Но в тот момент, когда казалось, что господство московского князя на Руси стало безраздельным, на власть начали претендовать московские родственники великого князя.
Противоречия в московском княжеском доме дали о себе знать сразу после смерти сына Дмитрия Донского — Василия Дмитриевича (1425). Брат умершего, Юрий Дмитриевич, отказался присягнуть своему племяннику Василию и, вместо присутствия на похоронах, отправился в свой город Галич, дабы собирать войска. Бояре великого князя оказались «не лыком шиты» и, быстро объединив свои силы, двинулись навстречу властолюбивому Юрию. Увидев, что дела принимают плохой оборот, Юрий Дмитриевич почел за благо вступить в переговоры.
В Галич к Юрию отправился фактический глава московского правительства — митрополит Фотий. Владыка проявил себя как незаурядный дипломат. Князь, желая показать митрополиту многочисленность своих сил и основательность претензий, собрал к его приезду в Галиче множество вооруженных крестьян и ремесленников. Но владыка легко разгадал уловку Юрия Дмитриевича и сказал ему: «Сын князь Юрий! Никогда я не видел столько людей в овечьей шерсти», дав тем самым понять, что не ополчению Юрия тягаться с московской дворянской конницей, состоящей из профессиональных рубак. Фотий добился от Юрия обещания не домогаться великокняжеского стола по своему произволу, а согласиться с решением ордынского хана. «Спершись о великом княжении», дядя и племянник отбыли за правосудием в Орду.
В борьбе за великий стол Юрий Дмитриевич опирался, с одной стороны, на поддержку свояка — великого князя литовского Свидригайлы Ольгердовича, а с другой — на заступничество перед ханом своего друга — влиятельного ордынского мурзы Тегини. Но московские бояре, во главе которых стоял талантливый дипломат Иван Дмитриевич Всеволожский, прекрасно разобрались в сложившейся расстановке сил. Иван Дмитриевич сумел настроить большинство ордынских мурз против Тегини, а значит, сделать их сторонниками своего князя. Когда же на суде у хана Юрий Дмитриевич начал обосновывать свои претензии на великое княжение ссылками на древнее родовое право, московский дипломат одной фразой добился ханского решения в свою пользу, сказав: «Князь Юрий ищет великого княжения по завещанию отца своего, а князь Василий — по твоей милости».
Хан, донельзя обрадованный таким проявлением покорности со стороны московитов, приказал выдать ярлык Василию и даже велел было Юрию Дмитриевичу, в знак подчинения ханской воле, вести под уздцы коня с восседающим на нем великим князем. Но Василий, проявив свойственное ему благородство и не захотев унизить собственного дядю, от этого отказался. Тем не менее и после ханского вердикта Юрий Дмитриевич не умерил свои притязания.
Толчком к продолжению войны послужил следующий эпизод. В 1433 г. во время свадьбы Василия Васильевича его мать, Софья Витовтовна, сорвала драгоценный золотой пояс с другого Василия — сына Юрия Дмитриевича. Чуть раньше кто-то из старых бояр рассказал Софье, что этот пояс принадлежал когда-то Дмитрию Донскому, а затем был украден и оказался в семье Юрия Дмитриевича. Скандал, что и говорить, был громкий: князь на свадебный пир в ворованной вещи явился! Разумеется, Василий Юрьевич и его брат Дмитрий Шемяка тут же покинули Москву. Их отец, Юрий Дмитриевич, не замедлил воспользоваться предоставившимся хорошим поводом и двинул войско на племянника.
В сражении на Клязьме немногочисленные войска Василия Васильевича потерпели поражение от Юрия Дмитриевича, а сам великий князь был схвачен и отослан Юрием в Коломну. На Святой неделе 1434 г. Юрий Дмитриевич вступил в Москву, но оказался в ней нежеланным гостем. Бояре, ратники, посадские были настроены против князя Юрия крайне решительно, ибо все видели в нем узурпатора. Москвичи бежали в Коломну к своему законному государю, и Юрий, видя всеобщее неприятие, вынужден был покинуть Москву.
Через некоторое время вооруженная борьба возобновилась. Юрий сумел вновь победить Василия и вернулся в стольный город, захватив в плен и мать великого князя. Однако вскоре Юрий Дмитриевич умер. Василий Васильевич воссел на великом столе и «взял мир» со своими двоюродными братьями.
Но мир этот продолжался недолго. Василий Юрьевич нарушил его и, подобно своему отцу, направился в Кострому собирать войска против великого князя. Противники встретились при селе Скоретине (район современного города Ростова). Заключив с Василием Васильевичем перемирие до утра, Василий Юрьевич вновь не сдержал слова и внезапно перешел в наступление. Но великий князь успел поднять свои полки, и в битве при Скоретине войска претендента на великокняжеский стол были разбиты, он сам захвачен в плен, отвезен в Москву и там ослеплен по приказанию великого князя. Первый раунд борьбы был окончен.
Следующее пятилетие, до 1445 г., прошло относительно спокойно. Вынужденный внешне примириться с господством двоюродного брата, Шемяка выжидал удобного случая и дождался его. Помогла Шемяке ситуация, сложившаяся в Орде, где при отсутствии всякого порядка шли непрерывные междоусобицы. Каждый, кто обладал хоть какими-то военными силами, либо сражался с конкурентами внутри Орды, либо совершал на свой страх и риск набеги на русские города.
В 1438 г. хан Улуг-Мухаммед, выбитый из Орды своим родственником Киши-Махметом, «изгоном» занял русский город Белев. Великий князь Василий направил против него полки под начальством Дмитрия Шемяки. Выдвинувшись в Белеву, Шемяка, несмотря на желание Улуг-Мухаммеда заручиться поддержкой русских князей «на всей их воле», нанес татарам серьезное поражение. Улуг-Мухаммед ушел из Белева в Казань, но в 1439 г. появился под стенами Москвы. Заняв впоследствии Нижний Новгород, Улуг-Мухаммед укрепился там и в 1445 г. отправил против великого князя войско во главе со своими сыновьями Махмутеком и Якубом.
Шемяка обещал прислать полки на помощь Василию, но не выполнил обещания. И великий князь, беспечно пировавший в ночь перед сражением, оказался перед лицом врага с малочисленной дружиной. Превосходящими силами татар Василий был разбит и попал в плен. Такого поворота совершенно не ожидали и сами татарские царевичи. Они долго думали, как им поступить со столь знатным пленником, и для начала отослали в Москву матери и жене Василия его нательный крест, дабы те не усомнились в скорбном известии. Дмитрий Шемяка через своих посланников склонял татар не отпускать Василия на свободу, однако великому князю удалось освободиться из плена ценой огромного «откупа» в 200 тысяч рублей.
Для сбора этой фантастической суммы вместе с Василием были отправлены на Русь татарские мурзы с отрядами воинов, многие из которых тут же поступали «в службу» к Василию. Разумеется, великий князь был вынужден принимать татар ласково, и по стране распространилось недовольство татарской ориентацией Василия: «Чему еси татар привел на русскую землю и города дал еси им, волости подавал еси в кормление?» Но политика великого князя оказалась дальновидной: с приемом татар на русскую службу Москва усиливалась, а Орда слабела. Тем не менее для большинства современников татарская миграция представлялась неслыханным нарушением их прав, которое к тому же оказалось сопряжено с немалыми материальными затратами.
Недовольство ширилось. Им-то и решил воспользоваться Шемяка. В один из отъездов Василия Васильевича на богомолье в Троицкий монастырь Шемяка со своими сторонниками неожиданно захватил Москву и полонил жену и мать великого князя. Затем Шемяка быстрым маршем двинулся к Троице. И хотя Василий был предупрежден, а охрана выставлена, Шемяка сумел обмануть бдительность сторожей, спрятав своих ратников в возах с сеном. Василий не успел бежать и вынужден был спрятаться в церкви, а затем вышел к своему врагу с иконой на руках, умоляя о милосердии и разрешении постричься в монахи. Милосердие было ему обещано, но Шемяка — уже в который раз — не сдержал слова. Василий услышал: «Пойман еси великим князем Дмитрием Юрьевичем»; на простых санях несчастный был отвезен в Москву, ослеплен (отсюда и прозвище князя — «Темный») и затем сослан в Углич вместе с женой. Мать Василия, Софья Витовтовна, была также отправлена в ссылку — в Чухлому.