Джон Коннолли родился в семье государственного служащего и учительницы.

В разные периоды своей жизни Коннелли работал: журналистом, барменом, чиновником местного органа управления, официантом и работником в универмаге «Harrods» в Лондоне. Он изучал английскую литературу в «Trinity College» в Дублине и журналистику в «Dublin City University», впоследствии Коннелли проработал пять лет внештатным журналистом в газете «The Irish Times», в которую до сих пор продолжает вносить свой вклад.

Его дебютный роман «Все мертвые обретут покой» был опубликован в 1999 году и знакомил с Чарли Паркером, отставным полицейским, охотящимся за убийцей его жены и дочери. Роман получил премию «Shamus Award» в номинации «Best First P.I. Novel» в 2000 году, а кроме того, был номинирован на премии — «Bram Stoker Award» в номинации «First Novel» в 1999 году и «Barry Award» в номинации «Best British Crime Novel» в 2000 году.

Следующий роман о Чарли Паркере — «Темная Лощина» — вышел в 2000 году. Он был номинирован на премию «Barry Award» в номинации «Best British Crime Novel» в 2001 году. Третий роман — «Порода убийц» — был издан в 2001 году и снова получил номинацию «Best British Crime Novel» на премию «Barry Award». А вот следующему роману из цикла о Чарли Паркере —«Белая дорога», который был издан в 2002 году — наконец удалось победить в номинации «Best British Crime Novel» премии «Barry Award».

В 2003 году у Джона Коннолли был издан отдельный роман в жанре темного фэнтези — «Плохие люди». В 2004 году выходит сборник рассказов «Nocturnes», рассказ из этого сборника — «Miss Froom, Vampire» был номинирован на премию «CWA Short Story Dagger Award» в 2005 году. Кроме того, 2005 год ознаменовался публикацией пятого романа из цикла о Чарли Паркере — «Черный Ангел».

Следующий роман автора — «The Book of Lost Things» — это история о сказках и о той власти, которой обладают книги над нашим миром и нашим воображением, был опубликован в сентябре 2006 года и номинировался на премию «Irish Novel of the Year» в 2007 году. За ним снова последовали романы о Паркере — «Unquiet» (2007) и «The Reapers» (2008).

На Западе готовятся несколько экранизаций работ Коннолли. Так в начале 2008 года начались съемки фильма по рассказу «The New Daughter» из сборника «Nocturnes». В главных ролях Кевин Костнер и Ивана Бакеро («Лабиринт Фавна»). «The Book of Lost Things» собирается экранизировать ирландский режиссер Джон Мур («Омен», «Полет Феникса»). «Sanctuary» — на основе романа «Плохие люди», а также «Some Children Wander By Mistake» — по мотивам одного из рассказов сборника «Nocturnes».

В настоящее время Джон Коннолли живет в Дублине, но по долгу службы ему часто приходиться бывать в США.