о поражении русской армии под Ляояном. Эта победа заставила Главную квартиру в Токио торопить генерала Ноги со взятием Порт-Артура. Его захват был ценен для японцев не только сам по себе, но и лишал оперативной базы Балтийскую эскадру, которую ждали на помощь Порт-Артуру.