Въ началѣ своего посланія Геннадій упоминаетъ, что церкви и изъ города, т.-е. изъ Кремля, были вынесены, а вмѣстѣ съ ними и гробы погребенныхъ возлѣ нихъ покойниковъ, какъ можно судить по упоминанію Геннадія о такихъ гробахъ. Все зто, конечно, являлось необходимостью, когда происходила постройка новыхъ стѣнъ съ распространеніемъ городской мѣстности за предѣлы старыхъ стѣнъ, въ окружности которыхъ и стояли, вѣроятно, упоминаемыя церкви. Что касается переставленія извѣчныхъ монастырей, то это указаніе должно относиться къ монастырю Спаса на Бору, который былъ переведенъ на новое мѣсто внизъ по Москвѣ-рѣкѣ на горы возлѣ Крутицъ, отчего и сталъ прозываться Новоспасскимъ.
Весною въ 1491 г. по повелѣнію государя Спасскій архимандритъ Аѳанасій заложилъ церковь каменную на Новомъ Преображеніе Спаса. Она строилась медленно въ теченіи пяти лѣтъ, и въ 1496 г. сент. 18 была освящена.
Поводомъ къ этому переставленію древняго монастыря послужило рѣшеніе государя выстроитъ себѣ новый болѣе обширный дворецъ, къ чему было приступлено въ 1492 году. При новыхъ порядкахъ государева быта теперь уже не совсѣмъ было удобно оставлять среди новаго дворца, такъ сказать въ своихъ комнатахъ, стороннія жилища монастырской братіи.
Полное устройство Кремлевской крѣпости окончилось уже въ 1508 г., когда съ весны Фрязинъ Алевизъ вокругъ города, особенно со стороны торга и Красной площади, выкопалъ глубокій ровъ и выложилъ его камнемъ бѣлымъ и кирпичомь, а со стороны Неглинной устроилъ обширные глубокіе пруды, изъ которыхъ по рву Неглинная была соединена съ Москвою-рѣкою, такъ что крѣпость со всѣхъ сторонъ окружилась водою и Кремль сталъ островомъ.
Глубина этого рва, какъ обнаружилось при измѣреніяхъ, произведенныхъ въ 1701 году, простиралась до 4 саж., ширина показана въ 17 саж. вверху и 15 саж. внизу.
Объ этомъ новопостроенномъ Кремлѣ находимъ, къ сожалѣнію, очень краткія свидѣтельства почти отъ современниковъ его окончательнаго устройства.
Итальянецъ Павелъ Іовій, писавшій о Москвѣ въ 1535 году, разсказываетъ слѣдующее: «Городъ Москва по своему положенію въ самой срединѣ страны, по удобству водяныхъ сообщеній, по своему многолюдству и, наконецъ, по крѣпости стѣнъ своихъ есть лучшій и знатнѣйшій городъ въ цѣломъ государствѣ. Онъ выстроенъ по берегу рѣки Москвы на протяженіи пяти миль, и домы въ немъ вообще деревянные, не очень огромны, но и не слишкомъ низки, а внутри довольно просторны, каждый изъ нихъ обыкновенно дѣлится на три комнаты: гостиную, спальную и кухню. Бревна привозятся изъ Герцинскаго лѣса; ихъ отесываютъ по шнуру, кладутъ одно на другое, скрѣпляютъ на концахъ, — и такимъ образомъ стѣны строятся чрезвычайно крѣпко, дешево и скоро. При каждомъ почти домѣ есть свой садъ, служащій для удовольствія хозяевъ и вмѣстѣ съ тѣмъ доставляющій имъ нужное количество овощей; отъ сего городъ кажется необыкновенно обширнымъ. Въ каждомъ почти кварталѣ есть своя церковь; на самомъ же возвышенномъ мѣстѣ стоить храмъ Богоматери, славный по своей архитектурѣ и величинѣ; его построилъ шестьдесятъ лѣтъ тому назадъ Аристотель Болонскій, знаменитый художникъ и механикъ. Въ самомъ городѣ впадаетъ въ р. Москву рѣчка Неглинная, приводящая въ движеніе множество мельницъ. При впаденіи своемъ она образуетъ полуостровъ, на концѣ коего стоитъ весьма красивый замокъ съ башнями и бойницами, построенный итальянскими архитекторами. Почти три части города омываются рѣками Москвою и Неглинною; остальная же часть окопана широкимъ рвомъ, наполненнымъ водою, проведенною изъ тѣхъ же самыхъ рѣкъ. Съ другой стороны городъ защищенъ рѣкою Яузою, также впадающею въ Москву нѣсколько ниже города… Москва по выгодному положенію своему, преимущественно предъ всѣми другими городами, заслуживаетъ быть столицею; ибо мудрымъ основателемъ своимъ построена въ самой населенной странѣ, въ срединѣ государства, ограждена рѣками, укрѣплена замкомъ и по мнѣнію многихъ никогда не потеряетъ первенства своего». Все это Іовій разсказываетъ о Москвѣ со словъ Москвича Димитрія Герасимова, отправленнаго изъ Москвы въ1525 г. посланникомъ къ Папѣ Клименту VII. Іовій говоритъ, что онъ составилъ свое сочиненіе о Московіи изъ ежедневныхъ бесѣдъ съ Димитріемъ, а потому оно и вышло очень достовѣрнымъ и обстоятелнымъ, такъ какъ нашъ Димитрій оказался по тому времени очень образованнымъ и знающимъ человѣкомъ, заслужившимъ большія похвалы отъ Іовія. Авторъ говоритъ, что сохранилъ въ своемъ сочиненіи ту же простоту, съ какою велъ свой разсказъ Димитрій. Это признаніе Іовія даетъ намъ поводъ заключать, что сочиненіе Іовія есть собственно сочиненіе Димитрія, за исключеніемъ средневѣковой учености о Страбонѣ, Птолемеѣ и т. п. Особенно дорого высказанное убѣжденіе стараго Москвича, что Москва по мнѣнію многихъ никогда не потеряетъ своего первенства.
Тѣмъ временемъ. когда началась и продолжалась постройка городскихъ стѣнъ, и въ самомъ Кремлѣ и на посадѣ въ разныхъ мѣстностяхъ сооружались новые каменные храмы, конечно, на старыхъ отъ вѣка мѣстахъ, ибо, какъ мы видѣли изъ толкованій владыки Геннадія, перестановка храма на новое мѣсто почиталась чуть не грѣхомъ.
Въ Кремлѣ, кромѣ упомянутыхъ выше Благовѣщенской и Ризположенской, за это время были построены: въ 1480 г.ц. Богоявленія на Троицкомъ подворьѣ. Въ 1481 г. сент. 8 заложены два обѣтные предѣла у Аргангельскаго собора-Воскресеніе да Акила апостолъ, въ память побѣды надъ Новгородцами на р. Шелони, случившейся 14 іюля 1471 г. въ воскресенье, на память св. апостола Акилы. Вел. князь тогда же далъ обѣтъ построить церковь св. апостола, а воеводы Данила Холмскій и Ѳедоръ Давыд. Палецкій — церковь Воскресенія. Неизвѣстно, гдѣ первоначально была сооружена эта вторая церковь, памятникъ боярскаго благочестиваго усердія. Можно съ большою вѣроятностыо предполагатъ, что этотъ храмъ, быть можетъ, только деревянный, существовалъ на томъ мѣстѣ, гдѣ въ 1532 г. былъ заложенъ, а въ 1543 г. оконченъ строенiемъ храмъ тоже Воскресенія, возлѣ колокольни Іоанна Лѣствичника, или святаго Ивана, впослѣдствіи извѣстной подъ именемъ Ивана Великаго. Новый храмъ былъ выстроенъ также для колокольни, болѣе обширной, которая существуетъ и донынѣ, вмѣщая въ себѣ самые большіе колокола. Подробности объ этой постройкѣ мы помѣщаемъ ниже.
Въ 1483 г. архимандритъ Чудовской Геннадій Гонзовъ заложилъ каменную церковь во имя Алексѣя Чуд. да и трапезу каменную заложилъ. Въ 1491 г. совершили церковь Введенія Б-цы и полату камену на Симоновскомъ дворѣ у Никольскихъ воротъ. Освящена 13 ноября.
Въ 1501 г. по повелѣнію государя въ Чудовомъ монастырѣ разобрали старую церковь Чуда Архангела Михаила, строеніе Алексѣя митрополита, и стали сооружать новую, донынѣ существующую. Освящена въ 1503 г. сент. 6.
Въ 1504 г. была разобрана старая церковь Козмы и Демьяна, стоявшая противъ заднихъ воротъ Чудова монастыря, и заложена новая, повелѣніемъ вел. князя.
Наконецъ, незадолго передъ своею кончиною, вел. князь 21 мая 1505 г. повелѣлъ разобрать уже ветхую соборную церковь Архангела Михаила, строеніе Ивана Калиты, и заложилъ въ октябрѣ на томъ же мѣстѣ новую болѣе обширную.
Тогда же и другую церковь разобрали, также строеніе Ивана Калиты, св. Іоаннъ Лѣствичникъ, иже подъ Колоколы, и заложиля новую не на старомъ мѣстѣ, отмѣчаеть одинъ лѣтописецъ (П. С. Л. VI, 50). Другіе лѣтописцы указываютъ, что на старомъ мѣстѣ.
Черезъ пять мѣсяцевъ, 27 октября 1505 г. вел. князь Иванъ Вас. скончался и погребенъ въ новозаложенномъ соборѣ Архангела Михаила, какъ и митроп. Филиппъ въ только что начатомъ постройкою Успенскомъ соборѣ.
Постройка храма продолжалась и по кончинѣ вел. князя и совсѣмъ была окончена уже въ 1508 г., когда ноября 8 храмъ былъ освященъ. Но за годъ прежде, когда храмъ былъ доведенъ до верхнихъ каморъ, 1507 года октября 3 въ него были перенесены и мощи прародителей государевыхъ, гробы вел. князей, начиная съ Ивана Калиты. Не упомянуто въ лѣтописяхъ, гдѣ до того времени находились ихъ гробы. Вѣроятно, оставались на своихъ старыхъ мѣстахъ и были перенесены на новыя, устроенныя возлѣ стѣнъ болѣе обширнаго храма. Строителемъ храма былъ Фрязинъ Алевизъ Новый.