А. В. Якубенко родился в Петрограде в семье младшего офицера Семёновского полка. Мать происходила из семьи провинциальных артистов.

Во время Гражданской войны вместе с матерью следовал за отрядами Красной Армии, в которых воевал отец. После окончания войны семья вернулась в Ленинград.

Из последних классов школы ушёл в фабрично-заводское училище, затем с отличием сдал экзамены в Военно-медицинскую академию. В 1939 году участвовал в советско-финской войне, был ранен. Затем закончил академию и остался в аспирантуре на кафедре патологической физиологии.

Во время Великой Отечественной войны был начальником отдельной роты медицинского усиления (ОРМУ). Был участником штурма Кёнигсберга. Закончил войну в звании майора.

После войны вернулся в Ленинград. Занимался научной и преподавательская работой, защитил диссертацию на тему «Особенности течения травматического шока при общем радиационном поражении», участвовал в испытаниях второй советской атомной бомбы на семипалатинском полигоне. После ухода в отставку занимался исследовательской работой в Институте охраны труда и Институте акушерства и гинекологии РАН.

Последние годы жизни был активным членом общества «Примирение над солдатскими могилами», объединившего бывших солдат Советской армии и Вермахта.