Он показал вид, что всегда остается господином своего слова, созвал советы, организовал нечто вроде плебисцита, по вопросу о том, какому из государей, королю ли Польши или султану, крымскому ли хану или царю отдадут казаки предпочтение, и прочитал даже «народу» проект предполагаемого договора с Москвою для защиты их общих свобод. Но посланные Алексея уже успели заручиться присягами самодержавному царю, который, как говорили они, не похож на польского короля в обращении со своими подданными. Самуил Богданов и переяславский полковник Тетеря отправились в Москву, и должны были в марте 1654 года удовольствоваться жалованною грамотою, показавшейся при данных обстоятельствах впрочем очень щедрой. Оригинал этого документа, кажется, потерян, но протокол прений предшествовавших редакции и последующая хартия, которая в 1659 году воспроизводила по-видимому ее сущность, дают нам достаточно полное о ней представление. Прежде чем будет покончено с поляками, Алексей считал нужным сохранить хорошие отношения с казаками; он им представил, по крайней мере на бумаге, подтверждение их старых прав и свобод, понимая под ними юридическую автономию, свободное избрание гетмана после смерти Хмельницкого и годовое жалованье в 1 800 000 флоринов зарегистрированным, число которых он соглашался довести до 60 000.
Это было много, сравнительно с тем, что было дано в последний раз Польшею побежденным при Берестечке. Но этого было мало для «великого князя России», который, хотя и получал вместе с содержанием значительное количество земли в окрестностях Гадяча, но увидел, что ему воспрещены всякие непосредственные сношения с иностранными державами. И здесь опять-таки ничего не было даровано массе новых подданных царя, которые должны были просто подчиниться общему праву, т. е. крестьян, обложенных теми же повинностями, которые тяготели над их собратьями в Москве. С этой стороны новый порядок вещей угрожал возбудить живые протесты, и Хмельницкий старался не дать событию какой-либо огласки.
У него для этого была еще и другая причина. Украинский клир казалось, не был лучше удовлетворен. Подчинение Москве значило также подчинение московскому патриархату, подчинение, гораздо более действительное, чем то, которое связывало украинскую церковь с восточными епархиями. Церковь сильно этому сопротивлялась и стала опасаться, только с другой точки зрения, такого переворота в ее вековых привычках. Четыре века якобы независимого существования, но близкого к очагу латинской цивилизации создали в ее недрах совокупность особых идей и преданий. Самый ее ритуал отражал в себе западное влияние, и Петр Могила поднял ее воспитательные учреждения, религиозные и научные, на такую высоту, что подчинение дикой Москве казалось для этого общества актом падения.
Могила уже умер; но его преемник в киевской митрополии, Сильверст Коссов, стремился идти по его стопам. Дворянин из польского палатината в Витебске, ученик польских школ и выдающийся польский писатель, он уживался со всемогущим Хмельницким, в то время как последний, казалось, был предназначен для предоставления Украйне свободного режима под польским протекторатом. Сделаться вместе с ним подданным царя ему улыбалось гораздо менее, и он не скрыл этого. Когда Бутурлин со спутниками прибыл в Киев, он, казалось, решил вначале отказаться вместе со своею паствою от присяги, которую у них требовали; он истощил все средства, чтобы избежать ее, и покорившись, но не примирившись, удалился в свое епископское помещение, выискивая поводов для ссоры с московскими воеводами, которые следовали за посланными и хотели выстроить крепость по соседству с церковью св. Софии.
Но помимо иллюзий, которые представляла казакам жалованная грамота, реальность нового режима выразилась в появлении в Украйне целой массы воевод и чиновников, с приличной свитой и стремящихся захватить в свои руки всю страну по-московски, по-военному, бюрократически, деспотически. Польша никогда и не подумала бы действовать таким путем; поступая таким образом, путем некоторых формальных уступок и кое на каких относительных компромиссов, московское государство должно было впоследствии справиться со всяким сопротивлением.
Сам Хмельницкий старался еще спасти внешние приличия, не оставляя своей переписки с ханом и султаном, называя в ней лживыми те сведения, по которым он является подданным царя, отклоняя упорно честь быть представленным новому государю и обращаясь часто с его представителями так, как он привык обращаться с представителями польского короля. Все эти выходки были довольно безобидны, и Алексей не показывал, что он оскорбляется ими. Так как исход предприятия зависел от поединка с Польшею, то ему было необходимо во что бы то ни стало сохранить за собою для этой решительной борьбы казаков. Как он однако и предвидел, Польша в тот момент, когда он решился наконец бросить ей перчатку, была почти не в состоянии выступить в бой.
В ноябре 1653 года царь официально сообщил о своих намерениях различным европейским дворам, с которыми он поддерживал более или менее постоянные сношения. Его жалобы против западных соседей были, как мы это знаем, не особенно серьезны. Так, в послании, отправленном со специальным курьером в Сен-Жермен, он жаловался, что поляки называли его отца Михаилом Филаретовичем, вместо того чтобы называть его Михаилом Михайловичем! Ответ заставил себя долго ждать. Известны связи, соединявшие в это время Польшу с Францией. Выйдя вторично замуж за Яна Казимира, вдова Владислава IV, Мария Гонзаго, сделала их еще более интимными. Мазарини между тем совсем не думал принять активного участия в объявленном конфликте и, после года молчания, уже в ноябре 1654 года, он разразился упреками, порицая по мотивам религиозным спор, возникший между двумя христианскими державами, и предложил им свое посредничество.
Бранденбургский курфюрст имел более настоятельные мотивы высказаться. Следя со страстным интересом за событиями в Украйне, он даже не отказался целиком от своих обязанностей вассала, и предложил различным германским принцам помочь его сюзерену. Но сам он не спешил подать им пример. Теперь он только удовольствовался декларацией о нейтралитете, но предложил себя в то же время посредником. На деле Польша осталась изолированной. Но владение Украйной не было, по-видимому, единственным козырем в начатой партии. Алексей был намерен довести борьбу до конца, и его усилия были направлены сначала на Литву, это оспариваемое наследие Гедемина и Витовта.
В феврале 1654 года в Вязьме была собрана многочисленная артиллерия; в мае туда прислали образ Грузинской Божией Матери с Афонской горы; на нее особенно рассчитывал благочестивый государь, и тотчас же после этого царь выступил в поход. С польской стороны вся граница почти была лишена защиты. Украйна все поглотила. Дорогобуж сдался без битвы. Невель и Белая едва сопротивлялись, и 23 сентября, после тяжелой осады, капитулировал в свою очередь Смоленск, а польский гарнизон, насчитывавший в своих рядах не более нескольких сот человек, сложил свои знамена к ногам победителя, как это сделала в 1634 году в том же месте побежденная армия Шеина.
В этот момент явился на помощь полякам союзник, на которого они никак не могли рассчитывать. В июле еще, по совету Никона, царица оставила столицу, убегая от приближавшейся чумы. Патриарх вскоре последовал за нею и искал убежища вместе с нею в Калязинском монастыре.
Для предохранения от чумы царя с его войсками были устроены сильные карантины по дорогам, ведущим к Смоленску. В Москве забивали наглухо ворота и окна Кремля; в домах, где уже появилась зараза, запирали их обитателей и повсюду жгли колдуний, подозревая их в том, что они «накликали смерть», тем более что несчастные признавались в своей вине. То были единственные известные в то время средства обеззараживания. Но их действие обнаружилось не раньше зимы, когда обычно распространение эпидемии останавливалось. Разрушение, произведенное чумою, было действительно ужасно в тех местах, где она свирепствовала. По собранным сведениям смертность от чумы колеблется между 85 % и 97 %.