К этому времени относится первая попытка М. Н. Богданова прочесть курс популярных лекций по зоологии для жителей города Казани.
Одной из задач Казанского общества естествоиспытателей было распространение естественнонаучных знаний. Для этого оно организовало курсы популярных лекций по широкому кругу естественных наук (математике, химии, космографии и метеорологии, геологии, ботанике, зоологии, анатомии человека, гистологии и физиологии). В чтении лекций принимали участие выдающиеся ученые университета — химик В. В. Марковников; геолог Н. А. Головкинский; анатомию человека читал П. Ф. Лесгафт. Чтение зоологии было поручено Богданову.
Популярные лекции имели очень большой успех у слушателей, которых было более 600 человек, среди них немало женщин. Все это показывало, насколько нужны и полезны были такие лекции в условиях Казани — провинциального города, где возможность получения научных знаний для огромного большинства жителей полностью отсутствовала, несмотря на наличие университета. А тяга к знаниям была очень большой.
В 1871 г. Богданов разработал и опубликовал в «Протоколах» Казанского общества естествоиспытателей программу популярного лекционного курса, посвященного истории развития русской фауны: «О былом и настоящем высших (позвоночных) животных Европейской России». Программа представляет большой интерес, так как является попыткой обрисовать не только историю русской фауны, но и картину ее современного состояния, ее хозяйственное использование и воздействие человека на ее настоящее и будущее. Специальный раздел программы посвящался домашним животным и положению русского животноводства.
Чтение лекций Богданова должно было начаться в январе 1871 г. (по другим наукам они уже читались в 1870 г.). «Волжско-Камская газета» оповещала об этом своих читателей: «Судя по программе, опубликованной лектором, заслужившим уже почетную известность своими работами и сочинениями по зоологии, — эти чтения обещают быть особенно интересными» (III, 11, стр. 3). Однако чтения не состоялись. Лекции были запрещены губернатором Казани под предлогом того, что общество естествоиспытателей своевременно не испросило специального разрешения Министерства просвещения на продолжение их чтений в 1871 г. А билеты на весь лекционный курс уже были распроданы. Богданову пришлось в той же газете поместить обьявление: «По распоряжению г. Казанского губернатора чтение публичных лекций Богданова „О былом и прочее животных России “ — остановлено (подчеркнуто Богдановым,— Н. Б. и Г. К.). Поэтому имею честь известить, что читать означенные лекции я не буду.. .».
После защиты магистерской диссертации весной 1871 г. Богданов продолжил свои исследования. Теперь его внимание привлек Кавказ с богатой и очень слабо в то время изученной фауной. Планируя свою летнюю поездку туда, Богданов писал в заявлении обществу естествоиспытателей: «Зоогеографические исследования, которыми я занимался в предыдущие годы в Поволжье, привели меня к убеждению, что распределение животных на земной поверхности зависит не только от местных современных условий среды, но очень многие особенности распределения форм находятся в связи с геологическими явлениями, именно с колебаниями материков в последние геологические эпохи; так, между прочим, изучение приволжской фауны выяснило мне значение черноземной полосы России, как сравнительно древней суши, пережившей ледниковую эпоху. Имея намерение продолжить последовательно разработку тех же зообиогеографических вопросов, я считаю особенно важным для моей задачи посвятить лето настоящего года изучению фауны позвоночных животных Кавказа.
Не говоря уже о том, что эта недавно лишь покоренная страна слишком мало известна в этом отношении, — для моих исследований знание ее фауны имеет то огромное значение, что Кавказ как самый высокогорный хребет Европы должен представлять поэтому остатки наиболее древней фауны, здесь же должны находиться центры расселения многих видов, которые распространились потом на окрестные равнины, между прочим на русскую» (I, 18, стр. 85—86).
На Кавказе Богданов стремился проверить свои выводы о зоогеографических закономерностях, сформулированные им в диссертации.
Фауна Кавказа оказалась столь богата, что при первом знакомстве с нею Богданов сумел только наметить первоначальные ориентиры в ее распределении. Тяжелая форма тропической малярии, поразившая Богданова во время поездки, заставила прервать работу. Казаки вывезли его чуть живого, в беспамятстве, с черноморского побережья в Грозный. Но едва Богданов немного оправился, как снова вернулся к исследованиям.
Ему удалось посетить северные склоны главного Кавказского хребта и долины крупнейших кавказских рек — Терека, Кубани, Сулака и Куры. Общие выводы о фауне Кавказа Богданов сформулировал в своем отчете обществу естествоиспытателей. Характеризуя вертикальное распределение животных в горах, он отметил присутствие типичной кавказской фауны только на значительных высотах (в поясе высокогорных хвойных лесов и еще выше). В нижележащих поясах фауна была смешанной, сходной как с алтайской, так и с европейской. Равнинные части речных долин оказались населены очень пестро и разнообразно.
Материалы, собранные Богдановым на Кавказе, были им обработаны и систематизированы значительно позже, уже в Петербурге.
При всех успехах Богданова в научной деятельности, доставивших ему известность в кругах русских зоологов, при весьма успешно начатой педагогической деятельности служебное положение его в Казанском университете оставалось неопределенным.
Место приват-доцента не давало твердого материального обеспечения, а Модест Николаевич был уже женат. После ухода А. О. Ковалевского из университета в конце 1869 г. освободилась должность второго профессора по кафедре зоологии. Совет физико-математического факультета постановил сохранить ее для замещения специалистом по зоологии позвоночных, имея в виду Богданова. На этом настаивал и Н. П. Вагнер, подчеркивавший необходимость разделения курса зоологии. Но медицинский факультет выставил своего кандидата на эту должность — ученика А. О. Ковалевского, гистолога Н. М. Мельникова.
В течение зимы 1870—1871 г., пока Богданов завершал работу над магистерской диссертацией, вопрос о замещении профессорской вакансии по зоологии не был решен. Он продолжал оставаться предметом ожесточенных дебатов в совете университета между представителями медицинского и физико-математического факультетов. Профессора-медики настойчиво предлагали кандидатуру Н. М. Мельникова, физико-математический факультет вновь подтвердил свое решение сохранить вакантную должность за Богдановым.
Весной 1871 г. Н. П. Вагнер находился в заграничной командировке. По окончании ее он должен был перейти по приглашению К. Ф. Кесслера в Петербургский университет вторым профессором на кафедру зоологии. В этот период М. Н. Богданов с тоской и тревогой писал А. М. Бутлерову: «Новости здешние сообщать Вам нечего, так как вероятно они уже сообщены, но вместе с тем нельзя не пожалеть о будущем естественного разряда Казанского университета. С Вашей легкой руки начинается такая миграция профессоров, что, по меткому выражению одного моего знакомого, скоро останутся уже не сапоги, а только подошвы. Головкинский, Ковалевский и Вагнер! Кто еще останется после отъезда их? Судите сами. С отъездом этих лиц и мое положение принимает новый оборот».[7 Арх. АН СССР, ф. 22, оп. 20, № 30, л. 4 об,]
Положение дел действительно обернулось очень неблагоприятно для Модеста Николаевича. В то время, когда он в Петербурге защищал диссертацию, совет университета баллотировал Мельникова на должность профессора зоологии. Это было сделано вопреки протестам физико- математического факультета, отстаивавшего свое первоначальное решение. В защиту кандидатуры Богданова выступил также П. Ф. Лесгафт, записавший по этому вопросу свое особое мнение. Но поддержка попечителя округа решила вопрос в пользу Мельникова.
С уходом Н. П. Вагнера из университета в августе 1871 г. освободилась еще одна вакансия профессора зоологии. Но по предложению Мельникова на эту должность был приглашен В. В. Зеленский, специалист в области эмбриологии беспозвоночных.
Таким образом, Модест Николаевич Богданов остался при Казанском университете в качестве приват-доцента, без всяких перспектив дальнейшего служебного продвижения. Факультет попытался выхлопотать Богданову командировку за границу для подготовки к профессорскому званию в качестве стипендиата Министерства просвещения. Но и эта попытка не удалась. В течение четырех месяцев М. Н. Богданов дожидался решения министерства. В середине февраля 1871 г. пришел отрицательный ответ: за отсутствием средств в командировке ему было отказано. Возникли и другие препятствия к дальнейшему развитию научной деятельности Богданова в Казани. С уходом из университета Н. А. Головкинского, президента общества естествоиспытателей, состав руководства общества изменился и деятельность его приняла иное направление. В связи с этим Богданов был лишен средств на продолжение исследований в левобережном Поволжье летом 1872 г. Все это создавало совершенно нетерпимую обстановку для работы Богданова в Казанском университете. Он принял решение уехать из Казани и перебраться в Петербург. В марте 1872 г. Модест Николаевич с тяжелым сердцем покинул Казань, чтобы более туда не возвращаться.