В феврале — марте 1848 года выяснилось, что воспитанник Савицкий, во-первых, декламирует при всяком удобном случае и распространяет в списках запрещенные польские стихи, заученные им наизусть еще в гимназии, а во-вторых, рассказывая об отречении от престола шведского короля, уверяет, будто «это преобразование скоро последует и в прочих державах». Товарищ Савицкого — воспитанник Конашевский, принесший в корпус весть о короле при возвращении из «домового отпуска», который он провел в Варшаве, старался как можно большему числу лиц рассказать о том, что в Варшаве на царя «сыплются критики и карикатуры». Кроме этого, Конашевский пытался доказать, что царские офицеры по своему культурному уровню ниже любого французского солдата, обосновывая такой вывод ссылкой на одного знакомого майора, которому даже слово «республика» было неизвестно.

Однако наибольший резонанс получило «дело» унтер-офицеров Якова Костомарова и его товарища Яна Станевича. Весьма неприятное для директора корпуса и его ближайшего помощника — инспектора классов, это «дело» велось в глубочайшей тайне, почти без документации, из-за чего и известно о нем далеко не все. Вот как повествует о «страшном» проступке Костомарова один из немногих имеющихся документов — дополнение к приказу директора по Брестскому кадетскому корпусу от 16 марта 1849 года:

«Воспитанник Гренадерской его императорского высочества наследника цесаревича роты Костомаров подал господину] инспектору классов сочинение, в котором ясно выразились: дурная его нравственность, самонадеянность, доходящая до дерзости, и самая черная неблагодарность. В сочинении этом он позволил себе дерзкие выражения против начальников и воспитателей, к которым, кроме доверенности, признательности и уважения, он не должен был питать ничего другого. Этого мало: воспитанник Костомаров был столь безумен и дерзок, что осмелился сомневаться в таинствах религии — священных и драгоценных для каждого человека. Мысль изложить эти сомнения, основанные, впрочем, на совершенной глупости воспитанника Костомарова, в сочинении, которое он должен был подать своему начальнику, есть верх дерзости и непростительной самонадеянности. При вопросах, сделанных ему мною и г[осподином] инспектором классов, он, оправдывая себя, старался запутать других изворотами очень неблагородными. Он говорил, что в сочинении этом он только выставил общий дух безнравственности всех воспитанников и их неуважительные разговоры о своих начальниках и воспитателях. Тогда как по следствию, и в чем я был уверен заранее, ничего подобного не оказалось. Наконец, он уверял меня, что сочинения этого не знают его товарищи и что оно написано им прямо набело, только в одном экземпляре. Но и это вышла неправда: другой экземпляр находился у воспитанника той же роты Жолкевского. Жолкевский вместо того, чтобы показать его дежурному по роте офицеру или своему ротному командиру, передал на сохранение унтер-офицеру неранжированной роты Липинскому 1-му, который, со своей стороны, тоже не сделал того, что от него требовали обязанность хорошего воспитанника и звание унтер-офицера, то есть не представил этого сочинения своим ближайшим начальникам, а спрятал в резерве — на шкафу, в надежде, что там оно не будет никем отыскано.

Утверждая мнение созванного мною воспитательного комитета для обсуждения предосудительных этих поступков, предписываю: воспитанника Костомарова за дерзость, ложь и клевету посадить под арест впредь до приказания. Жолкевского, как уже замеченного в других предосудительных поступках, наказать телесно перед ротою и отделить от роты; а унтер-офицера Липинского 1-го сместить с унтер-офицерского звания, сбавить три балла за поведение, и как по летам он не может оставаться в неранжированной роте, то перевести его в 1-ю мушкетерскую роту».

Были приняты все меры для того, чтобы в интересах петербургскою и местного начальства поскорее замять эту историю. По словам директора корпуса генерала Гельмерсена, именно вследствие этого расследование не приобрело «никакого политического вида, дабы сим не родить в воспитанниках идеи, что их увлечения могут быть опасными». Между тем «поступки» названных воспитанников явно имели политическую подоплеку. Это подтверждается, с одной стороны, дальнейшей судьбой провинившихся (некоторые из них стали впоследствии активными участниками революционного движения), а с другой стороны, свидетельствами польских источников, показывающими, что Костомаров, Липинский, Станевич и некоторые другие воспитанники являлись участниками конспиративного кружка, возглавляемого преподавателем истории Таборовским. Этот кружок был, вероятно, составной частью Союза литовской молодежи, который возник в Вильно в 1846 или 1847 году под руководством братьев Далевских и, объединив польскую учащуюся, ремесленную, мелкочиновничью молодежь в западных губерниях, а отчасти и за ее пределами, просуществовал до весны 1849 года.

Генерал Гельмерсен и его патроны в Петербурге не очень интересовались наличием тесных связей между союзом и обнаруженной в корпусе группой «вольнодумцев». Но они понимали серьезность положения и постарались поскорее избавиться от «неблагонамеренных» воспитанников. Костомаров был выписан в юнкера и отправлен для продолжения службы в расквартированную около Бреста резервную бригаду. Он некоторое время приходил под окна корпуса и пытался передать письма товарищам. Узнав об этом, Гельмерсен потребовал, чтобы его перевели в подразделение, расположенное подальше от города. Другой «провинившийся», Болтуц, вместе с братом был отправлен в Минск к родителям якобы за неуспеваемость, хотя отметки у братьев были вовсе не Плохие, а аттестовало их начальство весьма похвально. Что касается Яна Станевича, то его (вместе с братом Иеронимом и их однокашником Издебским) быстренько Сплавили из Бреста для продолжения обучения в Петербург. Оттуда Ян Станевич «за дурное поведение» был отправлен в Оренбургские батальоны. Там он встретился с З. Сераковский, который из студентов Петербургского университета был «определен» в солдаты, так как пытался бежать за границу для участия в революции 1848 года. Сераковский тоже был связан с Союзом литовской молодежи.

Учитывая обстановку, опираясь на результаты следствия по делу петрашевцев и польских конспиративных организаций, разгромленных в те годы, товарищ министра народного просвещения царской России — известный мракобес князь Ширинский-Шихматов в октябре 1849 года разработал секретную инструкцию о надзоре за преподаванием политических наук в высших учебных заведениях. В этом документе, первую страницу которого украшает собственноручная резолюция царя «Совершенна справедливо», говорилось о том, что «в настоящее смутное время […] более нежели когда-либо надлежит ограждать […] юношество от чуждых нам понятий о мнимом превосходстве республиканского или конституционного правления, об ограничении монархической самодержавной власти, о равенстве всех состояний и тому подобного». Руководители ведомства «народного затемнения» не случайно нашли необходимым послать копию секретной инструкции в военно-учебные заведения.

Домбровский, конечно, не видел ни секретной инструкции, одобренной царем, ни препроводительного письма, в котором директору Брестского кадетского корпуса предписывалось, «чтобы смысл сей инструкции соблюдаем был при преподавании политических наук» во вверенном ему заведении. Разумеется, не знал он и о тех соображениях, которые, «творчески» развивая инструкцию, Гельмерсен в начале 1850 года секретно сообщил в Петербург. Но Домбровский, как и другие воспитанники, не мог не заметить того, что в соответствии с «инструкцией» и «соображениями» преподаватели и воспитатели стали: а) чаще беседовать с ними, стараясь внушить верноподданнические чувства; б) усилили и без того строгий надзор за чтением; в) стали тщательнее контролировать получаемые и отправляемые письма; г) чуть не каждую неделю перерывали столы, в которых хранились тетрадки воспитанников; д) строго разбирали все письменные сочинения, следя за тем, чтобы в них не было недозволенных мыслей и «тому подобного». Когда разгромили группу Костомарова — Станевича, Домбровскому исполнилось только 12 лет. Едва ли он мог быть связан с кем-либо из ее участников, но имена их, конечно, знал, кое-что из их мыслей усвоил, судьбой их интересовался и чему-то на их примере научился.