Активность более глубинных слоев психического отчетливо переживается в сновидении, универсальном человеческом переживании, а так же в эксцессивной форме прорыва в остром психозе. В интенсивном юнгианском анализе анализанд приходит к принятию по существу полезных действий объективной психики в продвижении эмпирического процесса индивидуации эго. Отдельные анализанды изучают юнгианскую технику активного воображения, посредством которой возможно намеренное контактирование с этими более глубокими слоями психического в бодрствующем состоянии.

В структурном плане, каждый комплекс в личностной сфере (сознательной или бессознательной) образован из архетипической матрицы в объективной психике. В сердцевине каждого комплекса «обитает» какой-то архетип. Эго образовано по образцу архетипической сердцевины Самости; за личным материнским комплексом кроется архетип Великой Матери; родительское имаго (отца и матери вместе) имеет своим центром архетипический образ божественных родителей; существуют также глубокие архетипические корни для тени и многих ролей персоны. Архетипическая форма может включать в себя комбинацию отдельных видов; например, священный брак, или гиеросгамос, может также представлять объединение противоположностей. Архетипический уровень психического обладает способностью образовывать символы, которые фактически объединяют содержания, непримиримые на личном уровне. Эта способность объективной психики образовывать примиряющие символы называется трансцендентной функцией, поскольку она может выходить за пределы сознательного напряжения противоположностей. В этом процессе конфликты не исчезают с неизбежной необходимостью, они прежде всего выходят за пределы собственных границ и релятивизируются.

Поскольку каждый комплекс в личном психическом зиждется на архетипической основе в объективной психике, то любой комплекс, укорененный достаточно глубоко, обязательно проявит свои архетипические ассоциации. Многое из искусства юнгианского анализа заложено в способности амплифицировать образы до такой степени, когда эго может пережить свою связь с архетипическим миром в плоскости исцеления, но не до такой степени, что эго окажется поглощенным морем необъединенных архетипических содержаний. Например, если эго способно переживать свою связь с Самостью, то образуется ось эго-Самости, и после этого эго имеет более прочное ощущение своего родства с самой сердцевиной психического. Но если такое переживание происходит у слабого или неразвитого эго, то последнее может быть ассимилировано Самостью, что проявляется в виде психической инфляции и утраты ясной позиции в сознании, или — в наихудшем случае — временного психоза. При приеме психоделических препаратов, таких как ЛСД и псилоцибин, часто возникает переживание «быть Богом», что, по сути, есть переживание наркотизированым эго своей архетипической сердцевины в Самости, но без достаточной укорененности в реальности, позволяющей установить устойчивую ось эго-Самости.

Каждый комплекс представляет группу связанных образов, оформившихся вокруг центрального ядра значения, по существу являющегося архетипическим. С момента первого осознания эти архетипические возможности психического начинают наполняться личным переживанием, и взрослое эго чувствует, что сознательные, субъективные содержания есть просто сумма его собственных прошлых личных переживаний. Часто только в анализе, в сновидениях или в очень мимолетных эмоциональных переживаниях развитое эго может переживать подлинные архетипические основания комплексов. В практике анализа для облегчения подобного осознавания могут быть использованы многие имагинальные техники: направленное воображение, гештальт-техники, рисунок, работа с глиной, танец, конструирование проективных форм в игре «в песочек», гипноаналитические техники или, в наиболее чистом виде, активное воображение. В индивидуации, действующей наиболее непосредственно, эго всегда должно занимать позицию по отношению к содержаниям объективной психики, обнаруживаемым «на марше», а не взирать на них пассивно в качестве «ученика чародея».

Так как каждый комплекс держит личные образы в архетипической матрице, всегда существует опасность, что личные ассоциации окажутся ошибочными для сердцевины комплекса, приводя к простому редуктивному анализу, то есть к интерпретации текущих конфликтов исключительно в свете ранних детских переживаний. Обратным образом, чрезмерная архетипическая амплификация образов может привести к некоторому пониманию архетипов, но весьма вероятной остается возможность упустить непосредственно саму целительную связь между личной и объективной психикой.

Для того чтобы улучшить понимание динамической взаимосвязи между различными психологическими структурами, концептуализированными Юнгом, полезно разделить их на две категории: структуры идентичности и связующие структуры. Эго и тень — прежде всего структуры идентичности, в то время как персона и анима или анимус — связующие структуры. В естественном процессе индивидуации первой видится потребность в образовании сильного и надежного эго, с которым надлежит обустраиваться в мире. За этим следует задача установления связи с другими людьми и с общей культурой, в которой существует тот или иной человек. Обычно этого не происходит до тех пор, пока эго не начнет испытывать потребность в установлении связи с архетипическими силами, лежащими в основании как коллективной культуры, так и личной психики — потребность, которая часто возникает в форме так называемого кризиса середины жизни.

Базовая эго-идентичность формируется довольно рано, вначале в виде диады мать — дитя, возрастая затем в рамках семьи, а в дальнейшем, расширяясь с включением также растущего день ото дня культурного окружения. В процессе формирования эго определенные врожденная активность и индивидуальные склонности будут восприняты матерью или семьей положительно, но к другим побуждениям и активности оценка окажется негативной, так что они будут отвергаться. Кризис в обучении пользования туалетом ведет со временем к многим другим более тонким взаимодействиям, в которых эго-идентичность растущего ребенка отливается в форму предпочтений и антипатий к людям, от которых она зависит. Склонности и побуждения, отвергнутые семьей, так просто не теряются; они имеют обыкновение группироваться в некий образ наподобие альтер-эго, «поселяясь» под поверхностью личного бессознательного. Юнг назвал такое альтер-эго тенью, потому что, когда одна часть пары противоположностей вынесена на «свет» сознания, другая, отвергнутая, часть, оказывается — разумеется, метафорически — в «тени» бессознательного.

Так как содержания или качества тени потенциально составляют часть развивающегося эго, они продолжают приносить ощущение личной идентичности, но уже отвергнутой или непринятой, обычно связываемой с чувством вины. Поскольку тень в процессе раннего развития была разъединена с доминирующей эго-идентичностью, ее возможное возвращение, связанное с заявлением об участии в сознательной жизни, вызывает беспокойство. Многое из повседневной психотерапевтической работы и анализа заключается в том, чтобы создать место, в котором было бы безопасно вновь исследовать содержания тени и, возможно, интегрировать большую часть из отвергнутого и «отщепленного» ранее при формировании эго. Различные естественные атрибуты психического, отделенные в детстве, фактически необходимы для полноценной и здоровой взрослой деятельности. Агрессивные и сексуальные импульсы, например, очень часто отъединены, так как их выражение в детстве было бы несоответствующим или культурно отвергаемым и проблематичным для родителей; но эти же качества являются основополагающими для нормального взрослого, у которого они могут быть видоизменены и интегрированы в форму, невозможную у незрелой эгоструктуры ребенка. Но в тень аналогичным образом могут быть диссоциированы и другие характеристики, включая и спонтанную легкость выражения врожденного ума.

Сознательная интеграция содержаний тени несет в себе двойной эффект: увеличение сферы активности эго и освобождение энергии, требовавшейся прежде для поддержания разъединения и вытеснения теневых характеристик. Индивид часто переживает это как возрождение надежд или возвращение жизненных сил.