Родилась в Уэльсе, где посещала местную католическую школу. После окончания школы поступила в университет города Кантебери (University in Canterbury), получила степень бакалавра в области английской литературы. В университете Ланкастера (University of Lancaster) защитила магистерскую работу по теме «Историческая проза ЛГБТ». Эта работа легла в основу докторской диссертации, которую Сара Уотерс защитила в Квин Мэри Университете в Лондоне (Queen Mary, University of London).

Изучение ЛГБТ-беллетристики вдохновило ее на написание романа «Tipping The Velvet», главной героиней которого была девушка-лесбиянка, живущая в суровую Викторианскую эпоху. За эту книгу она была удостоена литературной премии Stonewall Book Award, которую вручает ведущая ЛГБТ-организация Британии Stonewall. Ее перу принадлежит также роман «Affinity» (1999), получивший Stonewall Book Award и Премию Сомерсета Моэма, а также «Fingersmith» («Тонкая работа») (2002). «Тонкая работа» также вошла в шорт-лист литературной премии «Оранж». Произведение «The Night Watch» Уотерс, было представлено в шорт-лист Букеровкой премии и в лонг-лист литературной премии «Оранж». За свой роман «The Night Watch» Сара Уотерс получила литературную премию Stonewall.