В 1966 году окружной прокурор Нового Орлеана Джим Гаррисон начал собственное расследование убийства Джона Кеннеди. Его версия основывалась на том, что существовал заговор с участием бывшего частного детектива и пилота гражданской авиации Дэвида Ферри и бизнесмена Клея Шоу, которые планировали убийство президента и с которыми был знаком Ли Харви Освальд. Дэвид Ферри умер до суда, как было установлено — от естественных причин (хотя смерть вскоре после утечки в прессу информации о расследовании и обнаруженные предсмертные записки породили почву для слухов о самоубийстве или убийстве), поэтому обвинение предъявили только Клею Шоу. По версии Джима Гаррисона, убийство было организовано группировкой, объединявшей ультраправых активистов, подготовленных ЦРУ диверсантов из числа кубинских эмигрантов — противников режима Кастро и бывших и действующих сотрудников ЦРУ. Целью убийства были дестабилизация обстановки внутри страны и изменение курса внешней политики в отношении социалистического лагеря на более жесткий.
Джим Гаррисон отвергал выводы комиссии Уоррена о том, что смертельный выстрел был сделан Освальдом, и считал, что убийство было совершено несколькими профессионалами, стрелявшими с разных точек, а доказательства против Освальда были сфальсифицированы, после чего от него избавились. Позиция Гаррисона держалась во многом на показаниях основного свидетеля, Перри Руссо, правдивость которых оспаривается многими исследователями. В результате Клей Шоу был оправдан судом присяжных. Процесс Шоу примечателен тем, что стал единственным процессом, касавшимся убийства Джона Ф. Кеннеди, в ходе которого кому-либо было предъявлено официальное обвинение. Вместе с тем доказательства и выводы Джима Гаррисона по сей день оцениваются неоднозначно и остаются предметом споров.
Спустя 13 лет после далласской трагедии Конгресс США в результате недоверия к решению суда и к выводам комиссии Уоррена назначил новую следственную комиссию — комитет Стокса (Луис Стокс — конгрессмен, возглавлявший команду следователей). У комитета Стокса было больше времени, возможности и средств, чем у комиссии Уоррена, он в течение двух лет вел работу без давления со стороны президента (у власти тогда находился Джимми Картер) и пришел к выводу: Кеннеди был убит «скорее всего» не убийцей-одиночкой Ли Харви Освальдом, а группой заговорщиков, в которой Освальду с самого начала была отведена роль козла отпущения. Но заговорщики остались неназванными, ибо документального подтверждения их вины найти не удалось.
Пересмотра решения суда, естественно, не последовало, и доклад комитета Стокса остался практически неизвестным общественности. Сегодня каждый образованный американец знает выводы комиссии Уоррена, но едва ли один из ста сумеет ответить на вопрос: «Что такое комитет Стокса?» Расследование 1978–1979 годов было умело отодвинуто в тень влиятельными политиками, судьями, адвокатами и журналистами, которые в свое время поддержали выводы комиссии Уоррена и репутация которых сильно пострадала бы, если бы эти выводы были опровергнуты.
«Был заговор или не было?» — борьба между сторонниками этих двух теорий и сегодня продолжается с не меньшим ожесточением, чем сорок пять лет назад. В 2007 году вышел 3000-страничный том знаменитого юриста и писателя Винсента Буглиози, отстаивающий правильность выводов отчета комиссии Уоррена. Между тем около 70 % американцев полагают, что Кеннеди все же стал жертвой заговора. Это показывают итоги общенационального опроса, проведенного телеканалом «Court TV», который специализируется на освещении громких юридических дел. Две трети опрошенных считают, что правительство США утаивает от общества часть информации по итогам многочисленных расследований «преступления века» в Далласе.
В 1997 году последний из оставшихся в живых член комиссии Уоррена — Джеральд Форд — сделал признание, что комиссией умышленно были внесены неверные данные в протоколы вскрытия тела: траектория полета пули подверглась искажению. Однако это признание ничего не изменило в деле об убийстве американского лидера.
По сей день неоспоримыми остаются лишь основные факты преступления: президент Кеннеди был убит в своем автомобиле 22 ноября 1963 года, а спустя два дня был убит человек, которого подозревали в убийстве президента — Ли Харви Освальд. А за всем этим — неразгаданные тайны, подозрения, фальшивые свидетельства, подтасовки и… многочисленные новые версии того, что произошло в роковой ноябрьский день 1963 года. Согласно одной из них, Кеннеди убрали в ответ на объявленную им войну с организованной преступностью. Сторонники другой версии убеждены: все дело в том, что Кеннеди был активным противником силового решения проблем во Вьетнаме (через три дня после убийства Линдон Джонсон аннулировал директиву Кеннеди о выводе американских войск из Вьетнама, а став в 1964 году президентом, значительно увеличил там американское военное присутствие). Кто-то полагает, что Джона Кеннеди убили за его попытки ослабить всемогущее ЦРУ, которое он грозился «разбить на тысячу кусков и развеять по ветру». Дело не ограничилось угрозами: он снял с должности не только главу ЦРУ Аллена Даллеса, но и его ближайшее окружение. Джим Маррс в своей книге «Перекрестный огонь: заговор, который убил Кеннеди» предположил, что убийство президента Джона Кеннеди было последствием подписания им указа № 11110 от 4 июня 1963 года, которым он позволял казначейству США, впервые с 1913 года, печатать серебряные сертификаты, минуя при этом Федеральную резервную систему Центрального банка Соединенных Штатов Америки. Таким образом, правительство могло не заимствовать деньги у Федерального резерва.
Существует также версия, которая нам кажется совсем уж фантастической. Автор ее — бывший сотрудник спецслужб Милтон Уильям Купер. Не отрицая возможности перечисленных мотивов убийства Джона Кеннеди, он считает, что самой важной причиной было то, что президент обнаружил связь правящей элиты США с пришельцами из космоса и намеревался обнародовать этот факт.
А в начале 2000-х годов американец Билли Сол Эйтс, который в 50-е годы прошлого века работал с Л. Джонсоном и располагал состоянием в сотни миллионов долларов, появившись на одном из французских телеканалов, объявил, что убийство Кеннеди спланировал и осуществил не кто иной, как тогдашний вице — президент и будущий президент США Линдон Б. Джонсон. По его утверждению, автором рокового выстрела стал не Освальд, а верный человек Джонсона — некий Мак Уоллес, профессиональный убийца. Именно его отпечатки пальцев нашли в 1963 году в здании книжного склада, откуда стреляли в Кеннеди, но только в 1998 году эти отпечатки якобы удалось идентифицировать. Все документальные свидетельства своей версии Эйтс, по его собственному признанию, спрятал в надежном месте. «Это гарантия моей безопасности. Я позаботился о том, чтобы после моей смерти сведения были преданы гласности», — уверяет американец.
В ноябре 2003 года сороковая годовщина со дня убийства президента была отмечена большим симпозиумом в Питсбурге, на котором устроители попытались свести вместе сторонников разных версий «преступления века». Инициатором и организатором конференции был Сайрил Вехт — знаменитый патологоанатом и активный критик комиссии Уоррена, обронивший историческую фразу о ее отчете: «Эту книгу давно пора во всех библиотеках переставить с полок документальной литературы на полки с романами». Через какое-то время после симпозиума против С. Вехта была возбуждена серия судебных дел, которые почти разорили его.
В 2007 году вышла автобиография умершего в январе того же года агента ЦРУ, одного из фигурантов Уотергейтского скандала Говарда Ханта. Хант также утверждал, что заказчиком убийства был Линдон Джонсон, а непосредственно операцию организовали агенты ЦРУ. Позже сын Говарда Ханта рассказал журналу издания «Роллинг стоун» о признании, которое Хант сделал перед смертью: он заявил, что за убийством стояли Линдон Джонсон, руководитель операций ЦРУ на Кубе Дэвид Этли Филиппе, агенты ЦРУ Корд Мейер, Уильям Харви и Давид Санчес Моралес, будущий соучастник Ханта по Уотергейтскому скандалу Фрэнк Стурджис и некий «французский стрелок на травяном холме» (считается, что имелся в виду уроженец Корсики, наемный убийца и наркоторговец Люсьен Сарти). По словам Ханта, сам он в операции не участвовал.