Тогда во главе ЧК стоял латыш Петерс. Он имел в городе грозную репутацию человека неумолимо-жестокого и очень быстрого на вынесение приговоров с "высшей мерой". По его приказу тотчас были арестованы и заключены в тюрьму проф. П. П. Ситковский и все врачи его клиники. Были арестованы и два или три врача, служившие в Наркомздраве.

Петерс решил сделать суд показательным. Как и большинство латышей из ЧК, он скверно знал русский язык, но, несмотря на это, назначил себя общественным обвинителем. В этой роли произнес он не слишком грамотную, но зато "громовую" обвинительную речь. Были в ней и "белые охвостья", и "контрреволюция", и "явное предательство". Над обвиняемыми нависла угроза расстрела.

"Других выступлений я не помню, - пишет проф. Ошанин, - кроме выступления профессора Войно-Ясенецкого, который был вызван в числе других экспертов-хирургов... Он сразу бесстрашно напал на грозного Петерса, он буквально громил Петерса как круглого невежду, который берется судить о вещах, в которых ничего не понимает, как бессовестного демагога, требующего высшей меры для совершенно честных и добросовестных людей". Проф. С. А. Масумов вспоминает о суде следующее: 'Зал суда был полон. Больше всего тут было рабочих, но некоторое количество пропусков получили врачи города. По приказу Петерса профессора Ситковского из тюрьмы в зал суда доставила конная охрана. Профессор шел посредине улицы с заложенными за спину руками, а по сторонам цокали копытами конвойные с саблями наголо. Суд нужен был для "воспитательных" целей, чтобы лучше показать рабочему классу его врагов прислужников мирового капитализма. Но великолепно задуманный и отрежиссированный спектакль пошел насмарку, когда председательствующий вызвал в качестве эксперта профессора Войно-Ясенецкого.

- Поп и профессор Ясенецкий-Войно, - обратился к о.Валентину Петерс, считаете ли вы, что профессор Ситковский виновен в безобразиях, которые обнаружены в его клинике?

Вопрос касался первого пункта обвинения. Заведующему клиники вменялся в вину развал дисциплины среди больных и обслуживающего персонала. Раненые, лежащие в клинике, пьянствовали, дрались, водили в палаты блудниц, а врачи и медсестры этому якобы потворствовали.

- Гражданин общественный обвинитель, - последовал ответ эксперта Войно-Ясенецкого, - я прошу по тому же делу арестовать и меня. Ибо и в моей клинике царит такой же беспорядок, что и у профессора Ситковского.

- А вы не спешите, прийдет время и вас арестуем! - заорал Петерс.

В хирургических клиниках города, на самом деле творились страшные безобразия. Большинство раненых, лежавших в клиниках профессоров Ситковского, ВойноЯсенецкого и Боровского были красноармейцы. В огромных, превращенных в палаты маршировальных залах высшего кадетского корпуса разгулявшаяся на фронтах братва без просыпу пила самогон, курила махру, публично в палатах занималась развратом. Тут же рядом лежали тяжело раненые. Но на их мольбы о тишине и покое легко раненые не обращали никакого внимания. Однажды во время профессорского обхода ординатор Беньяминович доложила об очередной оргии в палате.

Валентин Феликсович приказал вызвать дебоширов к нему. Но едва он поднялся на второй этаж в свой кабинет, как снизу по лестнице целая орава пьяных красноармейцев полезла "бить попа". Доктор Беньяминович успела запереться в операционной, а профессора избили. Били жестоко, пинали ногами и костылями. После этих побоев заведующий клиникой на несколько дней был прикован к постели. Сидящие в зале врачи хорошо знали эту историю, знали и о других бесчинствах красноармейцев в госпиталях. Беспорядок в клинике Ситковского, который расписывал в своей речи Петерс, никого не удивил: как и Войно-Ясенецкий, профессор Ситковский просто физически не мог справиться с буйными пациентами.

Второй вопрос общественного обвинителя касался случая с "червями". Войно-Ясенецкий обстоятельно объяснил суду, что никаких червей под повязками у красноармейцев не было, а были личинки мух. Хирурги не боятся таких случаев и не торопятся очистить раны от личинок, так как давно замечено, что личинки действуют на заживление ран благотворно. Английские медики даже применяли личинок в качестве своеобразных стимуляторов заживления. Опытный лектор, Валентин Феликсович так внятно и убедительно растолковал суть дела, что рабочая часть зала одобрительно загудела.

- Какие еще там личинки... Откуда вы все это знаете? - рассердился Петерс.

- Да будет известно гражданину общественному обвинителю, - с достоинством ответил Войно-Ясенецкий, - что я окончил не двухлетнюю советскую фельдшерскую школу, а медицинский факультет Университета святого Владимира в Киеве. В зале аплодировали.

Последний ответ окончательно вывел из себя всесильного чекиста. Высокое положение представителя власти требовало, чтобы дерзкий эксперт был немедленно изничтожен, унижен, раздавлен.

- Скажите, поп и профессор Ясенецкий-Войно, как это вы ночью молитесь, а днем людей режете? - продолжал Петерс.

На самом деле святой Патриарх-исповедник Тихон узнав о том, что профессор Войно-Ясенецкий принял священный сан, благословил ему продолжать заниматься хирургией. Отец Валентин не стал ничего объяснять Петерсу, а ответил:

- Я режу людей для их спасения, а во имя чего режете людей вы, гражданин общественный обвинитель?

Зал встретил удачный ответ хохотом и аплодисментами. Все симпатии были теперь на стороне священника-хирурга. Ему аплодировали и рабочие, и врачи. Следующий вопрос по расчетам Петерса должен был изменить настроение рабочей аудитории:

- Как это вы верите в Бога, поп и профессор Ясенецкий-Войно? Разве вы его видели, своего Бога?

- Бога я действительно не видел, гражданин общественный обвинитель. Но я много оперировал на мозге и, открывая черепную коробку, никогда не видел там также и ума. И совести там тоже не находил. (Колокольчик председателя потонул в долго не смолкавшем хохоте всего зала) .

"Дело врачей" с треском провалилось. Однако, чтобы спасти престиж Петерса, "судьи" приговорили профессора Ситковского и его сотрудников к шестнадцати годам тюремного заключения. Эта явная несправедливость вызвала ропот в городе. Тогда чекисты вообще отменили решение "суда". Через месяц врачей стали днем отпускать из камеры в клинику на работу, а через два месяца и вовсе выпустили из тюрьмы. По общему мнению, спасла их от расстрела речь священника-хирурга Войно-Ясенецкого.