Джон Чамплин Гарднер родился в семье проповедника и учительницы английского языка. С детства он проявлял интерес к литературе и музыке. В 1951 году Гарднер поступил в частный университет Депо, в программе которого большое внимание уделялось искусству и музыке. Начав обучение как студент-химик, он вскоре переключился на изучение литературы. В 1953 году, женившись, он перешёл из университета Депо в университет Вашингтона в Сент-Луисе, который закончил два года спустя. В 1956 году он получил степень магистра искусств, а в 1958 году — третью степень в Университете Айовы. После этого он преподавал средневековую литературу и основы литературного творчества в ряде колледжей. В 1961 году он опубликовал в соавторстве учебник «Формы художественной литературы» (англ. Forms of Fiction). В 60-е годы он опубликовал также ряд литературоведческих статей.

В дальнейшем Гарднер продолжал публиковать литературоведческие монографии.

В 1974 году вышла его работа, посвящённая Уэйкфилдскому циклу мистерий (англ. The Construction of the Wakefield Cycle), а в 1977 году — о поэзии Чосера (англ. The Poetry of Chaucer). Особый интерес Гарднера вызывал эпос «Беовульф», по которому он провёл ряд семинаров в разных университетах.

В середине 1970-х годов у Гарднера был диагностирован рак прямой кишки. К началу 80-х годов он с трудом мог продолжать работу. Несмотря на это, в 1980 году он вторично женился, на коллеге из университета штата Нью-Йорк Лиз Розенберг. Пара перебралась в Саскуэханну, Пенсильвания, где они продолжали работу в филиале университета. В 1982 году они расстались из-за романа между Джоном и писательницей Сьюзен Шрив. Однако за две недели до намеченной свадьбы со Шрив Гарднер погиб в автокатастрофе.

После смерти Гарднера были изданы два написанных им пособия для начинающих писателей: «Искусство литературы» (англ. The Art of Fiction) и «Как стать романистом» (англ. On Becoming a Novelist).