Штаб Вооруженных Сил КОНР возглавил член Совета НТС Трухин. Главное Организационное Управление (политические, национальные, правовые, социальные, экономические и культурные вопросы) – Малышкин, а Центральный Секретариат этого Управления возглавлял эмигрант член НТС Д. А. Левицкий. Идеологический Отдел – член НТС А. Н. Зайцев. В составе Управления существовал Отдел сношений с правительственными учреждениями, возглавляемый Ю. С. Жеребковым – начальником УДРЭ во Франции.
Управление безопасности КОНР возглавлял член НТС – бывший подполковник РККА Н. В. Тензоров. Работу председателя КОНР обеспечивала Личная канцелярия, в составе которой работали эмигранты-солидаристы Д. А. Левицкий и Л. А. Рар. Таким образом, старые эмигранты принимали деятельное участие в работе КОНР. Главным редактором центрального печатного органа КОНР – газеты «Воля Народа», формально был Г. Н. Жиленков, а фактически ведущую роль играл эмигрант член НТС А. С. Казанцев. Старые и новые члены НТС, находясь в процентном меньшинстве, занимали многие ключевые посты Комитета.
Однако, возможности эмигрантов, и, в частности, солидаристов, не следует переоценивать. Казанцев вспоминает: «На следующий день после возвращения из Праги (то есть между 14 и 18 ноября – Ю. Ц.) мне позвонили в редакцию из какого-то учреждения, что отныне весь материал, печатающийся в «Воле народа», я должен присылать на цензуру,.. и что помещен может быть только тот, на котором будет стоять параф цензора… Чтобы иметь возможность выбора при составлении следующих номеров, я собрал все основные статьи, которые были приготовлены чуть ли не на две недели вперёд… Все статьи были присланы обратно, причём минимум две трети их были перечёркнуты с начала до конца красным карандашом. Параф цензора стоял только на материале, который имеется в редакции на всякий случай, если окажется вдруг в номере свободное место… Мы всей редакцией просидели до поздней ночи и постарались сделать всё, что было возможным, чтобы второй номер газеты получился уж не совсем уродливым. С грехом пополам как-то наскребли на восемь очередных страниц» {{ Казанцев А. Третья сила. История одной попытки… — С. 200.}} . Из этого видно, что немцы в очередной раз обманули Власова – о самостоятельности, независимости и равноправии КОНР речи быть не могло.
По поводу выхода первого номера «Воли Народа» фон Лампе писал Гегела-Швили 19 ноября: «Когда я прочел первые два номера новой газеты РОА, то увидел, что моё требование об обращении к белым офицерам и солдатам совершенно необходимо. В этой, с позволения сказать, печати, всё сопротивление красным начинается… с кронштадтского восстания, то есть с того времени, как наши были уже на Галлиполи… умолчание тенденциозное и… мало понятное! Его надо как-то пробить, и то обращение, которого я добиваюсь, и которое мне генерал Власов обещал, будет этим тараном! Иначе положение белых в рядах РОА всегда будет неприятным… Может статься, что успех заставит Власова забыть о данном мне слове. Хочется надеяться, что это не так…» {{ Там же, — Л. 282.}} . Недопонимание между представителями старой эмиграции и власовцами на этапе формирования КОНР во многом явилось результатом происков нацистских ведомств, что уже случалось прежде.
25 ноября 1944 года в Праге состоялось собрание станичных атаманов Объединения казаков в Германии и представителей казачества, посвященное учреждению КОНР и провозглашению Манифеста. Председательствовал генерал-лейтенант Е. И. Балабин, в числе присутствующих были: генерал-лейтенант Ф. Ф. Абрамов, представители войсковых атаманов: Донского – С. В. Маракуев, Кубанского – генерал-майор В. Н. Шелест, Терского – полковник В. Д. Белый (он же атаман Терской станицы в Праге); атаманы станиц: Донской имени атамана графа Граббе – полковник Н. В. Пухляков, Донской имени атамана графа Платова – сотник А. А. Прокудин, Младо-Болеславской – войсковой старшина И. В. Гаврилов, Кубанской в Праге – подъесаул Г. Ф. Фенев; начальник группы казаков Донского корпуса полковник М. А. Ковалев. Были оглашены письменные заявления атаманов Пильзенской станицы генерал-майора Т. А. Семерникова и Моравско-Остравской – С. Н. Попова, не имевших возможности лично прибыть в Прагу, а также протокол заседания «Пражской имени атамана графа Граббе станицы», приславшей своё постановление.
Станичные атаманы сообщили, что на заседаниях их Правлений и на общих сборах казаков принято постановление приветствовать образование КОНР и его председателя Власова. Станицы также приветствовали вступление в Комитет генералов Балабина и Абрамова, и просили их быть выразителями в КОНР желаний объединённого казачества и их представителями.
Станицы осудили сепаратистское направление в казачестве и высказались за единение со всем русским народом и за единую Россию. Уже после создания КОНР, формально независимого от немцев, сепаратистский журнал «Казачьи ведомости» писал: «Казаки поддержат русскую Освободительную армию и под руководством своих казачьих начальников будут сражаться там, где им будет указано германским Командованием» {{ Казачьи ведомости. — 1945. — № 1 (15-16), — С. 2.}} .
Ещё до открытия собрания П. Н. Краснов в категорической форме высказал требование, чтобы вступившие в Комитет Балабин и Абрамов считали себя прибывающими там только персонально, а не в качестве представителей казачества. Такое представительство, по его убеждению, раскалывает казачье движение и идёт против политики Главного Управления Казачьих Войск (учреждения подотчётного немцам). Неадекватность Краснова в оценке происходящих событий проявилась, например, в том, что после Создания КОНР и провозглашения Пражского манифеста, он яростно атаковал Власова, обвиняя его в намерении снова отдать Россию «во власть жидам» {{ Денике Ю. К истории Власовского движения // Новый журнал. — 1953. — № 35, — С. 278.}} .
Присутствовавшие на собрании атаманы не поддержали требования Краснова: «Генерал Власов обойдётся без нас – казаков; но мы без Власова не обойдёмся» {{ Протокол собрания станичных атаманов Объединения казаков в Германии и представителей казачества по поводу учреждения Комитета Освобождения Народов России (КОНР) и провозглашения Пражского Манифеста от 25 ноября 1944, Прага. — ГАРФ. — Ф. 5761, Оп. 1, Д. 14, Л. 352-355.}} . Соответствующая резолюция была принята единогласно. По предложению секретаря собрания Маракуева было решено представить Власову протокол собрания, сопроводив его объяснительной запиской о казачестве, как неотъемлемой части русского народа.
Участник казачьего антисоветского движения А. К. Ленивов в своей книге приводит высказывание «казачьего обозревателя», явно сочувствующего идеям казачьего сепаратизма: «… Генерал П. Н. Краснов и генерал Т. И. Доманов вели независимую казачью политику и не входили в подчинение генералу А. А. Власову. Власов не скрывал своего взгляда на будущее казачества, которое считал отжившим меньшинством в своих Родных Краях, которое должно будет подчиниться в будущем большинству из находящихся там переселенцев. Несмотря на это нашлись люди из среды Зарубежного казачества, считающие для себя возможным сотрудничать с Власовым: генерал И. А. Поляков, генерал Е. И. Балабин, генерал Полозов и Атаман Донского Войска по приказу графа Граббе – генерал Татаркин. Под конец войны, 22 марта 1945 года к этой группе присоединился, перейдя от самостийников к Власову, генерал В. Г. Науменко» {{ Цит. по: Ленивов А.К. Под казачьем знаменем в 1943-45 гг. // Кубанец. – 1992. — № 3, — С. 55.}} .
30 ноября 1944 года Балабин сообщил в своём личном письме начальнику Штаба Вооружённых Сил КОНР Трухину, что «подсоветские» казаки, на которых опирается Краснов, также безоговорочно идут за Власовым, «…и фантазию о каком-то «Среднеевропейском» казачестве отметают с негодованием» {{ ГАРФ. — Ф. 5761, Оп. 1, Д. 14, Л. 356.}} . Здесь под «Среднеевропейским» казачеством подразумевалась идея Розенберга о создании «временной казачьей территории» в Северной Италии под эгидой Рейха. Эту идею активно поддерживал Краснов, но наиболее последовательные сторонники «Единой и Неделимой России» рассматривали ее как новую разновидность идеологии казачьего сепаратизма.