Однако в те далеко не спокойные для Испании времена, когда благочестию и благополучию местных христиан угрожал могущественный Кордовский халифат, базилике не суждено было долго украшать собою святыню. В 997 году халиф Альмансор, который, правда, пощадил мощи Святого Иакова, не допустив их осквернения, полностью разрушил базилику. Спустя 3 года после этого варварского уничтожения были начаты восстановительные работы, но былого великолепия и величия базилика достигла лишь 80 лет спустя усилиями местного епископа Диего Пелаза. В течение следующих столетий собор неоднократно перестраивался, а в XVIII веке его и без того внушительный фасад был перестроен архитектором Антонио Гороем в блестящем барочном стиле.
Первые пилигримы потянулись поклониться гробнице апостола Иакова еще в X веке, когда в воздухе витали эсхатологические (эсхатология — учение о конце света) настроения и конец тысячелетия виделся концом мира. В те времена христиане, как никогда искренне, стремились избавиться от грехов, отягощавших их совесть, дабы смело предстать на Страшном Суде. Однако наступил следующий век, не принеся с собой ничего сверхъестественного, кроме ставших уже привычными жестоких войн, неурожаев и распрей. Заступничество же Святого Иакова по-прежнему продолжало привлекать толпы страждущих со всей Европы, и этому в немалой степени способствовала поддержка со стороны церковных властей.
В начале XII века трудами архиепископа Диего Гелфресо (1110—1140 годы) Сантьяго-де-Компостела стал наряду с Иерусалимом и Римом одним из обязательных мест посещения христианских паломников. В это же время появился труд под названием «Historia Compostellana», в котором пересказывалась легенда о евангелической проповеди Иакова в Испании, о его мученической смерти и о прибытии останков святого на лодке в Испанию. Для облегчения путешествия благочестивых странников был создан так называемый «Путеводитель Пилигрима», в котором указывались города, через которые было удобнее добраться до места, наиболее безопасные дороги, церкви, в которых можно было помолиться о помощи в дальнейшем странствии, и монастырские гостиницы, где усталый путник мог обрести временное отдохновение. Этот «Путеводитель» был включен в так называемый «Кодекс Каллиста», приписываемый Папе Каллисту II (1119—1124 — годы его понтификата).
Одна из четырех сохранившихся версий Кодекса, и по сей день находящаяся в архивах Собора Сантьяго-де-Компостела, состоит из 5 книг. Первая включает гимны и литургические песнопения, посвященные Святому Иакову, вторая описывает чудеса, дарованные апостолом, третья — его жизнь и мученичество, четвертая содержит историю о Роланде и Карле Великом, связанную с паломничеством, а последняя, собственно, является вышеупомянутым «Путеводителем». Современные ученые считают датой его создания 30—40-е годы XII века, связывая с именем французского священнослужителя из Пуату — Эймерикуса Пико, который совершил путешествие в Сантьяго, будучи сопроводителем знатной дамы по имени Герберга.
Еще с давних времен в Сантьяго существует обычай отмечать 25 июля — день памяти Иакова Зеведеева. Когда он выпадает на воскресенье, католическая церковь отмечает Год Иакова, или Год Юбилея. В этот год христианам, посетившим с благими намерениями мощи апостола, даруется полное отпущение грехов. Традиция Очищающего Юбилея была заимствована христианскими теологами из Ветхого Завета. Исидор Севильский (испанский церковный деятель и писатель) называл Юбилей «Годом прощения грехов». Впервые полное отпущение всех грехов было предложено Церковью в 1095 году для пилигримов, отправлявшихся в Святую Землю, в случае их внезапной смерти.
В XI веке подобное прощение предлагалось и всем тем, кто пожелает принять участие в Реконкисте (отвоевание Испании у арабов), и паломникам, совершившим особенно сложные и опасные путешествия ради поклонения святым гробницам.
В те времена страстное желание испанцев отвоевать свою землю у мавров было настолько сильно, что Римский Папа даже запретил испанским христианам принимать участие в Крестовом походе на Иерусалим, мотивируя это тем, что им гораздо важнее изгнать неверных с собственной территории. Святой Иаков в этой затяжной и кровавой войне неизменно оказывал испанским войскам духовную поддержку. Его именем был назван военно-религиозный Орден, сыгравший немаловажную роль в Реконкисте. Традиционным геральдическим знаком рыцарского Ордена стал красный крест в виде клинков и двустворчатая раковина — символ Святого Иакова.
Основанный в Леоне Орден Святого Иакова Компостельского получил свой первый статут в 1171 году от кардинала Ясинто (впоследствии ставшего Папой Целестином III), в то время Папского легата в Испании. Под его знамена очень быстро собралось множество сторонников. Конечно, не последнюю роль в этом сыграло имя святого защитника Испании, хотя желающих вступить в Орден несомненно привлекал и принятый рыцарями Сантьяго устав Блаженного Августина, гораздо более мягкий, чем другие действующие в то время рыцарские ордена Калатрава и Алькантра, существовавшие в условиях соблюдения строгого бенедиктинского свода правил. Рыцари Сантьяго, например, имели исключительное право вступать в брак, хотя все остальные военно-религиозные ордена требовали от своих членов соблюдения целибата (обета безбрачия). В задачи ордена Святого Иакова Компостельского, являвшегося олицетвореним силы и милосердия, входила защита дорог, по которым шли пилигримы, а также строительство и охрана монастырских гостиниц, располагавшихся на этих дорогах.
Официальная поддержка со стороны церкви и щедрость короля позволили Ордену быстро умножить свои земельные владения, которые стали простираться далеко за пределы Испании и по площади равнялись совместным владениям орденов Калатрава и Алькантра. Первым Великим магистром Ордена был Педро Фернандес де Фуэнте Эскалада (умер в 1184 году), затем Орден возглавляли еще 39 магистров, пока в 1499 году Папа, руководствуясь политическими соображеними, не передал право на единоличное управление всеми испанскими орденами, в том числе и Сантьяго, Фердинанду Католическому.
На протяжении многих столетий Орден неизменно предоставлял пилигримам надежный приют, обеспечивая их безопасность. Но ни мусульманские разбойники, ни местные воры и бродяги не являлись для благочестивых христиан столь уж серьезной угрозой, гораздо опаснее и разрушительнее были разногласия, раздиравшие саму Церковь. В итоге налицо был упадок веры, нанесший главный удар католическому культу мощей и их благодатной силе. Реформация и Просвещение только подтвердили сомнения в незыблемости спасительной силы этой традиции. Масла в огонь подливало также и то обстоятельство, что, согласно другому варианту легенды о Святом Иакове, церковь Сен-Сатурнен, находящаяся во французском городе Тулузе, также заявляла о том, что именно в ней находятся останки апостола.
Все меньше паломников стремилось в Галисию, дабы исполнить долг благочестия. В 1884 году Папе Льву XIII пришлось издать специальную Буллу, подтверждающую подлинность «испанских» мощей Иакова. Но и после этого лишь единицы христиан, вдохновленных высокими духовными целями, решались пройти весь путь от начала до конца.
Только столетие спустя, в конце XX века, собор в Сантьяго-де-Компостела вновь привлек внимание католических паломников. По прибытии в город они предъявляют в соборе специальный документ «credencial» (паспорт пилигрима, действующий еще со времен Средневековья) с отметками, сделанными в находящихся на пути церковных пунктах, после чего получают написанный на латыни «Сертификат Компостелы». При этом путешественнику нужно дать чистосердечный ответ на вопрос церковных властей о том, с какими намерениями он отправлялся в путь, и если его помыслы не соответствуют благочестию, то тогда ему выдается совсем иной тип документа.
В 1999 году «Сертификат Компостелы» получили более 150 000 паломников. Этот год был Святым, или Юбилейным, годом Святого Иакова, наступающим с периодичностью в 6, 5, 6, 11 лет. Следующие ближайшие Юбилейные годы Святого Иакова — 2004, 2010, 2021, 2027-й.