В возрасте 18 лет переезжает в Париж. В 1960 году его призывают на военную службу и отправляют в Алжир, где продолжается война за независимость. Весной 1962 года Гийота был арестован французскими спецслужбами: ему предъявили обвинения в подрыве моральных и нравственных устоев армии, а также попытке дезертирства. Три месяца он проводит в камере подземной тюрьмы, а потом отбывает наказание в дисциплинарных частях. Вернувшись в Париж, Гийота некоторое время работает обозревателем влиятельного парижского журнала "Нувель Обсерватер".

В 1965 году в издательстве "Сей" публикуется его первый роман "Ашби", получивший премию Французской Академии.

В 1967 году в "Галлимаре" выходит роман "Могила для 500000 солдат", посвященный алжирской войне и вызвавший бурные дискуссии во французском обществе. Критики сравнивают молодого писателя с Садом и Жене...

Вышедший в 1970 году роман "Эдем, Эдем, Эдем" становится одним из самых громких скандалов во французской литературе второй половины двадцатого века. Через месяц после появления романа указом Министерства внутренних дел на книгу накладывается тройной запрет: на распространение, рекламу, продажу несовершеннолетним. Против запрета "Эдема" выступают французские интеллектуалы Жак Деррида, Филипп Соллерс, Натали Саррот, Клод Мориак, Мишель Фуко, Маргерит Дюрас, Симона де Бову-ар, Ж-.П Сартр, Ролан Барт, Пьер Булез... Роман номинируется на литературную премию "Медичи", но остается без награды. В знак протеста будущий нобелевский лауреат Клод Симон выходит из состава жюри. В 1972 году Гийота публикует эссе "Запрещенная литература", где дает свою трактовку причин запрещения "Эдема". Окончательно все запреты на "Эдем" были сняты только в 1981 году.

В 1973 создается сценический набросок "Прыжок вперед".

В опубликованном в 1975 году романе "Проституция" (русский перевод - 2002) Гийота совершает окончательный переход "от письма к языку", то есть фонетическому транскрибированию слов, продиктованному стремлением максимально сохранить ритм и интонации авторской речи на бумаге.

С 1979 по 1981 год Гийота работает над "Историей Саморы Машель", полный текст которой объемом в полторы тысячи страниц так и не был опубликован.

В 1981 году режиссер Антуан Витес на сцене театра Шайо осуществляет постановку по мотивам романа "Могила для 500000 солдат".

В декабре 1981 года Гийота переживаеттяжелейший душевный кризис, в результате которого после нескольких месяцев изнурительного голодания и "борьбы с деградацией собственного тела" впадает в состояние комы. Врачи с трудом спасают ему жизнь. Этот период своей жизни он впоследствии описывает в эссе "Жить" (1984).

В 1987 году создается пьеса "Бивуак".

В1988 году писатель вместе с художником Сэмом Фрэнсисом работает в Лос-Анджелесе над книгой "Wanted Female".

В 1992 году в Институте Современной литературы в Париже создается фонд Пьера Гийота.

Из наиболее значительных произведений последнего десятилетия следует отметить многотомное сочинение "Потомства" (два тома уже вышли в издательстве "Галлимар"), работа над которым еще не закончена.

В 2000 году в издательстве Лео Шера выходят "Объяснения": книга бесед Пьера Гийота с писательницей и журналисткой Марианной Альфан, в 2001 году - сборник текстов о музыке, в который вошли передачи Гийота, сделанные им для радио "Франс-Культур".