Когда скончался преподобный Никон, над гробом его была возведена церковь, которая находится у самого входа в Троицкий собор — у правой стороны его. Строители возвели не отдельно стоящее мемориальное здание, а прислонили его к мощной стене Троицкого собора, объединив два здания и увековечив в камне духовную связь основателя монастыря и его ученика и преемника. Мощи преподобного Никона почивают под спудом в юго-западном углу придела. Позолоченная рака преподобного Никона была устроена преосвященным Платоном — митрополитом Московским. Рака была покрыта басменным серебром, а перед ней на стенах стояли разные древние иконы. Но иконостас Никоновского придела и рака преподобного Никона до настоящего времени не сохранились. Заново они были сделаны в 1950-х годах под руководством профессора Ф.Н. Мишукова.

В Троицком соборе, ближе к Никоновской церкви, покоятся останки представителей рода Воротынских, к северу — представители рода Глинских и Голицыных. Среди последних — родоначальник рода Михаил Иванович Булгаков-Голица. Взятый в плен в битве под Оршей, он 38 лет томился в литовском плену и на родину вернулся только в 1552 году. Оставшуюся жизнь он посвятил Богу, приняв в обители схиму с именем Ионы. Под западным притвором собора упокоились представители родов Одоевских и Трубецких…

К южной стороне Троицкого собора пристроен каменный притвор с широкими окнами и лепным карнизом, устроенный в 1559 году над гробом новгородского епископа Серапиона, бывшего в 1495–1506 годах игуменом монастыря. Часто этот притвор называют Серапионовой палаткой, а устроен он по преданию на месте бывшей кельи преподобного Сергия, в которой он удостоился посещения Богоматери с двумя апостолами. Здесь, на южной стороне, взорам верующих предстает икона этого благодатного видения, которая украшена серебряной позолоченной ризой, золотым венцом и короной из драгоценных камней. Близ этого образа в особых ковчегах хранятся десная (правая) рука Святого первомученика архидиакона Стефана и камень от Гроба Господня.

Вне палатки, с южной стороны, находятся захоронения келаря Авраамия Суханова и Святого Дионисия, архимандрита Троице-Сергиевого монастыря и славного сподвижника келаря, вместе действовавших по спасению Отечества от нашествия поляков.

В 1618 году, во время нападения на монастырь польских войск под командованием полковника Владислава Чаплинского, келарь Авраамий приказал сжечь все находящиеся вокруг нее строения, чем принудил поляков отступить. Один только Троице-Сергиев монастырь устоял в то смутное время, ибо каждый его инок был воином, и ни один из них не запятнал изменой славы обители.

После занятия Москвы поляками архимандрит Дионисий послал из монастыря всю находившуюся в нем церковную утварь и сокровища казакам, которые не хотели идти сражаться. И умолял, чтобы они не расходились до окончания дела. Казаки, увидев все это, умилились и не взяли ничего, а потом успокоились и пришли в послушание своим начальникам.

Где еще можно найти другого Дионисия, другого Авраамия и подобную братию? Сам патриарх Иерусалимский Феофан, посланный вселенскими патриархами для поддержания на Руси православия, приходил в эту обитель подивиться на них…

При царе Иване Грозном, по образцу кремлевского Успенского собора, начал строиться Успенский собор Троице-Сергиевого монастыря, а окончен он был его сыном — царем Федором Иоанновичем. Внутри собора устроены три придела — во имя святого великомученика Федора Стратилата, во имя святой мученицы Ирины и во имя Святого Николая чудотворца. В юго-западном углу собора покоятся датская королева Марфа Владимировна (дочь Старицкого князя Владимира Андреевича) и дочь ее — королева Евдокия, в западной стороне — архиепископ Рязанский Моисей (скончался в 1651 г.), архиепископ Московский Августин (скончался в 1819 г.) и митрополиты московские Макарий и Леонтий.

Неподалеку от Успенского собора, против северо-западного угла его, покоятся бренные останки царя Бориса Годунова, его кроткой супруги Марии, невинного сына — царя Федора и дочери Ксении (в иночестве Ольги).

5 апреля 1605 года Борис Годунов, встав от обеда, поднялся на высокий дворцовый терем, с которого часто обозревал Москву. Но вдруг поспешно сошел оттуда и стал жаловаться на колотье и тошноту. Приближенные бросились за врачами и духовенством, а между тем царю становилось все хуже: из носа и ушей у него пошла кровь, он начал терять сознание… Едва успели причастить Бориса Годунова Святых Тайн и наскоро совершить пострижение в схиму с именем Боголепа, как он испустил дух, оставив семью и престол в роковые минуты.

На следующий день Бориса Годунова погребли в Архангельском соборе Кремля — усыпальнице московских государей, однако злоба людская преследовала царя и за гробом. Не признавая при жизни его прав на престол, бояре и мертвому не хотели дать ему места среди погребений властителей Московского государства. Через шесть недель, когда сын его Феодор был свергнут с престола и убит вместе с матерью, из Архангельского собора вынесли гроб с останками Бориса Годунова и зарыли с телами жены и сына на «убогом доме» Варсонофьевского монастыря. Но и здесь их прах не нашел вечного упокоения. Воцарившийся царь Василий Шуйский в сентябре 1606 года приказал перевезти останки Годуновых в Троице-Сергиев монастырь и похоронить на паперти против северо-западного угла Успенского собора. В 1781 году паперть собора была уничтожена, а над гробницами Бориса Годунова, его супруги, их сына Федора и дочери Ксении был устроен низкий каменный шатер.

Церковь во имя Сошествия Святого Духа в присутствии кроткой и добродетельной супруги Анастасии была заложена собственными руками Ивана Грозного после завоевания им большей части Ливонии. При этой церкви, в особой палатке, покоится прах невинного страдальца, инока Максима Грека — мужа незабвенного в российской церковной истории.

Церковь над мощами преподобного Михея построена в память явления Пресвятой Богородицы со святыми апостолами Петром и Иоанном Богословом преподобному Сергию. Этого видения удостоился и преподобный Михей — ученик преподобного Сергия Радонежского. Храм был сооружен по повелению императрицы Анны Иоанновны в 1734 году. В 1781 году он был заново украшен старанием митрополита Московского Платона.

В 1744 году Троице-Сергиев монастырь приобрел статус лавры (от греч. laura). Так назывались лишь некоторые мужские православные монастыри. В России они подчинялись непосредственно патриарху, с 1721 года — Синоду. (На территории Российской империи имелись еще Киево-Печерская, Александро-Невская, Почаевско-Успенская лавры.)

На открытом пространстве Троице-Сергиевой лавры, между Троицким собором и колокольней, стоит обелиск высотой около 10 метров, сооруженный из дикого камня. На верху обелиска, украшенного мрамором, — позолоченный шар, на поверхности которого устроены солнечные часы. На четырех сторонах постамента вделаны белые мраморные доски, на которых вырезаны краткие описания заслуг Отечеству, которыми в разное время прославилась Троице-Сергиева лавра.