Все официальные документы судебного процесса над Никоном опубликованы. Среди них нет протокола заседаний, хотя, по свидетельству самого Никона, протокольная запись велась по ходу процесса (П.Р.С. С. 97). Сохранилась официальная записка о всем соборном суде, составленная после окончания Собора и излагающая события и речи участников, как видно, по памяти автора, без особой системы. Имеется так же сочинение Паисия Лигарида «История собора на Никона», написанное очень предвзято и тоже после окончания процесса. В «Известии...» Шушерина есть рассказ о Соборе, написанный также много лет спустя после события и, как видно, со слов монахов, бывших с Никоном на суде. Все три источника излагают последовательность процесса далеко не одинаково. Судя по всему, и действительный ход соборных заседаний не имел четкой последовательности в обсуждении вопросов, отличался заметной «стихийностью»; начинали обсуждать одно, но отвлекались на другое, к одному и тому же вопросу возвращались потом по нескольку раз. Трудно даже в точности установить, сколько было судебных заседаний. Одни различают заседания 1 и 3 декабря, другие полагают, что это было одно заседание. Историки С. Соловьев (кн. VI. С. 256-268), Макарий (Т. XII. С. 685-782); Н. Субботин (во всем своем сочинении) пытаются насколько возможно восстановить ход Собора против Никона, достаточно основательно используя сохранившиеся документы. В настоящем очерке мы опираемся на их исследования, восполняя данные одного автора данными другого и принимая перечень судебных заседаний, предлагаемый Макарием (Булгаковым).