Под влиянием соседей-итальянцев он стал католиком и некоторое время провёл в монастыре. После получения степени бакалавра Эспозито работал в области управленческого консалтинга и учителем в средней школе. Затем получил степень магистра теологии в Университете святого Иоанна. В 1974 году получил степень доктора философии по исламоведению в Темпльском университете и прошёл повышение квалификации в Гарвардском и Оксфордском университетах.

После получения докторской степени, Джон Эспозито преподавал религиоведение (включавшее курсы по буддизму, индуизму и исламу)в иезуитском Колледже Святого Креста. Здесь он занимал должность Лойолского профессора медиевистики, заведовал кафедрой религиоведения и был директором колледжского Центра международных исследований. В Джоржтаунском университет Эспозито является профессором религии и международных отношений и профессором исламоведения. Также он работает старшим научным сотрудником в Центре мусульманских исследований Института Гэллапа, где в 2008 году выпустил в соавторстве монографию «Кто говорит за ислам? Что миллион мусульман думают на самом деле».

В 1984 году вышла монография «Ислам и политика», а в 1988 году — «Ислам: прямой путь». Обе книги имели большой успех и неоднократно переиздавались.

В 1988 году Эспозито был избран президентом Североамериканской ассоциации Ближневосточных исследований. Также его избирали президентом Американского совета по изучению исламских обществ. В 1999—2004 годах Эспозито занимал должность заместителя председателя Совета директоров Центра изучения ислама и демократии. Также являлся членом Совета 100 лидеров Всемирного экономического форума и Группы высшего уровня Альянса цивилизации ООН.

Эспозито выступил в качестве эксперта в документальном фильме-лауреате канала PBS Мухаммед: наследие пророка выпущенном фондом «Единые производства» .