С 1937 года храм был официально закрыт, хотя еще некоторое время здесь продолжались богослужения. Но уже в 1938 году в Петропавловском храме был устроен клуб. Однако, местные жители восприняли клуб в храме, как кощунство. Поэтому этот клуб мало кто посещал, и в бывшем храме разместили военкомат.
В 1941 году, когда Вырица оказалась на оккупированной территории, Петропавловский храм был открыт – его освящение состоялось 19 декабря 1941 года. В нем начали служить священники из Псковской миссии.
В январе 1944 года Вырица была освобождена советскими войсками. Во время боевых действий пострадали колокольня и купол Петропавловской церкви и повреждена взрывом стена алтаря. Практически сразу же по окончании войны прихожане начали восстанавливать Петропавловский храм. Однако, из-за общей разрухи и серьезной нехватки материалов восстановление растянулось на годы. Лишь 23 ноября 1952 года храм был заново освящен.
В 1952–1954 годах из разрушенного храма в селе Большие Ящеры в Петропавловскую церковь был перевезен иконостас, хоругви, паникадило и семисвечник, из закрытого храма в селе Усть-Введенское – Царские врата. Полностью строительные работы по восстановлению храма были завершены в 1954 году.
В настоящее время рядом с храмом во имя святых апостолов Петра и Павла устроен небольшой храм во имя святого праведного Иоанна Кронштадтского.
Произведение «От Меня это было» широко известно. Тем не менее, история этого стихотворения в прозе весьма запутана. Во-первых, существует несколько текстовых вариантов «От Меня это было». Во-вторых, нам неизвестна точное время его написания – разброс дат составляет примерно десятилетие – тридцатые – сороковые годы XX столетия. Все это связанно с тем, что при советской власти происходили масштабные гонения на Церковь, и возможности публиковать духовную литературу практически не было. Все написанные в то время произведения распространялись исключительно в самиздате. Такая же участь постигла и произведение «От Меня это было».
Однако, главную загадку «От Меня это было» составляет его авторство. Часть исследователей считает автором этого произведения преподобного Серафима Вырицкого, другие же приписывают его митрополиту Мануилу (Лемешевскому), из архива которого данное произведение и получило широкое распространение. Дело в том, что митрополит Мануил был духовным чадом преподобного Серафима и они переписывались.
Согласно наиболее распространенной версии, преподобный Серафим, желая поддержать владыку Мануила, находящегося в заключении, послал ему текст «От Меня это было». Однако некоторые исследователи считают, что стиль изложения ближе к стилю митрополита Мануила (Лемешевского). Они выдвигают версию, что в старые времена была и традиция писать не только от своего имени, но и от имени своего учителя, духовного наставника, каким был в Лавре ее духовник, старец Серафим. Поэтому митрополит Мануил, написав «От Меня это было», поставил под ним имя Вырицкого старца. Третья версия, объединяющая две предыдущие, гласит, что возможно творение «От Меня это было» является плодом совместных трудов и духовных исканий преподобного Серафима и митрополита Мануила.