События Крымской войны 1853—1856 гг. застают Н. Кукольника в Новочеркасске, куда он был прикомандирован к штабу Войска Донского (атаман М. Хомутов), Н. Кукольник занимается снабжением действующей армии и его усилия на этом посту заслуживают высокой оценки. В 1857 году он выходит в отставку в чине действительного статского советника и поселяется в Таганроге. Последние десять лет прожил в Таганроге. Здесь он продолжает литературную деятельность. Однако основу в этот период составляет общественная деятельность. Вопреки установившемуся мнению, Н. Кукольник не был гласным городской Думы, но выполнял отдельные поручения Таганрогского городского общества. Часть работ выполнена им по собственной инициативе на общественных началах. Результаты этих работ, в том числе и отрицательные, серьёзно сказались на судьбе Таганрога как городского центра образования на юге России.

 

Вот только краткий перечень всех этих общегородских начинаний. Н. Кукольник первый поставил и обосновал необходимость университетского образования на Дону и в Приазовье. Его предложение открыть университет в Таганроге хотя и не привело к успеху, но послужило одним из оснований открытия в 1865 году Новороссийского университета. Н. Кукольник обосновал необходимость городской газеты в Таганроге, что послужило в конце концов одной из причин открытия газет не только в Таганроге, но и в Одессе и Ростове-на-Дону. Начиная с 1865 года Н. Кукольник возглавлял рабочую группу по обоснованию и выбору трассы железной дороги от Харькова к Таганрогу. Работа эта увенчалась успехом, и в 1868 году Александр II утвердил соответствующие договоры на строительство. Неоднократно Н. Кукольником ставится перед правительством вопрос о необходимости надлежащих мер по экологической защите Таганрогского залива Азовского моря. Н. Кукольник поднимает вопрос об изменении административно территориального устройства Приазовского края путём создания Петровской (Таганрогской) губернии. Здесь он встречает сильное противодействие со стороны руководства Области Войска Донского, что в конечном итоге и привело к негативному результату. Н. Кукольник способствовал открытию в ходе судебной реформы в Таганроге Окружного суда, что произошло уже после его смерти в 1869 году. Эти и подобные общественные начинания Н. Кукольника вызывали массу недовольства у провинциальной знати, которую он высмеял в своей последней драме «Гоф-юнкер», запрещённой фактически по указанию Александра II.

 

Умер Н. Кукольник внезапно, в декабре 1868 года, собираясь в театр. Был похоронен в Таганроге в своём имении близ рощи Дубки.

 

В 1931 году прах Нестора Кукольника и его жены был осквернён. Грабители, ища драгоценности, вскрыли могилы и выбросили останки, которые потом ещё долго валялись в траве. В 1966 году Таганрогским горисполкомом был подписан указ об отводе земельного участка заводу Красный Котельщик за счёт территории рощи Дубки для размещения производственных площадей. Указ привели в исполнение спустя два года. Бульдозерами был уничтожен дом Кукольника, а останки великого писателя перемешаны с грязью и вывезены на свалку вместе со строительным мусором. На сегодняшний день прах поэта безвозвратно утерян.