Св. Кирилл начинает деятельную переписку. Он обращается к самому Несторию в весьма почтительных письмах, на которые Несторий отвечает с пренебрежением и полупрезрительно. Он обращается к императору, к царицам, т. е. к супруге и сестре императора (в это время уже правил новый император Феодосий II), обращается также в Рим. Кроме своего собственного анализа богословия Нестория, он отправляет в Рим текст проповедей Нестория, чтобы и там могли вынести объективное суждение. Со своей стороны, Несторий тоже вступает в переписку с Римом по этому вопросу и также отправляет туда свои проповеди.

Римский папа св. Келестин, или Целестин решительно встает на сторону св. Кирилла. Творения св. Кирилла, направленные против богословия Нестория, получают распространение, и, со своей стороны, тоже вызывают весьма неоднозначную реакцию, и не только потому, что богословское видение св. Кирилла решительно отличалось от позиций Нестория. Дело еще в том, что св. Кирилл в своих творениях пользовался некоторыми богословскими сочинениями IV в., которые имели еретическое происхождение, и это нуждается в более подробном изъяснении.

В IV в. жил еретик Аполлинарий Лаодикийский, который сформулировал неправильное христологическое учение. Он исходил из антропологического представления о трехчастной человеческой природе, состоящей из духа, души и тела. По учению Аполлинария, во Христе отсутствовало, свойственное человеческой природе, высшее духовное начало. Христос не имел человеческого духа, или, по другой терминологии, человеческой разумной души, ибо вместо нее была ипостась Слова Божия. Таким образом, выходило, что Аполлинарий отрицал полноту человечества во Христе. Учение Аполлинария было осуждено еще в IV в., и его сторонники постарались обеспечить ему будущее следующим обманный способом: они пустили в обращение богословские сочинения Аполлинария, надписав их самыми чтимыми именами отцов Церкви, например, св. Афанасия Великого. Св. Кирилл, имея в руках эти аполлинарианские подлоги, был твердо уверен, что они принадлежат тем, чьими именами они надписаны. Пользование этими сочинениями приводило к тому, что терминология св. Кирилла была непоследовательной, и он вполне мог на терминологическом уровне противоречить сам себе. Это происходило еще и потому, что святитель, имея совершенно правильное богословское видение, считал себя обязанным пользоваться формулами еретического происхождения. Самая знаменитая из них имела очень печальное значение в последующей церковной истории, это формула: «единая природа Бога Слова воплощенная». Противники св. Кирилла совершенно верно усмотрели, что он пользуется аполлинарианскими сочинениями. Не желая вникать в его собственное богословие, они объявили его приверженцем ереси Аполлинария.

Против св. Кирилла, таким образом, восстали не только те, кто был полностью и до конца солидарен с Несторием, таких было довольно мало. Против него восстали и некоторые совершенно православно мыслящие люди. И вот в такой чрезвычайно трудной обстановке пришли к решению созвать Вселенский собор. Вселенский собор мог быть созван только императором. Обычно императоры если не фактически, то, во всяком случае, формально руководили соборами. Соборы заседали в императорских резиденциях, как в Никее, например, в Константинополе, где произошло три из семи Вселенских соборов, или в Халкидоне который тоже был императорской резиденцией. Здесь же император решил назначить местом заседания, так сказать, нейтральную почву, и ею стал город Эфес в западной части Малой Азии, который находится как бы в полпути от Константинополя до Александрии. По этой причине в организации собора были существенные изъяны. На собор его участники прибывали с большим опозданием. Св. Кирилл со своими епископами прибыл раньше других. Он заручился полной поддержкой местного епископа Мемнона. Кроме епископа, св. Кирилл привез с собой много монахов, а также низших служителей Церкви. И эти совершено простые неученые люди буквально терроризировали весь город: они ходили по улицам криками «Смерть несторианам!». Проходил срок, назначенный в императорском указе как время начала соборных заседаний, но не было еще антиохийских епископов, составлявших главную опору Нестория, не было и римских представителей. Подождав неделю-две, — тогда были другие средства передвижения, и это вполне понятно, — св. Кирилл решил открыть собор. Императорский чиновник, командированный императором для участия в соборе, решительно воспротивился этому. Однако, невзирая на протесты, св. Кирилл открыл заседание. Несторию неоднократно было предложено явиться на собор, чего он не сделал. Собор осудил его. Через некоторое время прибыли сирийские, или как их называли, восточные, епископы во главе с архиепископом Иоанном Антиохийским. Их было гораздо меньше, чем участников уже открывшихся заседаний Собора, но они и не пожелали присоединиться к его работе. Вместе с Несторием и с представителем императора новоприбывшие устроили свой собственный собор, так называемый, «соборик». Через некоторое время прибыли и представители римского папы, подтвердившие то осуждение Нестория, которое было изречено на Соборе под председательством св. Кирилла Александрийского. Это все происходило летом 431 г., после Пятидесятницы (как раз на Пятидесятницу и должен был открыться Собор). Возникла неразрешимая, по-видимому, ситуация — два собора выносят противоположные решения. Император в полной растерянности хотел как бы игнорировать фактическое положение дел и утвердил деяния обоих соборов. Он подтвердил низложение Нестория, но, вместе с тем, подтвердил и низложение св. Кирилла, провозглашенное на «соборике» Нестория, а, кроме того, распорядился отправить этих двух епископов вместе с Мемноном Эфесским в тюрьму.

Но все ждали настоящего решения, поэтому император согласился принять представителей Эфесского собора в одной из своих резиденций в Халкидоне, на азиатском берегу против Константинополя. В ходе очень тяжелых и трудных переговоров Феодосий II в конце концов санкционировал низложение Нестория и согласился вернуть св. Кирилла на его кафедру. Однако этим не был преодолен раскол, который возник в Эфесе — раскол между Александрией и Римом, с одной стороны, и Антиохией, с другой. Под давлением императора и при очень больших миротворческих усилиях св. Кирилла в течение двух лет продолжались переговоры с Антиохией. Эти переговоры успешно окончились в 433 г., когда было выработано соглашение между Александрией и Антиохией. К сожалению, Эфесский собор заседал в таких трудных и ненормальных условиях, что он не дал вероопределения. Мы знаем, что и первый Вселенский собор, и второй Вселенский собор такое вероопределение дали. Эфесский собор этого не сделал, на нем были читаны послания св. Кирилла Несторию, которые были признаны православными, и послания Нестория к св. Кириллу, признанные еретическими. Но собственного вероопределения собор не дал, и поэтому настоящим богословским итогом третьего Вселенского собора можно считать этот договор 433 г., который обычно, как некоторые другие важные документы, называется по своим первым словам «Да возрадуются небеса».

В этом тексте св. Кирилл признавал некоторую правоту своих антиохийских оппонентов. И те, и другие сходились на осуждении Нестория, и в то же время в Антиохии у многих было такое впечатление, что св. Кирилл отказался от крайностей своего собственного богословия. На самом деле, наверное, нужно понимать события по другому. Как я уже сказал, в богословии св. Кирилла была внешняя терминологическая двойственность, и он много делал, чтобы ее преодолеть, хотя никак не мог отказаться от некоторых своих формул, как, например: «Единая природа Бога Слова воплощенная». Церковный мир, восстановленный с такими усилиями св. Кириллом и св. Иоанном Эфесским сохранялся до смерти св. Кирилла в 444 г.