Большой проблемой для Церкви была также борьба со всевозможными западными влияниями, все более активно проникавшими в русскую среду. Фаворит Софьи князь В. В. Голицын являлся откровенным приверженцем западной культуры. При его поддержке в Немецкой слободе Москвы обосновались даже два иезуита, занимавшиеся пропагандой «латынства». Голицын покровительствовал Симеону Полоцкому, появившемуся в Москве в том самом роковом 1666 году и ставшему законоучителем в царской семье, и его ученику Сильвестру Медведеву, настоятелю Заиконоспасского монастыря - наиболее ярким представителям западнического, латинствующего крыла в московской учености. Эллинистическую партию составили Епифаний Славинецкий († 676 год), его ученик Евфимий, затем с 1685 года братья Иоанникий и Софроний Лихуды и многие их ученики. «Эллинистическая» партия создала хорошую богословскую школу, объединявшую многих учеников Епифания. Ими под руководством учителя была подготовлена и издана полностью в 1663 году Библия, сверенная с греческим текстом. В их руках оказалось и все дело книгоиздательства и сверки текстов книг в 60-70-х годах семнадцатого века. Они восстановили греко-латинскую школу в Чудовом монастыре, основанную патриархом Никоном, но потом, после его опалы, закрытую.
«Латинствующая» партия тоже не ленилась. Симеон Полоцкий и Сильвестр Медведев, пользуясь покровительством Феодора Алексеевича, основали школу с латинским уклоном. Оба были плодовитыми писателями. Они составили даже проект академии с очень широкими полномочиями высшего контроля над всей системой образования и книгопечатания. По приговору академии еретики должны были сжигаться на кострах... Смерть царя Феодора, уже подписавшего указ об открытии этой академии, не дала возможности ей практически возникнуть. Симеон Полоцкий скончался в 1680 году. Но «латинствующие» ученые продолжали пользоваться поддержкой князя В. Голицына и через него правительницы Софьи.
Патриарх Иоаким не спешил осуществлять проект высшей школы, чтобы не отдать ее в руки «латинствующей» партии. Он, подобно патриарху Никону, думал о создании строго православного ученого центра, поддерживая «эллинистическую» группу. Антилатинскими настроениями патриарха Иоакима в определенной мере объясняется и его политическая ориентация - против царевны Софьи и Голицына, в пользу Нарышкиных и Петра.
С прибытием в 1685 году греков - братьев Лихудов с особой силой развернулась борьба с «латинствующей» группировкой. Между главными представителями обеих партий особенно остро развернулась полемика по вопросу о пресуществлении Святых Даров. Греки и православные русские учили, что пресуществление происходит после троекратного призывания Святаго Духа на словах: «И сотвори убо хлеб сей...» и т. д. «Латинствующие», в согласии с католическим богословием, утверждали, что это совершается на возглашении слов Спасителя «Приимите, ядите...» и т. д. Такой взгляд на вещи был назван «хлебопоклоннической ересью». Южнорусские киевские иерархи в 1688 году высказались в пользу православного учения. Партия «эллинистов» победила. Сильвестра Медведева отстранили от должности старшего справщика Печатного двора. В 1689 году вспыхнул новый стрелецкий бунт. Петр и Нарышкины бежали в Троице-Сергиеву лавру. Софья послала для переговоров с ними патриарха Иоакима, который остался с Петром, решительно поддержав его тем самым всей силой патриаршего авторитета.
В том же году бунт был подавлен. Церковный Собор обвинил Сильвестра Медведева в ереси, лишил сана и отправил в ссылку. Но через год его казнили как государственного преступника за связь с партией царевны Софьи. Вся эта партия была разгромлена, Софья - заточена в Новодевичий монастырь. В 1690 году патриарх Иоаким созвал еще один церковный Собор, который анафематствовал «хлебопоклонническую ересь». Было решено также удалить из Москвы иезуитов и впредь допускать для нужд иностранцев, проживающих в России, лишь обычных священников, не принадлежащих к ордену «Общества Иисуса». При поддержке патриарха Иоакима братья Лихуды и их русские сторонники сумели создать высшую школу. Она размещалась сначала в Богоявленском, затем в Заиконоспасском монастыре. С 1686 по 1694 год в этой школе был преподан курс наук, включавший грамматику, пиитику, риторику, логику, физику. За три года обучения слушатели осваивали греческий и латинский языки так, что могли свободно на них разговаривать и переводить с них книги. Старшие ученики сами становились преподавателями для младших. Но против Лихудов была кем-то устроена очень сильная интрига через иерусалимского патриарха Досифея, приславшего братьев-греков в Москву. Теперь, поверив чьей-то клевете, он же стал настаивать на отстранении Лихудов, обвиняя их в «латинстве». С 1694 года они прекратили преподавание в школе.
Патриарх Иоаким, победивший в борьбе с католическими влияниями, должен был с ужасом убедиться в том, что над православием нависла угроза с другой стороны. Царь Петр, ставший теперь единодержавным монархом, активно содейство вал западному протестантизму. В войсках Петра командирами уже
служили иноземцы-протестанты. Петр с ватагой своих приближенных уже ездил в Немецкую слободу веселиться с иностранцами, охотно приглашал их к себе за стол. 28 февраля 1690 года Петр пригласил патриарха на праздничный обед по случаю рождения царевича Алексея. Иоаким согласился только при условии, что за столом не будет иностранцев. Петр вынужден был согласиться.
Умирая, патриарх Иоаким написал «Завещание», в котором с болью и скорбью, в частности, говорил о недопустимости иноземного командования в русских войсках («Благодатию Божиею в Русском царстве людей благочестивых в ратоборстве искусных очень много») и обращался к властям: «Опять напоминаю, чтоб
иноземцам-еретикам костелов римских, кирок немецких, татарам мечетей не давать строить нигде, новых латинских и иностранных обычаев и в платье перемен по-иноземски не вводить.
... Всякое государство свои нравы и обычаи имеет, в одеждах и поступках свое держат, чужого не принимают, чужих вер людям никаких достоинств (преимуществ. -Авт.) не дают, молитвенных храмов им строить не позволяют»61.
В марте 1690 года патриарх Иоаким скончался.