Казалось, Шемяка мог праздновать окончательную победу, но сказалась приязнь между Василием Темным и татарами. Вообще, сторонников у ослепленного князя оказалось гораздо больше, чем врагов: за Василия Темного стояли татарские царевичи Касим и Якуб — сыновья Улуг-Мухаммеда, один из которых когда-то взял великого князя в плен; его поддерживал «нареченный во митрополиты» епископ Иона; за возвращение Василию престола готовы были бороться многие бояре. Усилия сторонников законного великого князя дали свои плоды. Василий Темный, отправившись на очередное богомолье в Кирилло-Белозерский монастырь, сумел бежать оттуда в Тверь, где заручился поддержкой тверского князя. В 1447 г. Василий победоносно возвратился в Москву и занял престол. Но ему потребовалось несколько лет борьбы, чтобы окончательно низвергнуть Шемяку. В 1450 г. Шемяка был выбит из своей вотчины — Галича — и бежал в Новгород — центр оппозиции великому князю, — где и скончался (полагали, что он был отравлен по приказу Василия).
Новгородцы твердо поддерживали Шемяку, и это не прошло им даром. Зимой 1456 г., памятуя о старых обидах, Василий Темный с войском, усиленным татарскими отрядами, двинулся к Новгороду. Захватив город Старую Русу, московские воеводы отпустили основную рать и тут, оставшись с отрядом из двухсот человек, столкнулись с новгородским войском, состоявшим из пяти тысяч всадников. Казалось бы, о сопротивлении не могло быть и речи, но пассионарные московские воеводы нашли выход. Они приказали стрелять по лошадям новгородцев и добились полной победы. Одетые в броню новгородцы валились под копыта коней, демонстрируя полное отсутствие какой-либо воли к сопротивлению.
После поражения у Русы новгородцы думали только о том, как при посредничестве новгородского архиепископа заключить с Василием мир, и получили желаемое на самых унизительных условиях. Сам Василий Темный все же был не полностью удовлетворен результатами похода 1456 г. Он постоянно жаловался митрополиту Ионе, что новгородцы чтут его не так, как следует, и только благодаря заступничеству последнего воздержался от нового похода на непокорную вечевую «республику». Смерть помешала ему до конца реализовать планы полного подчинения Новгорода Москве. Эта миссия вместе с объединением страны досталась его сыну Ивану III.
Наследие, полученное старшим сыном Василия Темного — Иваном III Васильевичем, было завидным. Все русские князья фактически находились в полной воле московского князя, семейные междоусобицы утихли, а угроза со стороны Золотой Орды практически исчезла.
Как уже говорилось, у ордынского хана Улуг-Мухаммеда было трое сыновей: Махмутек, Якуб и Касим. Первые двое со временем сделались врагами. Махмутек, желая обрести независимость, убил своего отца и захватил власть в Казани, создав таким образом Казанское ханство, выделившееся из Орды. Касим, взявший на себя бремя мести за убийство отца, принадлежал к числу наиболее преданных сторонников Василия Темного: именно его участию был в немалой степени обязан Василий II своим возвращением на престол в 1447 г. За верную службу Василий выделил Касиму в пожизненное владение городок на Оке, который стал с тех пор называться Касимовом. Население касимовского служилого ханства долго сохраняло все свои этнографические особенности, включая исповедание ислама.
Крымское ханство также откололось от Орды, после чего собственно Золотая Орда стала включать лишь область, непосредственно прилегающую к Сараю, и перестала представлять для Руси серьезную угрозу. Правда, в 1465 г. золотоордынский хан Ахмат собрался было пойти на Москву, дабы заставить московитов по-прежнему платить «выход», но неожиданное нападение крымских татар спутало все его планы.
В непрекращавшейся борьбе между Касимом и Махмутеком деятельное участие принимал Иван III. В 1467 г. некоторые казанские мурзы, недовольные правлением молодого Ибрагима — сына Махмутека, обратились к Касиму с предложением занять казанский трон. Усиленный русским войском, данным ему Иваном III, Касим двинулся к Казани, но не смог достичь успеха. Повторный поход был предпринят через два года, уже после смерти Касима. Когда великокняжеские московские полки и касимовцы снова подступили к Казани, Ибрагим был вынужден заключить мир на условиях, предложенных Москвой.
После замирения с Казанью Иван III смог продолжить политику своего отца в отношении Новгорода. Новгородцы к тому времени потеряли всякую способность сохранять хоть какое-то подобие самостоятельности. В городе боролись две партии: пролитовская, состоявшая из бояр во главе с Борецкими, и промосковская, состоявшая из «младшей чади», то есть простых людей. Поскольку бояре имели доступ к власти и принимали решения, то нет ничего удивительного в том, что в 1471 г. Новгород заключил союз с великим князем литовским и польским королем Казимиром Ягеллоном. Казимир поставил в Новгород своего наместника и обещал «Господину Великому Новгороду» защиту от Москвы. Третьим членом антимосковской коалиции стал золотоордынский хан Ахмат, также находившийся в союзе с Казимиром.
Увидев, что против него создана столь серьезная коалиция, Иван III, политик умный и осторожный, решил также искать союзников. Его взоры, естественно, обратились в сторону враждебного Сараю Крымского ханства. В 1473 г. договор о союзе с крымским ханом Менгли-Гиреем стал реальностью. Крымчаки обещали воевать с литовцами, ожидая от Ивана помощи в борьбе с Ахматом.
Войну против антимосковской коалиции Иван III начал с Новгорода, и не случайно. В «низовских» землях возмущение союзом Новгорода с Казимиром и Ахматом было чрезвычайно велико. Москвичи обоснованно рассматривали поступок новгородцев как измену общерусскому делу и сравнивали поход Ивана III с походом Дмитрия Донского на Мамая.
Летописец писал, что Иван III шел на Новгород «не яко на христиан, но яко на язычник и на отступник православья». Последнее обстоятельство для этнической диагностики весьма существенно. Как видим, в конце XV в. представители нового этноса московитов перестали воспринимать реликт Древней Руси — новгородцев — как «своих», так как индикатором этнической симпатии в то время являлось вероисповедание. Новгородцев, выбравших союз с католиками, москвичи приравнивали к язычникам.
При общерусской поддержке на Новгород была двинута огромная рать под предводительством лучшего полководца Москвы — князя Даниила Холмского. С русским войском шли и отряды касимовского царевича Данияра. Встретившись с новгородскими силами на реке Шелони, москвичи одержали полную победу, поскольку противостояло им хотя и хорошо вооруженное, но необученное ополчение, а литовская помощь так и не пришла. Итоги битвы на Шелони оказались для Новгорода тяжкими. Новгородцы вынуждены были отказаться от планов союза с Литвой и заплатили великому князю большую денежную контрибуцию — свыше 15 тысяч рублей.
Но хотя на помощь Новгороду не пришли литовцы, ему попытался помочь золотоордынский хан Ахмат. Форсированным маршем он дошел до Оки. По приказанию великого князя касимовские царевичи Данияр и Муртаза выдвинулись навстречу Ахмату на рубеж Коломны и Серпухова, готовясь отрезать войско Ахмата от обоза в случае дальнейшего продвижения его к Москве. Золотоордынский хан, узнав об этом, решил не связываться с касимовцами и быстро отступил.
Иван III отчетливо понимал недостаточность достигнутых успехов. Существование сильной литовской партии в Новгороде и союзного Литве золотоордынского ханства ставило под сомнение выполнение Новгородом своих обязательств перед Москвой. Поэтому Иван III стремился к окончательному подчинению Новгорода и низвержению Золотой Орды. Воспользовавшись тем, что «младшая чадь новгородская» жаловалась ему на пролитовски настроенных бояр, просила защиты и называла его «государем», Иван III в 1478 г. предъявил новгородцам новые требования и выступил в новый поход. Программа его была лаконична: «Вечу не быти, посаднику не быти, а государство все нам держати». После непродолжительного сопротивления новгородцы подчинились воле великого князя. Символ старинной новгородской вольности — вечевой колокол — был снят и отправлен в Москву, а десятки знатнейших семейств Новгорода были переведены («испомещены») в области великого княжения как служилые люди.