Международные дела держали Филиппа вдали от Испании. Он был в Брюсселе, когда Карл V в 1556 г. отказался от правления в Нидерландах, а затем и от испанской короны. После битвы при Сен-Кантене (лето 1557 г.), блестяще выигранной испанцами, Филипп прибыл лично поздравлять войска. Но кампания, стоившая огромных сил и средств, завершилась в итоге безрезультатно. Денег не было. Союзники-англичане потеряли Кале, а турки напали на Балеарские острова. Мария умерла в ноябре 1558 г., а с ее смертью могли развеяться и надежды на подчинение Англии политике Габсбургов. Попытки жениться на Елизавете Тюдор не увенчались успехом. После того, в августе 1558 г., Филипп отплыл из Нидерландов и высадился в следующем месяце в Лоредо, чтобы навсегда остаться на Пиренейском полуострове. По условиям мира с Францией, заключенного в Като-Камбрези (1559), Филипп вступил в брак с дочерью французского короля Генриха II Елизаветой Валуа.
Еще в феврале 1565 г. прибытие графа Эгмонта (одного из вождей нидерландского восстания) в Мадрид показало, что назревает острый конфликт в подвластных Испании Нидерландах. С этого времени Филипп II был вынужден вести борьбу на два фронта, т. е. в Нидерландах и Западном Средиземноморье. Многие ошибки и просчеты Филиппа в голландских вопросах объясняются тем, что и 60-х гг. XVI в. он был очень занят средиземноморскими проблемами.
В это же время выявились два главных направления в политике испанского короля: борьба с еретиками, т. е. протестантами, и борьба с турками. Но взятая Испанией на себя роль защитника католической веры от протестантов и христианства от турок неизбежно вовлекала ее в войну с французской и английской монархиями, которых совершенно не устраивали претензии Филиппа II на гегемонию в Европе.
В 1566 г. испанский король характеризовал свои заботы в письме к послу в Риме следующим образом: «Я скорее предпочту потерять все свои владения и сто жизней, если бы я их имел, чем быть господином над еретиками». Эта фраза может показаться парадоксальной. Ведь именно для того, чтобы не уступить ни одной пяди из наследственных владений, Филипп II боролся с еретиками как у себя в Испании, так и главным образом за ее пределами.
В эти же годы в Испании складывается бюрократический порядок. Филипп II, казалось, был готов до бесконечности сидеть в своем кабинете и управлять армиями и правительством, не выходя из-за письменного стола. С годами усиливалась и набожность испанского короля. Он мог по три-четыре часа в день стоять на коленях, молясь Богу, в котором видел свою опору и защиту.
Насколько деспотическим или, вернее сказать, авторитарным был режим правления Филиппа II? Утверждать, что он являлся полностью единовластным, можно лишь с оговорками. Естественно, что испанский король в известной мере зависел от министров, но не был, подобно своим преемникам, инструментом в их руках, марионеткой на троне. Как и многие монархи XVI в., в силу сложившихся обычаев и политической необходимости он был обязан использовать высшую аристократию, т. е. грандов, на наиболее важных и прибыльных должностях, назначать их в число членов высших органов власти. Главное место в системе управления занимал Государственный совет. Далее по значимости шли Инквизиция и Совет по делам финансов. Субординация Советов соблюдалась чрезвычайно строго. И все же, несмотря на участие грандов в управлении страной, Филипп II сам непосредственно принимал решения. Это означало, что практически все сколько-нибудь значимые бумаги и документы, оказавшиеся у его секретарей, должны были попасть в руки короля для наложения резолюции или подписи. Такая бюрократическая круговерть заставляла Филиппа II не только создавать огромный бюрократический аппарат, но и самому вникать во все тонкости любого вопроса. Постепенно испанский государь превратился в своего рода бюрократа на троне. Папа Пий V однажды написал Филиппу II: «Ваше величество так много времени уделяет этим занятиям, что когда приходит время исполнять решения, уже исчезает их причина». Нередко неправильная реакция монарха на какие-либо события являлась результатом задержки в поступлении информации.
Филипп II был рьяным сторонником пунктуального исполнения всех принятых решений. Например, в 1578 г. он собственноручно подписал смертный приговор, вынесенный секретарю Хуану де Эскобедо по обвинению в государственной измене. Последний, как подозревал король, побуждал к измене ему дона Хуана Австрийского, незаконного сына Карла V, приходившегося, таким образом, единокровным братом испанскому королю.
При всей привычке короля контролировать принимаемые решения его отношение к грандам все же не было столь жестоким, как, скажем, у восточных деспотов, с которыми его часто сравнивали. Казалось бы, герцог Альба своей политикой в Нидерландах спровоцировал всенародное восстание, и война там затянулась; мало того, он не послушался совета самого Филиппа, и по всем нормам жизни восточных деспотий его должны были либо казнить, либо отправить в длительную ссылку. Однако с 1573 по 1579 г. Альба достаточно активно выступал на заседаниях различных советов в Мадриде и только в 1579 г. оказался под домашним арестом, и то потому, что разрешил своему сыну заключить брак, не вызвавший одобрения короля. Когда же в 1580 г. понадобилось совершить военное вторжение в Португалию, герцог Альба вновь был принят при дворе. Немилость его объясняется также тем, что Филипп II, изменив длительные привычки, решил на некоторое время передать дела управления государством в руки выдвинувшегося еще при Карле V канцлера в Нидерландах, бургундца по происхождению, кардинала Гранвеллы (настоящее имя Николя де Перрено). Гранвелла еще в 1567 г. был удален из Нидерландов, где вызвал всеобщее возмущение, и занимал различные посты в Италии. В 1579 г. ему исполнилось 62 года, и он был единственным из крупных государственных чиновников в Испании со времен Карла V, имевшим иностранное происхождение. С самого начала своего царствования Филиппу II пришлось столкнуться со многими сложными военно-политическими проблемами. Речь идет не только о войне с Францией, завершившейся миром в Като-Камбрези, о чем мы уже говорили. В первый же год самостоятельного правления Филипп II оказался в состоянии войны с папой Павлом IV. Дело дошло до того, что на одном из военных советов в Риме этот папа назвал испанского короля, претендовавшего на роль защитника католической веры и носившего громкий титул «католического короля», ни больше ни меньше как врагом христианства. Папа не хотел усиления его власти над Римом и Италией, тогда как Филипп II очень ревниво относился к своему влиянию на Апеннинском полуострове. Разногласия дошли до того, что Павел IV отлучил Карла V и Филиппа II от церкви и объявил о лишении Филиппа неаполитанской короны. Вскоре испанские войска под командованием Альбы и Марко Антонио Колонны заняли папские владения и стали угрожать Риму осадой.
Отлучение было снято с Карла (уже посмертно) и Филиппа в 1559 г., когда в Риме избрали папой ставленника иезуитов Пия IV, ориентировавшегося на Испанию.
Власть Филиппа II над церковью была более полной, чем над каким-либо другим учреждением в Испании. Испанская церковь приобрела почти полную независимость от Рима, в отличие от многих других стран Европы, без политических потрясений и конфликтов. В октябре 1572 г. папа римский утратил юрисдикцию на Пиренейском полуострове, и хозяином положения стала корона. Это опровергает мнение ряда биографов Филиппа II, утверждавших, что политика испанского короля полностью соответствовала его религиозности. Набожность вообще была свойственна испанцам того времени. Сам же Филипп рассматривал религию как чрезвычайно важную область жизни, которую нельзя оставлять во власти папы. Он боялся, что распространение Реформации и ересей будет угрожать целостности его владений, и поэтому стремился искоренить их на подвластных территориях. Его главным желанием было превращение испанской монархии в неприступную крепость, о которую бы разбивались волны лжеучений, заполнявших Европу.