Управление Каспийской флотилией и портами Каспийского флота до 1890 г. подчинялось командиру Черноморского флота. С 1891 г. командир Бакинского порта был подчинен непосредственно управляющему Морским министерством. С этого времени командир Черного и Каспийского морей стал именоваться Главным командиром Черноморского флота и портов Черного моря.