Отношения между двумя странами стали заметно ухудшаться после событий в Тибете в марте 1959 года, когда восстали жители Лхасы из-за постоянных притеснений со стороны китайских властей. Восстание было жестоко подавлено, и, спасаясь от репрессий, часть тибетского населения бежала в Индию. 31 марта индийскую границу пересек светский и духовный глава Тибета — далай-лама. Правительство Неру предоставило ему и другим тибетцам убежище. На призывы некоторых кругов о немедленном выступлении Индии на стороне далай-ламы и его сторонников Неру ответил отказом, подтвердив желание Индии сохранять дружественные отношения с Китаем.
К середине 1959 года статьи, обвиняющие правительство Неру во вмешательстве во внутренние дела КНР, стали обычными для пекинских газет, а в первых числах июня на столе премьер-министра Индии лежала сводка разведывательного бюро о беседе китайского посла в Карачи с министром иностранных дел Пакистана. Посол призывал к «новому взгляду» на развитие китайско-пакистанского сотрудничества в свете «откровенно враждебной позиции», занятой правительством Индии в отношении Китая. В сводке указывалось, что пакистанская сторона довольно сдержанно реагировала на высказывание китайского представителя и не связывала себя какими-либо обязательствами. Заигрывая с Пакистаном, участником агрессивного блока СЕАТО, Пекин тем самым давал понять США, что его интересы в Южной Азии могут совпадать с целями западной дипломатии. Поневоле напрашивался вывод о попытках руководителей КНР срочно сколотить антииндийский блок, что, в свою очередь, вызывало необходимость принять какие-то ответные меры. Однако Неру не спешил с окончательными выводами, внимательно следя за всем тем, что происходило в Пекине. К тому же он ждал от Чжоу Эньлая ответа на свое послание, направленное еще в марте 1959 года. В этом послании Неру, выражая озабоченность по поводу существенных различий в обозначении индийско-китайской границы на картах, издаваемых в Пекине и Дели, изложил позицию своего правительства, подкрепив ее ссылками на различные соглашения и договоры, прямо или косвенно регулировавшие исторически сложившуюся линию раздела между двумя странами, большая часть которой проходила в малонаселенных высокогорных районах.
В конце июля китайские пограничники задержали отряд из шести индийских полицейских, направленных в район Ладакха для проверки сообщений о нарушениях китайской стороной границы. В этом районе в 1957 году было завершено строительство шоссейной дороги, связавшей Тибет с Синьцзяном, причем все работы велись китайцами в обстановке глубокой тайны. Полицейские были освобождены 18 августа после решительных протестов индийского правительства.
25 августа при столкновении китайских и индийских пограничников в районе поста Лонгджу, установленного индийскими властями после событий в Тибете, впервые прозвучали выстрелы.
Неру незамедлительно дал указание послу Индии в Пекине заявить протест по поводу агрессивных действий Китая в пограничных районах. Вскоре посол сообщил, что, передав ноту протеста, он был вынужден выслушать пространное заявление представителя МИД КНР, обвинившего индийское правительство в создании «напряженной обстановки на границе».
Ответное послание Чжоу Эньлая пришло только 8 сентября 1959 года. Глава китайского правительства в категорической форме отвергал все доводы, приведенные в мартовском послании Неру, и целиком возлагал на Индию ответственность за пограничные инциденты. В эти же дни министр иностранных дел КНР Чэнь И в одном из своих выступлений обвинил Индию в посягательстве на китайскую территорию общей площадью около 130 тысяч квадратных километров, обозначив таким образом размеры территориальных притязаний Китая.
Недолгое относительное затишье на границе снова было прервано ружейными выстрелами и автоматными очередями. 21 октября в перестрелке у перевала Конгха погибли девять индийских пограничников, десять человек, среди них несколько раненых, попали в плен к китайцам.
Всего несколько лет назад Чжоу Эньлай торжественно провозглашал, что «Китай рассматривает свою границу на юго-западе как границу мира и дружбы», а теперь пекинские лидеры громогласно заявляли, что индийское правительство пытается оказать на Китай военный и дипломатический нажим, добиваясь экспансионистских целей, настраивает против него мировое общественное мнение.
Слыша подобное, Неру иногда даже недоумевал. Неужели, к примеру, в Пекине неизвестно, что в течение многих недель правительство Индии, рискуя навлечь на себя резкую критику в парламенте, делало все возможное для того, чтобы информация о строительстве китайцами дороги явно стратегического назначения в пограничных районах или о частых проникновениях китайских солдат на индийскую территорию не стала достоянием мировой общественности, с мнением которой, видимо, должны были считаться Мао Цзэдун и его окружение? Но, судя по всему, маоисты расценили выдержку и великодушие индийской стороны как проявление робости перед ними и, пытаясь запугать правительство Неру, желая вынудить его пойти на уступки в территориальном вопросе, не остановились перед вооруженными провокациями, приведшими к кровопролитию.
Несмотря на напряженную обстановку, Неру, добившись освобождения захваченных в плен индийцев и выдачи тел погибших, не отказался, как на этом ни настаивали правые круги страны, от поиска путей урегулирования конфликта с Китаем. В посланиях к Чжоу Эньлаю он, отвергая несостоятельность обвинений и показывая необоснованность территориальных притязаний китайских лидеров, вместе с тем подтверждал верность Индии принципам мирного сосуществования и выражал готовность обсудить спорные вопросы в индийско-китайских отношениях.
...Над полем аэродрома вслед за восьмеркой с ревом пронесшихся истребителей индийских ВВС показался турбовинтовой «Вайкаунт» производства британского военного концерна «Викерс». Самолет приземлился и через несколько минут подкатил к площадке, где стояли встречавшие. Неру, вице-президент Индии С.Радхакришнан и Кришна Менон направились к трапу, по которому спускались Чжоу Эньлай и Чэнь И. Визитеры из Пекина были в традиционных для китайских руководителей светло-серых кителях, на лицах обоих застыли любезные улыбки.
Неру обменялся с гостями сдержанно-вежливыми рукопожатиями, потом, подойдя к микрофону, произнес приветственную речь. На этот раз он, предпочитавший в подобных случаях выступать экспромтом, почти не отрывал глаз от листка бумаги с текстом, читал без обычной эмоциональности, сухо, медленно, словно еще раз выверял точность заготовленных формулировок. Вспомнив о прошлых визитах главы китайского правительства в Индию, о радушном приеме, который оказывали ему индийцы как представителю дружественной соседней страны, Неру выразил сожаление по поводу недавних событий. «Настоящее и будущее наших отношений подверглись опасности, — констатировал он, — и сама основа этих отношений поколеблена».
Чжоу Эньлай свое ответное выступление свел к излишне оптимистическому, по мнению Неру, утверждению о том, что никакие трудности не помешают дружбе между Китаем и Индией, которая «будет продолжаться тысячи лет».
Переговоры Неру с Чжоу Эньлаем длились почти неделю и завершились фактически безрезультатно. С первой же беседы выявились серьезные разногласия в подходе сторон к вопросу о границе, причем китайцы вели себя явно вызывающе, стараясь подчеркнуть исключительность своего положения. Вице-президент Индии С.Радхакришнан потом с возмущением говорил, что министр иностранных дел Китая скорее походил не на дипломата, а на военного, пытавшегося властным голосом победителя диктовать свои условия побежденному. Впрочем, одной договоренности Неру и Чжоу Эньлай все же достигли: поручить официальным представителям обеих сторон изучить пограничные проблемы, собрать и систематизировать все имеющиеся документы и подготовить соответствующие доклады.
В течение 1960 года индийские и китайские представители встречались трижды: в Пекине, Дели и Рангуне. Знакомя депутатов Народной палаты с докладом индийской делегации, Неру подчеркнул, что Китай незаконно оккупировал более 19 тысяч квадратных километров индийской территории, занятой в Ладакхе к сентябрю 1959 года. 20 февраля 1960 года премьер заявил в совете штатов парламента, что вопрос о границе между Индией и КНР может быть разрешен только после того, как китайские войска оставят оккупированные ими территории, а в Пекине признают позицию индийского правительства в данном вопросе.